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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5v53 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the D141A/Q233E/N240D variant of catalase-peroxidase from B. pseudomallei with acetate bound | ||||||
要素 | Catalase-peroxidase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / catalase (カタラーゼ) / peroxidase (ペルオキシダーゼ) / D141A/Q233E/N240D / heme (ヘム) / acetate (酢酸塩) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 catalase-peroxidase / catalase activity / hydrogen peroxide catabolic process / response to oxidative stress / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Loewen, P.C. | ||||||
資金援助 | カナダ, 1件
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引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2017 タイトル: The Catalase Activity of Catalase-Peroxidases Is Modulated by Changes in the pKa of the Distal Histidine. 著者: Machuqueiro, M. / Victor, B. / Switala, J. / Villanueva, J. / Rovira, C. / Fita, I. / Loewen, P.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5v53.cif.gz | 576.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5v53.ent.gz | 466.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5v53.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v5/5v53 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v5/5v53 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 5kq0C 5kq2C 5kq3C 5kq6C 5kqhC 5kqiC 5kqkC 5ksfC 5kskC 5syuC 5syvC 5sywC 5txqC 5v4oC 1mwv C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 0 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: 0 / Auth seq-ID: 36 - 748 / Label seq-ID: 16 - 728
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 79494.945 Da / 分子数: 2 / 変異: D141A, Q233E, N240D / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei (strain 1710b) (類鼻疽菌) 株: 1710b / 遺伝子: katG, BURPS1710b_3366 / プラスミド: pKS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): UM262 / 参照: UniProt: Q3JNW6, catalase-peroxidase |
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-非ポリマー , 8種, 1481分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 化合物 | #8: 化合物 | ChemComp-MPD / ( #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.45 % / Mosaicity: 0.17 ° |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.1 / 詳細: MPD |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.98 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月9日 / 詳細: mirrors | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.7→46.23 Å / Num. all: 214623 / Num. obs: 214623 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 3.9 % / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.07 / Rsym value: 0.061 / Net I/av σ(I): 8.6 / Net I/σ(I): 11.7 / Num. measured all: 827169 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1MWV 1mwv 解像度: 1.7→46.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.968 / SU B: 3.09 / SU ML: 0.052 / SU R Cruickshank DPI: 0.0718 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.072 / ESU R Free: 0.075 / 詳細: MOLECULAR REPLACEMENT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 111.9 Å2 / Biso mean: 25.554 Å2 / Biso min: 11.63 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.7→46.23 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / 数: 47218 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.07 Å / Weight position: 0.05
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.744 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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