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万見
- PDB-5unk: NMR structure of the RED subdomain of the Sleeping Beauty transposase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5unk
タイトルNMR structure of the RED subdomain of the Sleeping Beauty transposase
要素Sleeping Beauty transposase
キーワードDNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / helical / helix-turn-helix (ヘリックスターンヘリックス) / dna-binding / transposase
機能・相同性Transposase, Tc1-like / Transposase / DNA transposition / Homeobox-like domain superfamily / DNA integration / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / DNA binding / HTH_Tnp_Tc3_2 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Oncorhynchus mykiss (アルビノ)
手法溶液NMR
データ登録者Konnova, T.A. / Singer, C.M. / Nesmelova, I.V.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R15GM112076 米国
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2017
タイトル: NMR solution structure of the RED subdomain of the Sleeping Beauty transposase.
著者: Konnova, T.A. / Singer, C.M. / Nesmelova, I.V.
履歴
登録2017年1月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / Data collection
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sleeping Beauty transposase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,1221
ポリマ－7,1221
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area5540 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / -
代表モデルモデル #1medoid

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要素

#1: タンパク質 Sleeping Beauty transposase


分子量: 7122.414 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 50-106 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oncorhynchus mykiss (アルビノ) / 遺伝子: GSONMT00020475001 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A060ZAA1

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic13D HN(CA)CB
121isotropic13D CBCA(CO)NH
132isotropic13D (H)CCH-TOCSY
141isotropic13D 1H-15N TOCSY
151isotropic13D 1H-15N NOESY
162isotropic13D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution12 mg/mL [U-13C; U-15N] RED subdomain of the Sleeping Beauty transposase, 20 mM MES, 650 mM sodium sulfate, 95% H2O/5% D2O15N, 13C95% H2O/5% D2O
solution22 mg/mL [U-13C; U-15N] RED subdomain of the Sleeping Beauty transposase, 20 mM MES, 650 mM sodium sulfate, 100% D2O15N, 13C100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
2 mg/mLRED subdomain of the Sleeping Beauty transposase[U-13C; U-15N]1
20 mMMESnatural abundance1
650 mMsodium sulfatenatural abundance1
2 mg/mLRED subdomain of the Sleeping Beauty transposase[U-13C; U-15N]2
20 mMMESnatural abundance2
650 mMsodium sulfatenatural abundance2
試料状態イオン強度: 650 mM / Label: solution / pH: 5 / 圧: ambient / 温度: 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 950 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
xplor-nihSchwieters, C. D., Kuszewski, J. J., Tjandra, N. and Clore, G. M. (2003) The Xplor-NIH NMR molecular structure determination package. J Magn Reson. 160, 65-73structure calculation
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxgeometry optimization
TopSpinBruker Biospincollection
代表構造選択基準: medoid
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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