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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ul9 | ||||||
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タイトル | Structure and function of the divalent anion/Na+ symporter from Vibrio cholerae and a humanized variant | ||||||
要素 | Transporter, NadC family | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 transmembrane transporter activity / transmembrane transport / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Vibrio cholerae serotype O1 (コレラ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.78 Å | ||||||
データ登録者 | Lu, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017 タイトル: Structure and function of the divalent anion/Na(+) symporter from Vibrio cholerae and a humanized variant. 著者: Nie, R. / Stark, S. / Symersky, J. / Kaplan, R.S. / Lu, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5ul9.cif.gz | 334.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5ul9.ent.gz | 273.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5ul9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5ul9_validation.pdf.gz | 482.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5ul9_full_validation.pdf.gz | 530.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5ul9_validation.xml.gz | 63.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5ul9_validation.cif.gz | 83.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ul/5ul9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ul/5ul9 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Ens-ID: 1 / Refine code: 1
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47537.664 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Vibrio cholerae serotype O1 (strain ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961) (コレラ菌) 株: ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961 / 遺伝子: VC_A0025 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KNE0 #2: 化合物 | ChemComp-NA / #3: 化合物 | ChemComp-CIT / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.95 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 / 詳細: PEG, Na+, etc. / PH範囲: 7 / Temp details: 293 K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.78→100 Å / Num. obs: 82226 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 15 % / Net I/σ(I): 20 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.78→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.625 / ESU R Free: 0.341 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 75.846 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.78→15 Å
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拘束条件 |
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