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- PDB-5u8g: DNA Polymerase Beta crystallized in PEG 400 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5u8g
タイトルDNA Polymerase Beta crystallized in PEG 400
要素
  • DNA (5'-D(*CP*CP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*GP*CP*AP*TP*CP*AP*GP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*CP*TP*GP*AP*TP*GP*CP*GP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*TP*CP*GP*G)-3')
  • DNA polymerase beta
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / LYASE/DNA / DNA Polymerase (DNAポリメラーゼ) / Lyase (リアーゼ) / DNA complex (デオキシリボ核酸) / LYASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Resolution of AP sites via the single-nucleotide replacement pathway / immunoglobulin heavy chain V-D-J recombination / Resolution of AP sites via the multiple-nucleotide patch replacement pathway / Abasic sugar-phosphate removal via the single-nucleotide replacement pathway / APEX1-Independent Resolution of AP Sites via the Single Nucleotide Replacement Pathway / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ / homeostasis of number of cells / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / PCNA-Dependent Long Patch Base Excision Repair / POLB-Dependent Long Patch Base Excision Repair ...Resolution of AP sites via the single-nucleotide replacement pathway / immunoglobulin heavy chain V-D-J recombination / Resolution of AP sites via the multiple-nucleotide patch replacement pathway / Abasic sugar-phosphate removal via the single-nucleotide replacement pathway / APEX1-Independent Resolution of AP Sites via the Single Nucleotide Replacement Pathway / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ / homeostasis of number of cells / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / PCNA-Dependent Long Patch Base Excision Repair / POLB-Dependent Long Patch Base Excision Repair / pyrimidine dimer repair / response to hyperoxia / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / lymph node development / salivary gland morphogenesis / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / base-excision repair, gap-filling / spleen development / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / spindle microtubule / response to gamma radiation / 塩基除去修復 / DNA-templated DNA replication / double-strand break repair via nonhomologous end joining / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / microtubule binding / neuron apoptotic process / response to ethanol / in utero embryonic development / 微小管 / damaged DNA binding / DNAポリメラーゼ / DNA-directed DNA polymerase activity / lyase activity / Ub-specific processing proteases / 炎症 / DNA修復 / DNA damage response / enzyme binding / protein-containing complex / 核質 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase family X, beta-like / DNA polymerase beta, N-terminal domain-like / DNA polymerase beta, palm domain / DNA polymerase beta palm / DNA polymerase lambda, fingers domain / Fingers domain of DNA polymerase lambda / DNA-directed DNA polymerase X / DNA polymerase beta-like, N-terminal domain / Helix-hairpin-helix domain / DNA polymerase X family ...DNA polymerase family X, beta-like / DNA polymerase beta, N-terminal domain-like / DNA polymerase beta, palm domain / DNA polymerase beta palm / DNA polymerase lambda, fingers domain / Fingers domain of DNA polymerase lambda / DNA-directed DNA polymerase X / DNA polymerase beta-like, N-terminal domain / Helix-hairpin-helix domain / DNA polymerase X family / DNA polymerase lambda lyase domain superfamily / DNA polymerase family X, binding site / DNA polymerase family X signature. / DNA polymerase family X / DNA polymerase beta, thumb domain / DNA polymerase beta thumb / DNA polymerase, thumb domain superfamily / Beta Polymerase, domain 2 / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif, class 1 / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif class 1 / Beta Polymerase; domain 2 / Nucleotidyltransferase superfamily / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / DNA polymerase beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.166 Å
データ登録者Eckenroth, B.E. / Doublie, S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01 CA080830 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2017
タイトル: Remote Mutations Induce Functional Changes in Active Site Residues of Human DNA Polymerase beta.
著者: Eckenroth, B.E. / Towle-Weicksel, J.B. / Nemec, A.A. / Murphy, D.L. / Sweasy, J.B. / Doublie, S.
履歴
登録2016年12月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月17日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_audit_support / software
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _software.classification / _software.name
改定 1.32019年1月16日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: pdbx_entity_src_syn
Item: _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific
改定 1.42019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase beta
T: DNA (5'-D(*CP*CP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*GP*CP*AP*TP*CP*AP*GP*C)-3')
P: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*GP*AP*TP*GP*CP*GP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*GP*TP*CP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7737
ポリマ－47,6924
非ポリマー813
水4,792266
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4100 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area19780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.104, 78.659, 54.721
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.250, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 DNA polymerase beta /


分子量: 38241.672 Da / 分子数: 1 / 断片: DNA polymerase / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLB / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 DE3
参照: UniProt: P06746, DNAポリメラーゼ, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ

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DNA鎖 , 3種, 3分子 TPD

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*CP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*GP*CP*AP*TP*CP*AP*GP*C)-3')


分子量: 4853.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA Primer Strand, 10mer / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*TP*GP*AP*TP*GP*CP*GP*C)-3')


分子量: 3061.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA Downstream Strand, 5mer / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*TP*CP*GP*G)-3')


分子量: 1536.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA Downstream Strand / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 3種, 269分子

#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 266 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.02 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 24% PEG 400, 30 mM potassium sodium tartrate, 1% 1,4-dioxane

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データ収集

回折平均測定温度: 104 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年2月11日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.166→14 Å / Num. obs: 45604 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 11.6 % / Biso Wilson estimate: 33.06 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
2.166-2.254.30.6220.738198.1
2.25-2.347.80.4820.901199.9
2.34-2.449.80.4160.9561100
2.44-2.5711.30.3350.9721100
2.57-2.7312.80.2570.9861100
2.73-2.9413.60.1960.9921100
2.94-3.2313.80.1350.9961100
3.23-3.6913.90.0990.9981100
3.69-4.6214.10.0830.9981100
4.62-1414.10.0620.9991100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ISB

3isb


解像度: 2.166→13.68 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.27 / 詳細: refinement in Phenix with I+/I-
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2248 4537 9.95 %
Rwork0.1793 --
obs0.1839 45604 98.39 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 93.32 Å2 / Biso mean: 40.6452 Å2 / Biso min: 17.53 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.166→13.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2464 626 3 266 3359
Biso mean--33.47 43.62 -
残基数----346
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023228
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4954485
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.021497
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002473
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.5831249
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1658-2.19030.35281200.3226974109471
2.1903-2.2160.37211420.32281247138990
2.216-2.24290.33811510.29411323147495
2.2429-2.27110.32441500.26271343149397
2.2711-2.30090.2731490.24991355150499
2.3009-2.33220.30551500.253314201570100
2.3322-2.36540.28781480.247113831531100
2.3654-2.40050.31521290.240714241553100
2.4005-2.43780.32761550.247813611516100
2.4378-2.47760.30611510.227114361587100
2.4776-2.520.27431410.222714071548100
2.52-2.56560.24691710.204613481519100
2.5656-2.61460.2551530.195513881541100
2.6146-2.66760.23551530.208914021555100
2.6676-2.72510.28151790.196613751554100
2.7251-2.7880.28831640.212713701534100
2.788-2.85710.29041400.204514231563100
2.8571-2.93360.24131240.207113911515100
2.9336-3.0190.271480.215214111559100
3.019-3.11540.29421470.197613751522100
3.1154-3.22530.28411880.184514041592100
3.2253-3.35260.20461650.174613691534100
3.3526-3.50280.20791040.172714001504100
3.5028-3.6840.19831590.150314221581100
3.684-3.90980.2111880.145513561544100
3.9098-4.20350.18711500.133614051555100
4.2035-4.61180.14331390.124113891528100
4.6118-5.24590.14861430.132413921535100
5.2459-6.48960.16231490.148313941543100
6.4896-13.68020.15321870.136413801567100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1058-0.3230.06062.55260.19973.4540.0301-0.0563-0.2398-0.0725-0.0012-0.14650.2745-0.034-0.01570.2671-0.0140.02510.19130.01310.246631.7579-4.02759.4338
25.502-0.7085-0.44361.9010.35682.83360.0329-0.67680.0550.16230.0296-0.1233-0.10450.2757-0.04780.2384-0.00990.01150.26690.00850.209722.45099.885329.1753
35.73740.3683-0.41072.2444-0.16512.78160.1321-0.03970.0315-0.0306-0.05330.227-0.0655-0.2074-0.06880.1861-0.01180.00990.247-0.01050.2668-1.63948.568918.2635
41.26810.8874-0.86532.3081-1.15892.9134-0.57390.8639-0.3745-0.85040.7767-0.10870.4078-0.3201-0.15810.457-0.18490.01640.754-0.16160.39163.92887.8586-4.7032
59.11990.3002-3.8166.1994-0.49677.3308-0.0084-0.07140.76060.11420.3354-0.0405-0.2870.5872-0.33750.44760.02530.01310.2659-0.01220.296731.709713.9751-3.1309
61.7230.2932-0.18543.42280.8562.01550.14560.0220.23480.3149-0.2656-0.43960.14560.03270.06470.3606-0.0053-0.00890.20210.03920.410817.10724.321115.1216
72.14270.12-0.37668.31711.20352.71550.2522-0.180.269-0.6758-0.4809-0.0322-0.3249-0.21660.23190.3467-0.0097-0.0470.2882-0.03650.312717.624125.611716.0033
83.42670.5841-1.0774.8285-1.34124.00690.25050.74480.31080.0170.16620.2093-0.2288-0.2516-0.31430.38160.0375-0.01010.30250.06720.277731.31086.2424-4.2202
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 11 through 89 )A11 - 89
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 90 through 150 )A90 - 150
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 151 through 260 )A151 - 260
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 261 through 335 )A261 - 335
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'T' and (resid 1 through 5 )T1 - 5
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'T' and (resid 6 through 16 )T6 - 16
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'P' and (resid 1 through 10 )P1 - 10
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resid 1 through 5 )D1 - 5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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