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- PDB-5u7s: Crystal structure of a fructose-bisphosphate aldolase, class II, ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5u7s
タイトルCrystal structure of a fructose-bisphosphate aldolase, class II, Calvin cycle subtype from Acinetobacter baumannii
要素Fructose-1,6-bisphosphate aldolase
キーワードLYASE (リアーゼ) / structural genomics (構造ゲノミクス) / aldolase / National Institute of Allergy and Infectious Diseases (アメリカ国立アレルギー・感染症研究所) / NIAID / ESKAPE pathogen / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
機能・相同性
機能・相同性情報


fructose-bisphosphate aldolase / fructose-bisphosphate aldolase activity / glycolytic process / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Fructose-bisphosphate aldolase, class II, Calvin cycle subtype / Fructose-bisphosphate aldolase class-II signature 2. / Fructose-bisphosphate aldolase, class-II / Fructose-bisphosphate aldolase class-II / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
クエン酸 / ギ酸 / Fructose-1,6-bisphosphate aldolase
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of a fructose-bisphosphate aldolase, class II, Calvin cycle subtype from Acinetobacter baumannii
著者: Edwards, T.E. / Abendroth, J. / Lorimer, D. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
履歴
登録2016年12月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fructose-1,6-bisphosphate aldolase
B: Fructose-1,6-bisphosphate aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,1185
ポリマ－76,8572
非ポリマー2613
水1,31573
1
A: Fructose-1,6-bisphosphate aldolase
B: Fructose-1,6-bisphosphate aldolase
ヘテロ分子

A: Fructose-1,6-bisphosphate aldolase
B: Fructose-1,6-bisphosphate aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,23710
ポリマ－153,7144
非ポリマー5226
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area12240 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area43700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)134.110, 83.120, 99.390
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 131.980, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid -2 through 0 or (resid 1...
21(chain B and ((resid -2 through -1 and (name N...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11HISHISHISHIS(chain A and (resid -2 through 0 or (resid 1...AA-2 - 06 - 8
12METMETALAALA(chain A and (resid -2 through 0 or (resid 1...AA1 - 29 - 10
13HISHISLYSLYS(chain A and (resid -2 through 0 or (resid 1...AA-2 - 3456 - 353
14HISHISLYSLYS(chain A and (resid -2 through 0 or (resid 1...AA-2 - 3456 - 353
15HISHISLYSLYS(chain A and (resid -2 through 0 or (resid 1...AA-2 - 3456 - 353
16HISHISLYSLYS(chain A and (resid -2 through 0 or (resid 1...AA-2 - 3456 - 353
21HISHISHISHIS(chain B and ((resid -2 through -1 and (name N...BB-2 - -16 - 7
22HISHISLYSLYS(chain B and ((resid -2 through -1 and (name N...BB-2 - 3456 - 353
23HISHISLYSLYS(chain B and ((resid -2 through -1 and (name N...BB-2 - 3456 - 353
24HISHISLYSLYS(chain B and ((resid -2 through -1 and (name N...BB-2 - 3456 - 353
25HISHISLYSLYS(chain B and ((resid -2 through -1 and (name N...BB-2 - 3456 - 353

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要素

#1: タンパク質 Fructose-1,6-bisphosphate aldolase / Fructose-bisphosphate aldolase class 2 / Fructose-bisphosphate aldolase class II / Fructose- ...Fructose-bisphosphate aldolase class 2 / Fructose-bisphosphate aldolase class II / Fructose-bisphosphate aldolase / class II / Calvin cycle subtype


分子量: 38428.574 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
遺伝子: fbaA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: V5VDS0, fructose-bisphosphate aldolase
#2: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸 / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸 / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.09 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: AcbaC.01416.a.A1.PS02365 at 24 mg/mL against Morpheus G6 10% PEG 8000, 20% EG, 20 mM sodium formate, 20 mM ammonium acetate, 20 mM trisodium potassium tartrate, 20 mM sodium oxamate, 0.1 M ...詳細: AcbaC.01416.a.A1.PS02365 at 24 mg/mL against Morpheus G6 10% PEG 8000, 20% EG, 20 mM sodium formate, 20 mM ammonium acetate, 20 mM trisodium potassium tartrate, 20 mM sodium oxamate, 0.1 M MOPS/Hepes pH 7.5, crystal ID 262645g6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→40.484 Å / Num. obs: 26739 / % possible obs: 94.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.669 % / Biso Wilson estimate: 46.08 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rrim(I) all: 0.079 / Χ2: 1.008 / Net I/σ(I): 16.15 / Num. measured all: 178325 / Scaling rejects: 7409
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
2.5-2.574.2740.4732.590.933181.4
2.57-2.644.7690.4682.90.949190.1
2.64-2.715.7490.3943.790.971195.6
2.71-2.86.9990.3335.130.983193.9
2.8-2.897.3810.2716.760.985193.7
2.89-2.997.3530.2268.190.986193.3
2.99-3.17.320.16610.30.993194.5
3.1-3.237.3180.15111.440.994194
3.23-3.377.280.11614.660.995195.1
3.37-3.547.1290.08619.260.997196.7
3.54-3.737.0220.07621.870.997197.5
3.73-3.956.9410.06724.240.997195.3
3.95-4.236.850.05726.770.998194.3
4.23-4.566.7730.05329.730.998196.6
4.56-56.8040.04531.820.998197.4
5-5.596.9850.04832.10.998198.2
5.59-6.467.1510.04632.370.999198.6
6.46-7.917.0430.04136.650.998198.3
7.91-11.186.9510.03241.750.999198.7
11.18-40.4846.8050.03641.980.997195.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→40.484 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 31.7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2625 1352 5.06 %
Rwork0.1992 --
obs0.2024 26717 94.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 157.51 Å2 / Biso mean: 67.5301 Å2 / Biso min: 31.63 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→40.484 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4824 0 17 73 4914
Biso mean--62.9 53.64 -
残基数----653
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084936
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9726727
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058777
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007891
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4762934
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2749X-RAY DIFFRACTION10.5TORSIONAL
12B2749X-RAY DIFFRACTION10.5TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5001-2.58940.3361980.27562242234084
2.5894-2.69310.34381540.26022466262094
2.6931-2.81560.29631490.2712506265594
2.8156-2.9640.36361340.25832500263494
2.964-3.14970.33441320.24752541267394
3.1497-3.39280.33091390.24412542268195
3.3928-3.7340.25721640.20072584274898
3.734-4.27380.26541400.17712554269495
4.2738-5.38250.19891430.15622642278598
5.3825-40.48960.1916990.168227882887100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.0547-0.38471.13513.07292.00335.47090.2311-0.211-0.1706-0.0082-0.08720.0180.02640.2483-0.25390.3013-0.11910.00990.2865-0.00150.5352-14.0483-35.42544.5809
23.1778-0.04580.58351.5084-0.89442.13570.19090.20190.0643-0.0166-0.05390.2517-0.2331-0.1499-0.08090.34630.0334-0.01820.2892-0.08570.672-20.3761-26.1149-3.2291
34.73141.8404-2.22091.7751-1.36994.93840.15450.55080.2013-0.00040.02920.71920.2607-0.9072-0.16710.3576-0.0278-0.09110.3779-0.1250.744-35.6747-33.5973-2.4502
43.68370.3131-0.12891.7318-0.33181.14650.3563-0.7193-0.37830.3144-0.33950.31030.2285-0.1791-0.02510.4606-0.20970.05920.4402-0.03760.6337-24.6028-36.710112.1064
52.6061-1.45531.03231.5352-1.73252.26180.0325-0.15240.2893-0.044-0.1921-0.2789-0.008-0.1468-0.19060.4332-0.14470.0990.5146-0.26830.94256.4-2.636612.9899
61.75360.5346-0.31582.17030.78561.32520.1198-0.80710.5960.5504-0.26790.0183-0.17960.22390.15870.5398-0.21310.01130.673-0.16120.63276.206-13.943421.7742
70.26940.33610.80523.47051.79432.61410.1597-0.97310.78861.0436-0.46960.4009-0.1682-0.40050.21880.986-0.39790.01341.4405-0.60450.87035.8388-4.573237.5612
80.8754-0.16850.04781.14150.08431.286-0.1272-0.45590.36490.7271-0.1656-0.1363-0.0656-0.2485-0.56310.9848-0.50350.16291.4191-0.80430.607-4.5254-5.551733.7652
90.6136-0.29470.16460.52240.16370.59920.3453-0.73531.1560.3919-0.31270.1675-0.224-0.31590.07620.5925-0.2480.20050.7808-0.47121.0346-9.8305-9.466920.8085
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -2 through 41 )A-2 - 41
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 42 through 135 )A42 - 135
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 136 through 202 )A136 - 202
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 203 through 345 )A203 - 345
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid -2 through 15 )B-2 - 15
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 16 through 185 )B16 - 185
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 186 through 223 )B186 - 223
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 224 through 277 )B224 - 277
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 278 through 345 )B278 - 345

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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