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万見
- PDB-5tlj: COMPLEX BETWEEN HUMAN CD27 AND FAB FRAGMENTS OF ANTIBODIES M2177 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tlj
タイトルCOMPLEX BETWEEN HUMAN CD27 AND FAB FRAGMENTS OF ANTIBODIES M2177 AND M2191
要素
  • CD27 antigen
  • M2177 HEAVY CHAIN
  • M2177 LIGHT CHAIN
  • M2191 HEAVY CHAIN
  • M2191 LIGHT CHAIN
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系)
機能・相同性
機能・相同性情報


TNFs bind their physiological receptors / negative regulation of T cell apoptotic process / positive regulation of T cell differentiation / positive regulation of B cell differentiation / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / immunoglobulin mediated immune response / extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of JNK cascade / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / transmembrane signaling receptor activity ...TNFs bind their physiological receptors / negative regulation of T cell apoptotic process / positive regulation of T cell differentiation / positive regulation of B cell differentiation / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / immunoglobulin mediated immune response / extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of JNK cascade / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / transmembrane signaling receptor activity / response to ethanol / cell surface receptor signaling pathway / external side of plasma membrane / negative regulation of apoptotic process / extracellular region / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Tumour necrosis factor receptor 7 / Tumour necrosis factor receptor 7, N-terminal / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / 抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Teplyakov, A. / Obmolova, G. / Malia, T. / Gilliland, G.L.
引用ジャーナル: Mol. Immunol. / 年: 2017
タイトル: Epitope-dependent mechanisms of CD27 neutralization revealed by X-ray crystallography.
著者: Obmolova, G. / Teplyakov, A. / Malia, T.J. / Wunderler, N. / Kwok, D. / Barone, L. / Sweet, R. / Ort, T. / Scully, M. / Gilliland, G.L.
履歴
登録2016年10月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Polymer sequence / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_poly / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: M2177 LIGHT CHAIN
B: M2177 HEAVY CHAIN
C: M2191 LIGHT CHAIN
D: M2191 HEAVY CHAIN
E: M2177 LIGHT CHAIN
F: M2177 HEAVY CHAIN
G: M2191 LIGHT CHAIN
H: M2191 HEAVY CHAIN
X: CD27 antigen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)205,41910
ポリマ－204,9949
非ポリマー4241
水0
1
A: M2177 LIGHT CHAIN
B: M2177 HEAVY CHAIN
C: M2191 LIGHT CHAIN
D: M2191 HEAVY CHAIN
X: CD27 antigen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,0656
ポリマ－108,6415
非ポリマー4241
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: M2177 LIGHT CHAIN
F: M2177 HEAVY CHAIN
G: M2191 LIGHT CHAIN
H: M2191 HEAVY CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,3534
ポリマ－96,3534
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)141.080, 52.960, 143.410
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.19, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細THE DEPOSITORS STATE THAT THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT CONTAINS TWO TERNARY COMPLEXES COMPOSED OF CD27 AND TWO FABS. ONE TERNARY COMPLEX INCLUDES FAB M2177 (CHAINS A AND B), FAB M2191 (CHAINS C AND D), AND CD27 (CHAIN X). THE SECOND TERNARY COMPLEX INCLUDES FAB M2177 (CHAINS E AND F), FAB M2191 (CHAINS G AND H), BUT NO CD27, WHICH IS NOT DEFINED IN THE ELECTRON DENSITY.

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要素

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抗体 , 4種, 8分子 AEBFCGDH

#1: 抗体 M2177 LIGHT CHAIN


分子量: 23712.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus, Homo sapiens / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 M2177 HEAVY CHAIN


分子量: 24444.291 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus, Homo sapiens / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 M2191 LIGHT CHAIN


分子量: 23825.504 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus, Homo sapiens / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体 M2191 HEAVY CHAIN


分子量: 24371.271 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus, Homo sapiens / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 X

#5: タンパク質 CD27 antigen / CD27L receptor / T-cell activation antigen CD27 / T14 / Tumor necrosis factor receptor superfamily member 7


分子量: 12287.896 Da / 分子数: 1 / Fragment: Extracellular domain residues 21-121 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD27, TNFRSF7 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: P26842
#6: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE

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詳細

構成要素の詳細THE DEPOSITORS STATE THAT THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT CONTAINS TWO TERNARY COMPLEXES ...THE DEPOSITORS STATE THAT THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT CONTAINS TWO TERNARY COMPLEXES COMPOSED OF CD27 AND TWO FABS. ONE TERNARY COMPLEX INCLUDES FAB M2177 (CHAINS A AND B), FAB M2191 (CHAINS C AND D), AND CD27 (CHAIN X). THE SECOND TERNARY COMPLEX INCLUDES FAB M2177 (CHAINS E AND F), FAB M2191 (CHAINS G AND H), BUT NO CD27, WHICH IS NOT DEFINED IN THE ELECTRON DENSITY.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M TRIS PH 8.5, 24% PEG 3350, 0.2 M AMMONIUM CHLORIDE
PH範囲: 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月30日 / 詳細: VARIMAX HF
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→30 Å / Num. obs: 25023 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 41.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.158 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル解像度: 3.5→3.6 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.489 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 85.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5TL5

5tl5


解像度: 3.5→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.836 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.727 / SU B: 62.932 / SU ML: 0.964 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.973
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.35649 1254 5 %RANDOM
Rwork0.28313 ---
obs0.28688 23667 98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 61.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.21 Å2-0 Å2-0.99 Å2
2---1.87 Å20 Å2
3---3.66 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13704 0 28 0 13732
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.01914087
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3081.9519153
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.22651798
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.84124.4550
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.489152215
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.0111550
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.22128
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02110559
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.6718.2527222
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.69718.5539010
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3648.1536865
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.5→3.588 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.406 95 -
Rwork0.367 1543 -
obs--91 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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