+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5p9w | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | rat catechol O-methyltransferase in complex with 4'-fluoro-4,5-dihydroxy-N-{[(1R,2R)-2-{(2S,4R,5R)-4-hydroxy-5-[6-(methylamino)-9H-purin-9-yl]oxolan-2-yl}cyclopropyl]methyl}[1,1'-biphenyl]-3-carboxamide | |||||||||
要素 | Catechol O-methyltransferaseカテコール-O-メチルトランスフェラーゼ | |||||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / METHYLTRANSFERASE (メチルトランスフェラーゼ) / NEUROTRANSMITTER DEGRADATION | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Enzymatic degradation of dopamine by COMT / Enzymatic degradation of Dopamine by monoamine oxidase / positive regulation of homocysteine metabolic process / メチル化 / norepinephrine secretion / response to dopamine / 咀嚼 / catecholamine catabolic process / catechol-containing compound metabolic process / S-adenosylhomocysteine metabolic process ...Enzymatic degradation of dopamine by COMT / Enzymatic degradation of Dopamine by monoamine oxidase / positive regulation of homocysteine metabolic process / メチル化 / norepinephrine secretion / response to dopamine / 咀嚼 / catecholamine catabolic process / catechol-containing compound metabolic process / S-adenosylhomocysteine metabolic process / response to salt / catechol O-methyltransferase activity / renal sodium excretion / : / : / renin secretion into blood stream / カテコール-O-メチルトランスフェラーゼ / 発生生物学 / renal filtration / renal albumin absorption / dopamine secretion / S-adenosylmethionine metabolic process / negative regulation of dopamine metabolic process / 馴化 / artery development / catecholamine metabolic process / short-term memory / cellular response to phosphate starvation / cerebellar cortex morphogenesis / dopamine catabolic process / norepinephrine metabolic process / glomerulus development / fear response / multicellular organismal reproductive process / synaptic transmission, dopaminergic / response to angiotensin / cellular response to cocaine / estrogen metabolic process / response to food / exploration behavior / cholesterol efflux / response to temperature stimulus / response to pain / dopamine metabolic process / response to corticosterone / prostaglandin metabolic process / glycogen metabolic process / startle response / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / response to inorganic substance / behavioral fear response / multicellular organismal response to stress / response to amphetamine / response to organic substance / kidney development / 学習 / female pregnancy / response to cytokine / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / multicellular organism growth / visual learning / response to organic cyclic compound / 記憶 / response to toxic substance / 認識 / 血圧 / response to wounding / response to estrogen / cell body / 遺伝子発現 / メチル化 / postsynapse / postsynaptic membrane / response to oxidative stress / vesicle / response to lipopolysaccharide / 樹状突起スパイン / response to hypoxia / learning or memory / response to xenobiotic stimulus / 神経繊維 / 樹状突起 / glutamatergic synapse / magnesium ion binding / 生体膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.43 Å | |||||||||
データ登録者 | Ehler, A. / Lerner, C. / Rudolph, M.G. | |||||||||
引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Crystal Structure of a COMT complex 著者: Lerner, C. / Jakob-Roetne, R. / Groebke-Zbinden, K. / Buettelmann, B. / Rudolph, M.G. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5p9w.cif.gz | 67 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb5p9w.ent.gz | 47.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5p9w.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p9/5p9w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p9/5p9w | HTTPS FTP |
---|
-グループ登録
ID | G_1002014 (21エントリ) |
---|---|
タイトル | Crystal Structure of COMT complex |
タイプ | undefined |
解説 | Crystal Structure of COMT complex |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 24772.400 Da / 分子数: 1 / 断片: SOLUBLE FORM, RESIDUES 44-264 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Comt / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P22734, カテコール-O-メチルトランスフェラーゼ |
---|
-非ポリマー , 7種, 255分子
#2: 化合物 | ChemComp-MG / | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-7JN / | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-D1D / ( | #7: 化合物 | ChemComp-NHE / | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.47 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: AMMONIUM SULPHATE, CHES, PH 9 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.43→45.15 Å / Num. obs: 41178 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.44 % / Biso Wilson estimate: 19.79 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 10.74 |
反射 シェル | 解像度: 1.43→1.47 Å / Rmerge(I) obs: 0.949 / Mean I/σ(I) obs: 1.39 / % possible all: 98.5 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: INHOUSE MODEL 解像度: 1.43→45.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 1.118 / SU ML: 0.043 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.064 / ESU R Free: 0.068 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: DIFFERENT ORIENTATION OF 3'-DEOXY RIBOSE COMPARED TO RIBOSE. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 11.27 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.43→45.15 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|