PDB-5p6r: Automated refinement of diffraction data obtained from an endothi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5p6r

タイトル

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 288

要素

endothiapepsin

エンドチアペプシン

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) / fragment screening / method development /

aspartic protease (アスパラギン酸プロテアーゼ)

機能・相同性

機能・相同性情報

エンドチアペプシン / aspartic-type endopeptidase activity /

タンパク質分解
類似検索 - 分子機能

生物種

Cryphonectria parasitica (クリ胴枯病)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.269 Å

Model details

All 364 structures of this series were generated by an automated refinement pipeline and, thus, not ...

データ登録者

Schiebel, J. / Heine, A. / Klebe, G.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
著者: Schiebel, J. / Krimmer, S.G. / Rower, K. / Knorlein, A. / Wang, X. / Park, A.Y. / Stieler, M. / Ehrmann, F.R. / Fu, K. / Radeva, N. / Krug, M. / Huschmann, F.U. / Glockner, S. / Weiss, M.S. / ...

履歴

登録	2016年6月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年8月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年8月10日	Group: Database references
改定 1.2	2017年1月11日	Group: Database references
改定 1.3	2018年2月21日	Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_deposit_group / Item: _pdbx_deposit_group.group_type
改定 1.4	2021年11月17日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_deposit_group Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_deposit_group.group_description

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5p6r.cif.gz	180.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5p6r.ent.gz	152.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5p6r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p6/5p6r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p6/5p6r	HTTPS FTP

-
グループ登録

ID	G_1002001 (364エントリ) 5oyq 5oyr 5oys 5oyt 5oyu 5oyv 5oyw 5oyx 5oyy 5oyz
タイトル	High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
タイプ	undefined
解説	High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.

-
関連構造データ

関連構造データ	4y5lS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5r3o-d 5r3v-d 5p3k-d 5p0u-d 5dq1-d 5p5g-d 5p1i-d 5p5w-d 5r38-d 5r2q-d 5r3y-d 5p5d-d 5p5q-d 5oyr-d 4y3w-d 5p52-d 5p4i-d 4y3q-d 5re1-d 5rda-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#12 - 2000年12月ペプシン (Pepsin) 類似性 (3)

登録構造単位

A: endothiapepsin

33.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.365, 73.104, 52.876
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 109.580, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	endothiapepsin / エンドチアペプシン分子量: 33813.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cryphonectria parasitica (クリ胴枯病) / 参照: UniProt: P11838, エンドチアペプシン
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 240 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.65 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1 M ammonium acetate, 0.1 M sodium acetate, 24-30% PEG 4000; crystal obtained by streak-seeding and soaked with 90 mM of fragment 288 with the SMILES code OS(=O)(=O)C1=CC=C(Br)C=C1

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918409 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月18日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.918409 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.27→42.743 Å / Num. obs: 85523 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.706 % / B_iso Wilson estimate: 11.31 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.048 / R_rim(I) all: 0.056 / Χ²: 1.008 / Net I/σ(I): 16.75 / Num. measured all: 316989

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.27-1.35		0.634	1.98	49171	13832	13640	0.715	0.745	98.6
1.35-1.44		0.403	3.08	46335	13002	12963	0.85	0.473	99.7
1.44-1.55		0.237	5.39	46170	12159	12143	0.945	0.276	99.9
1.55-1.7		0.14	8.76	40471	11140	11116	0.977	0.164	99.8
1.7-1.9		0.073	16.11	38689	10099	10080	0.994	0.085	99.8
1.9-2.2		0.041	28.79	34276	8941	8919	0.998	0.047	99.8
2.2-2.69		0.03	36.69	27385	7567	7536	0.999	0.035	99.6
2.69-3.79		0.021	52.46	22587	5887	5857	0.999	0.025	99.5
	3.79	0.019	61.13	11905	3289	3269	0.999	0.022	99.4

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	4 Å	42.74 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データスケーリング
PHENIX		精密化
PHASER	2.5.7	位相決定
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4Y5L

4y5l

解像度: 1.269→42.743 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 14.34 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: All 364 structures of this series were generated by an automated refinement pipeline and, thus, not refined to full convergence (e.g. since no manual (re-)building was performed, fragments ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.161	4277	5 %	RANDOM
R_work	0.1345	81244	-	-
obs	0.1358	85521	99.65 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 47.96 Å² / B_iso mean: 14.6436 Å² / B_iso min: 7.33 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.269→42.743 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2369	0	0	240	2609
B_iso mean	-	-	-	25.38	-
残基数	-	-	-	-	330

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	2426
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.171	3329
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.07	399
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	424
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.854	783

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.2688-1.2832	0.267	135	0.2381	2566	2701	94
1.2832-1.2983	0.2591	143	0.2191	2711	2854	100
1.2983-1.3141	0.2384	140	0.2025	2664	2804	100
1.3141-1.3308	0.235	144	0.1948	2725	2869	100
1.3308-1.3483	0.2321	141	0.1842	2686	2827	99
1.3483-1.3667	0.2196	144	0.1795	2724	2868	99
1.3667-1.3863	0.2082	142	0.171	2705	2847	100
1.3863-1.407	0.2123	142	0.1584	2691	2833	100
1.407-1.429	0.1718	143	0.1447	2715	2858	100
1.429-1.4524	0.1689	142	0.1386	2701	2843	100
1.4524-1.4774	0.1824	141	0.1339	2690	2831	100
1.4774-1.5043	0.1704	143	0.1278	2721	2864	100
1.5043-1.5332	0.1533	142	0.1133	2685	2827	100
1.5332-1.5645	0.1392	144	0.1068	2733	2877	100
1.5645-1.5985	0.1319	142	0.1062	2701	2843	100
1.5985-1.6357	0.1316	142	0.1061	2711	2853	100
1.6357-1.6766	0.1508	144	0.1025	2717	2861	100
1.6766-1.722	0.1236	142	0.1017	2707	2849	100
1.722-1.7726	0.1193	143	0.1014	2709	2852	100
1.7726-1.8299	0.1274	143	0.1017	2723	2866	100
1.8299-1.8953	0.1516	143	0.1062	2723	2866	100
1.8953-1.9711	0.1307	144	0.1092	2727	2871	100
1.9711-2.0609	0.1419	142	0.111	2698	2840	100
2.0609-2.1695	0.1215	142	0.1116	2707	2849	100
2.1695-2.3054	0.1497	143	0.1201	2713	2856	100
2.3054-2.4834	0.1408	143	0.1304	2710	2853	100
2.4834-2.7333	0.1669	144	0.1374	2735	2879	100
2.7333-3.1287	0.1389	143	0.1441	2728	2871	100
3.1287-3.9414	0.2009	143	0.1529	2724	2867	100
3.9414-42.7671	0.173	148	0.1551	2794	2942	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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