+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5oip | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | InhA (T2A mutant) complexed with 1-(Pyridin-3-ylmethyl)-3-(1-(pyrimidin-2-yl)piperidin-4-yl)urea | ||||||
要素 | Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Inhibitor / complex / fragment based drug discovery / tuberculosis (結核) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 trans-2-enoyl-CoA reductase (NADH) activity / mycolic acid biosynthetic process / fatty acid elongation / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / NAD+ binding / peptidoglycan-based cell wall / fatty acid binding / response to antibiotic / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (結核菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.71 Å | ||||||
データ登録者 | Convery, M.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: ChemMedChem / 年: 2018 タイトル: Screening of a Novel Fragment Library with Functional Complexity against Mycobacterium tuberculosis InhA. 著者: Prati, F. / Zuccotto, F. / Fletcher, D. / Convery, M.A. / Fernandez-Menendez, R. / Bates, R. / Encinas, L. / Zeng, J. / Chung, C.W. / De Dios Anton, P. / Mendoza-Losana, A. / Mackenzie, C. / ...著者: Prati, F. / Zuccotto, F. / Fletcher, D. / Convery, M.A. / Fernandez-Menendez, R. / Bates, R. / Encinas, L. / Zeng, J. / Chung, C.W. / De Dios Anton, P. / Mendoza-Losana, A. / Mackenzie, C. / Green, S.R. / Huggett, M. / Barros, D. / Wyatt, P.G. / Ray, P.C. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5oip.cif.gz | 122.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb5oip.ent.gz | 100.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5oip.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oi/5oip ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oi/5oip | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28524.754 Da / 分子数: 1 / 変異: T2A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: inhA, Rv1484, MTCY277.05 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P9WGR1, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-NAD / |
#3: 化合物 | ChemComp-9WE / |
#4: 化合物 | ChemComp-PO4 / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.05 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 10% glycerol, 25% 1,2propanediol, 0.1M PO4. Cryo is well solution |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9282 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9282 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.71→41.34 Å / Num. obs: 45004 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 19.2 % / Biso Wilson estimate: 31.31 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 19.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.71→1.75 Å / 冗長度: 17.1 % / Rmerge(I) obs: 2.876 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 3248 / CC1/2: 0.514 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 解像度: 1.71→25.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.072 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.078 / SU Rfree Blow DPI: 0.073 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.069
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.29 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.71→25.04 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.71→1.75 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 45.8577 Å / Origin y: 48.705 Å / Origin z: -88.9066 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ | Selection details: { A|* } |