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- PDB-5n1z: Crystal structure of the BCL6 BTB domain in complex with pyrazolo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5n1z
タイトルCrystal structure of the BCL6 BTB domain in complex with pyrazolo-pyrimidine macrocyclic ligand
要素B-cell lymphoma 6 protein
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / KINASE (キナーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of memory T cell differentiation / negative regulation of mitotic cell cycle DNA replication / intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of plasma cell differentiation / negative regulation of T-helper 2 cell differentiation / isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of mast cell cytokine production / regulation of germinal center formation / plasma cell differentiation ...regulation of memory T cell differentiation / negative regulation of mitotic cell cycle DNA replication / intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of plasma cell differentiation / negative regulation of T-helper 2 cell differentiation / isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of mast cell cytokine production / regulation of germinal center formation / plasma cell differentiation / germinal center formation / paraspeckles / negative regulation of leukocyte proliferation / regulation of immune system process / pyramidal neuron differentiation / type 2 immune response / positive regulation of regulatory T cell differentiation / T-helper 2 cell differentiation / negative regulation of B cell apoptotic process / positive regulation of cell motility / negative regulation of Rho protein signal transduction / erythrocyte development / FOXO-mediated transcription of cell death genes / negative regulation of cell-matrix adhesion / regulation of T cell proliferation / negative regulation of Notch signaling pathway / TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain / B cell proliferation / regulation of cell differentiation / negative regulation of cellular senescence / Rho protein signal transduction / regulation of immune response / heterochromatin formation / positive regulation of B cell proliferation / regulation of cytokine production / positive regulation of neuron differentiation / cell-matrix adhesion / transcription corepressor binding / 運動性 / cell morphogenesis / protein localization / negative regulation of cell growth / chromatin DNA binding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific double-stranded DNA binding / regulation of cell population proliferation / regulation of inflammatory response / actin cytoskeleton organization / 精子形成 / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / transcription by RNA polymerase II / 炎症 / positive regulation of apoptotic process / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA damage response / chromatin binding / 核小体 / ゴルジ体 / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / 核質 / identical protein binding / metal ion binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Zinc finger, C2H2 type / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / ジンクフィンガー / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily ...Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Zinc finger, C2H2 type / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / ジンクフィンガー / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
pyrazolo-pyrimidine macrocycle / B-cell lymphoma 6 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.81 Å
データ登録者Robb, G. / Ferguson, A. / Hargreaves, D.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2017
タイトル: Discovery of Pyrazolo[1,5-a]pyrimidine B-Cell Lymphoma 6 (BCL6) Binders and Optimization to High Affinity Macrocyclic Inhibitors.
著者: McCoull, W. / Abrams, R.D. / Anderson, E. / Blades, K. / Barton, P. / Box, M. / Burgess, J. / Byth, K. / Cao, Q. / Chuaqui, C. / Carbajo, R.J. / Cheung, T. / Code, E. / Ferguson, A.D. / ...著者: McCoull, W. / Abrams, R.D. / Anderson, E. / Blades, K. / Barton, P. / Box, M. / Burgess, J. / Byth, K. / Cao, Q. / Chuaqui, C. / Carbajo, R.J. / Cheung, T. / Code, E. / Ferguson, A.D. / Fillery, S. / Fuller, N.O. / Gangl, E. / Gao, N. / Grist, M. / Hargreaves, D. / Howard, M.R. / Hu, J. / Kemmitt, P.D. / Nelson, J.E. / O'Connell, N. / Prince, D.B. / Raubo, P. / Rawlins, P.B. / Robb, G.R. / Shi, J. / Waring, M.J. / Whittaker, D. / Wylot, M. / Zhu, X.
履歴
登録2017年2月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月7日Group: Database references
改定 2.02024年5月8日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist
Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI ..._atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_high

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: B-cell lymphoma 6 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,7383
ポリマ－14,2161
非ポリマー5232
水70339
1
A: B-cell lymphoma 6 protein
ヘテロ分子

A: B-cell lymphoma 6 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,4776
ポリマ－28,4312
非ポリマー1,0464
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area4550 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area12940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)30.890, 71.890, 54.950
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.92, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-308-

HOH

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要素

#1: タンパク質 B-cell lymphoma 6 protein / / BCL-6 / B-cell lymphoma 5 protein / BCL-5 / Protein LAZ-3 / Zinc finger and BTB domain-containing ...BCL-6 / B-cell lymphoma 5 protein / BCL-5 / Protein LAZ-3 / Zinc finger and BTB domain-containing protein 27 / Zinc finger protein 51


分子量: 14215.501 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCL6, BCL5, LAZ3, ZBTB27, ZNF51 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P41182
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-8GQ / pyrazolo-pyrimidine macrocycle


分子量: 487.511 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H25N7O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: unknown

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→35.96 Å / Num. obs: 10507 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 30.34 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 1.81→2.03 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.287 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
BUSTER2.11.5精密化
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.81→13.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9016 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8466 / SU R Cruickshank DPI: 0.161 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.158 / SU Rfree Blow DPI: 0.141 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.144
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2503 536 5.1 %RANDOM
Rwork0.216 ---
obs0.2178 10507 97.95 %-
原子変位パラメータBiso mean: 34.72 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.3432 Å20 Å2-0.2938 Å2
2--4.8001 Å20 Å2
3---4.5431 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.253 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.81→13.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数993 0 37 39 1069
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.011048HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.061417HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d392SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes26HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes148HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1048HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.18
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.34
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion137SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1281SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.8→2.01 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2493 137 4.63 %
Rwork0.2016 2823 -
all0.2038 2960 -
obs--97.95 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -5.6344 Å / Origin y: -1.9492 Å / Origin z: -10.2257 Å
111213212223313233
T-0.1147 Å2-0.0404 Å20.0115 Å2--0.0287 Å20.003 Å2---0.0146 Å2
L0.4661 °20.2521 °20.0267 °2-1.1168 °2-0.4844 °2--2.794 °2
S-0.0996 Å °0.0934 Å °0.0425 Å °-0.2458 Å °0.0596 Å °0.0523 Å °0.3099 Å °-0.1863 Å °0.0399 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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