PDB-5mor: Joint X-ray/neutron structure of cationic trypsin in complex with...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5mor

タイトル

Joint X-ray/neutron structure of cationic trypsin in complex with benzylamine

要素

Cationic trypsin

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) /

hydrogen bonding (水素結合) /

protonation (プロトン化) / protein-ligand interaction

機能・相同性

機能・相同性情報

トリプシン /

serpin family protein binding /

serine protease inhibitor complex /

消化 /

endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity /

タンパク質分解 /

extracellular space /

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

中性子回折 /

シンクロトロン / NUCLEAR REACTOR /

分子置換 / 解像度: 0.98 Å

データ登録者

Schiebel, J. / Schrader, T.E. / Ostermann, A. / Heine, A. / Klebe, G.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Joint X-ray/neutron structure of cationic trypsin in complex with benzylamine
著者: Schiebel, J. / Heine, A. / Klebe, G.

履歴

登録	2016年12月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年2月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年11月14日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5mor.cif.gz	146.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5mor.ent.gz	117.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5mor.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mo/5mor ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mo/5mor	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4i8hS 5mnm 5mo1 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5mos-d 6sv0-d 5moo-d 6svw-d 4yta-d 3unr-d 4tpy-d 3uy9-7 7brz-d 5mnp-d 6svu-d 5mnz-d 5xz2-2 1btw-d 1utq-d 1c5q-d 2by7-d 6svi-d 3rxr-d 1c1r-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#46 - 2003年10月トリプシン (Trypsin) 類似性 (2) #53 - 2004年5月セルピン (Serpins) 類似性 (2) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (1) #207 - 2017年3月光活動性黄色タンパク質 (Photoactive Yellow Protein) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cationic trypsin

ヘテロ分子

23.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.841, 58.334, 67.781
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Cationic trypsin / Beta-trypsin 分子量: 23324.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00760, トリプシン
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-UFZ / (phenylmethyl)azanium / ベンジルアンモニウム / ベンジルアミン分子量: 108.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₀N
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-DOD / water / 重水 / 重水分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: D₂O

-
実験

実験

手法	使用した結晶の数
X線回折	1
中性子回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.08 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5, 15.0-16.5% (w/v) PEG 8000

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	295	1
2	295	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	PETRA III, EMBL c/o DESY	P14 (MX2)	1	0.8266
NUCLEAR REACTOR	FRM II	BIODIFF	2	2.673

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
DECTRIS PILATUS 6M	1	PIXEL	2015年6月10日
MAATEL BIODIFF	2	IMAGE PLATE	2016年8月10日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	SINGLE WAVELENGTH	M	neutron	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.8266	1
2	2.673	1

反射

Entry-ID: 5MOR

解像度 (Å)	Num. obs	% possible obs (%)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	Net I/σ(I)
0.98-44.215	124579	99.6	6.403	0.052	1	19.99
1.49-50	34022	93.7	2.8	0.129	2	5.866

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
0.98-1.04	6.184	0.562	4.18	1	98.7
1.49-1.52	2.1	0.445	1.954	2	90.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_2429)	精密化
XDS		データ削減
HKL-2000		データ削減
XDS		データスケーリング
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

SU ML: 0.06 / R Free selection details: Random selection / 交差検証法: THROUGHOUT / 構造決定の手法: 分子置換 / 位相誤差: 7.89 / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 開始モデル: 4I8H

4i8h

解像度 (Å)	Refine-ID	R_factor R_free	R_factor R_work	R_factor obs	Num. reflection R_free	Num. reflection obs	% reflection R_free (%)	% reflection obs (%)	Diffraction-ID	σ(F)
0.98-17.437	X-RAY DIFFRACTION	0.1077	0.0995	0.0999	6242	124484	5.01	99.61	1	1.36
1.49-19.667	NEUTRON DIFFRACTION	0.2074	0.1962	0.1968	1713	34004	5.04	93.67	2

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 0.98→17.437 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1613	0	24	146	1783

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3746
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.261	6426
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.535	975
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.098	279
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	794
NEUTRON DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3746
NEUTRON DIFFRACTION	f_angle_d	1.261	6426
NEUTRON DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.535	975
NEUTRON DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.098	279
NEUTRON DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	794

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
0.98-0.9912	0.2096	199	0.2045	3718	X-RAY DIFFRACTION	95
0.9912-1.0028	0.1993	225	0.1914	3860	X-RAY DIFFRACTION	100
1.0028-1.0151	0.1869	202	0.1746	3917	X-RAY DIFFRACTION	100
1.0151-1.0279	0.1453	216	0.1544	3913	X-RAY DIFFRACTION	100
1.0279-1.0414	0.1601	211	0.1356	3880	X-RAY DIFFRACTION	100
1.0414-1.0557	0.1268	226	0.1233	3902	X-RAY DIFFRACTION	100
1.0557-1.0708	0.1197	198	0.1114	3903	X-RAY DIFFRACTION	100
1.0708-1.0867	0.1071	198	0.1034	3889	X-RAY DIFFRACTION	100
1.0867-1.1037	0.0962	197	0.0921	3947	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1037-1.1218	0.1092	197	0.0831	3903	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1218-1.1412	0.1053	218	0.0773	3932	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1412-1.1619	0.0848	225	0.073	3888	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1619-1.1842	0.0835	188	0.0742	3908	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1842-1.2084	0.093	215	0.0714	3946	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2084-1.2347	0.0877	186	0.0726	3922	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2347-1.2634	0.0867	211	0.0699	3945	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2634-1.295	0.0864	188	0.0717	3949	X-RAY DIFFRACTION	100
1.295-1.33	0.0788	206	0.0691	3932	X-RAY DIFFRACTION	100
1.33-1.3691	0.0839	203	0.0711	3935	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3691-1.4133	0.0802	195	0.0709	3968	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4133-1.4638	0.0785	217	0.0695	3935	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4638-1.5223	0.0773	236	0.067	3944	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5223-1.5916	0.0832	218	0.0703	3931	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5916-1.6754	0.0798	216	0.071	3981	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6754-1.7803	0.0781	191	0.076	4011	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7803-1.9176	0.0824	233	0.0821	3930	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9176-2.1103	0.0942	223	0.0852	4018	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1103-2.415	0.1103	208	0.0962	4021	X-RAY DIFFRACTION	100
2.415-3.04	0.1305	190	0.1249	4083	X-RAY DIFFRACTION	100
3.04-17.4397	0.1386	206	0.134	4231	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4886-1.5323	0.2854	155	0.2971	2503	NEUTRON DIFFRACTION	89
1.5323-1.5818	0.275	143	0.263	2667	NEUTRON DIFFRACTION	95
1.5818-1.6383	0.2373	144	0.2481	2739	NEUTRON DIFFRACTION	96
1.6383-1.7038	0.2469	150	0.2304	2759	NEUTRON DIFFRACTION	97
1.7038-1.7813	0.256	137	0.2205	2797	NEUTRON DIFFRACTION	98
1.7813-1.8752	0.2082	153	0.2045	2760	NEUTRON DIFFRACTION	97
1.8752-1.9926	0.2135	163	0.1877	2757	NEUTRON DIFFRACTION	97
1.9926-2.1462	0.1895	142	0.1804	2725	NEUTRON DIFFRACTION	95
2.1462-2.3619	0.2024	127	0.1885	2359	NEUTRON DIFFRACTION	82
2.3619-2.7029	0.1829	133	0.1655	2564	NEUTRON DIFFRACTION	89
2.7029-3.4025	0.1751	125	0.1646	2756	NEUTRON DIFFRACTION	93
3.4025-19.6689	0.1594	141	0.1584	2905	NEUTRON DIFFRACTION	95

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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