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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5mjz | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of the His Domain Protein Tyrosine Phosphatase (HD-PTP/PTPN23) Bro1 domain (Apo structure) | ||||||||||||
要素 | Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 23 | ||||||||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / ESCRT-III (ESCRT) | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of adherens junction organization / positive regulation of homophilic cell adhesion / positive regulation of Wnt protein secretion / positive regulation of early endosome to late endosome transport / negative regulation of epithelial cell migration / protein transport to vacuole involved in ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / early endosome to late endosome transport / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / endocytic recycling / Interleukin-37 signaling ...positive regulation of adherens junction organization / positive regulation of homophilic cell adhesion / positive regulation of Wnt protein secretion / positive regulation of early endosome to late endosome transport / negative regulation of epithelial cell migration / protein transport to vacuole involved in ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / early endosome to late endosome transport / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / endocytic recycling / Interleukin-37 signaling / cilium assembly / 脱リン酸化 / プロテインチロシンホスファターゼ / ciliary basal body / protein tyrosine phosphatase activity / nuclear body / エンドソーム / エンドソーム / intracellular membrane-bounded organelle / protein kinase binding / extracellular exosome / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.867 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Levy, C. / Gahloth, D. | ||||||||||||
資金援助 | 英国, 3件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2017 タイトル: Structural Basis for Specific Interaction of TGF beta Signaling Regulators SARA/Endofin with HD-PTP. 著者: Gahloth, D. / Levy, C. / Walker, L. / Wunderley, L. / Mould, A.P. / Taylor, S. / Woodman, P. / Tabernero, L. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5mjz.cif.gz | 163.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5mjz.ent.gz | 129.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5mjz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mj/5mjz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mj/5mjz | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40719.941 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTPN23, KIAA1471 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q9H3S7, プロテインチロシンホスファターゼ #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.57 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: Apo- HD-PTPBro1 crystals were obtained in 0.2M L-Na-Glutamate, 0.2M Alanine, 0.2M Glycine, 0.2M Lysine HCl, 0.2M Serine, 0.1 M Imidazole; MES monohydrate at pH 6.5 and 30% Ethylene glycol, PEG8K. Temp details: Cold Room |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.969 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.969 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.867→28.49 Å / Num. obs: 60112 / % possible obs: 99.34 % / 冗長度: 4.1 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.1246 / Net I/σ(I): 9.24 |
反射 シェル | 解像度: 1.867→1.934 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.8821 / Mean I/σ(I) obs: 1.99 / CC1/2: 0.586 / % possible all: 97.25 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3RAU 解像度: 1.867→28.49 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.51
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.867→28.49 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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