+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ljc | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of holo human CRBP1 | ||||||
要素 | Retinol-binding protein 1 | ||||||
キーワード | retinol-binding protein / Retinol / Vitamin A / RBP | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 all-trans-retinol binding / retinoic acid biosynthetic process / vitamin A metabolic process / retinoid binding / retinal binding / Retinoid cycle disease events / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / lipid homeostasis / fatty acid transport / Retinoid metabolism and transport ...all-trans-retinol binding / retinoic acid biosynthetic process / vitamin A metabolic process / retinoid binding / retinal binding / Retinoid cycle disease events / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / lipid homeostasis / fatty acid transport / Retinoid metabolism and transport / lipid droplet / fatty acid binding / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.433 Å | ||||||
データ登録者 | Zanotti, G. / Vallese, F. / Berni, R. / Menozzi, I. | ||||||
引用 | ジャーナル: J. Struct. Biol. / 年: 2017 タイトル: Structural and molecular determinants affecting the interaction of retinol with human CRBP1. 著者: Menozzi, I. / Vallese, F. / Polverini, E. / Folli, C. / Berni, R. / Zanotti, G. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5ljc.cif.gz | 73.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb5ljc.ent.gz | 54.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5ljc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lj/5ljc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lj/5ljc | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15856.213 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Position 108 was mutated in Leu. Q108L / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RBP1, CRBP1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P09455 |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-RTL / |
#3: 化合物 | ChemComp-NA / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 279 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5 詳細: 0.2 M ammonium chloride, 0.1 M sodium acetate, 0.2 mM zinc chloride, pH 5,0, 20% PEG 6000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.91881 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91881 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.43→40.883 Å / Num. obs: 23562 / % possible obs: 94.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 9.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.43→1.51 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.504 / % possible all: 82.5 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5LJB 解像度: 1.433→40.883 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.25 / 位相誤差: 23.13
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.433→40.883 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|