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- PDB-5lf6: Human 20S proteasome complex with Z-LLY-ketoaldehyde at 2.1 Angstrom -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lf6
タイトルHuman 20S proteasome complex with Z-LLY-ketoaldehyde at 2.1 Angstrom
要素
  • (Proteasome subunit alpha type- ...プロテアソーム) x 7
  • (Proteasome subunit beta type- ...プロテアソーム) x 7
  • LLY-ketoaldehyde peptide
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Proteasome (プロテアソーム) / Multicatalytic Proteinase / NTN-Hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


purine ribonucleoside triphosphate binding / regulation of endopeptidase activity / Regulation of ornithine decarboxylase (ODC) / proteasome core complex / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / Somitogenesis / immune system process / myofibril / NF-kappaB binding / proteasome endopeptidase complex ...purine ribonucleoside triphosphate binding / regulation of endopeptidase activity / Regulation of ornithine decarboxylase (ODC) / proteasome core complex / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / Somitogenesis / immune system process / myofibril / NF-kappaB binding / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / proteasome core complex, alpha-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / response to organonitrogen compound / proteasome complex / proteolysis involved in protein catabolic process / sarcomere / Regulation of activated PAK-2p34 by proteasome mediated degradation / ciliary basal body / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / Asymmetric localization of PCP proteins / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / Assembly of the pre-replicative complex / Vpu mediated degradation of CD4 / proteasomal protein catabolic process / Degradation of DVL / P-body / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / Hh mutants are degraded by ERAD / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / Degradation of AXIN / Defective CFTR causes cystic fibrosis / Degradation of GLI1 by the proteasome / lipopolysaccharide binding / Hedgehog ligand biogenesis / Activation of NF-kappaB in B cells / Negative regulation of NOTCH4 signaling / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / G2/M Checkpoints / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / Autodegradation of the E3 ubiquitin ligase COP1 / Hedgehog 'on' state / Regulation of RUNX3 expression and activity / Degradation of GLI2 by the proteasome / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / MAPK6/MAPK4 signaling / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / response to virus / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / ABC-family proteins mediated transport / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / response to organic cyclic compound / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / CLEC7A (Dectin-1) signaling / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / nuclear matrix / FCERI mediated NF-kB activation / Regulation of PTEN stability and activity / Interleukin-1 signaling / Orc1 removal from chromatin / Regulation of RAS by GAPs / Separation of Sister Chromatids / Regulation of RUNX2 expression and activity / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / UCH proteinases / KEAP1-NFE2L2 pathway / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Downstream TCR signaling / Neddylation / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / peptidase activity / ER-Phagosome pathway / regulation of inflammatory response / postsynapse / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / secretory granule lumen / endopeptidase activity / response to oxidative stress / ficolin-1-rich granule lumen / nuclear body / リボソーム / Ub-specific processing proteases / cadherin binding / intracellular membrane-bounded organelle / 中心体 / シナプス / ubiquitin protein ligase binding / Neutrophil degranulation / ミトコンドリア / タンパク質分解
類似検索 - 分子機能
Proteasome subunit alpha 1 / Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain / Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1 / Proteasome beta subunit, C-terminal / Proteasome beta subunits C terminal / Proteasome subunit beta 4 / Proteasome subunit beta 2 / Proteasome beta 3 subunit / Proteasome subunit alpha6 / Proteasome subunit alpha5 ...Proteasome subunit alpha 1 / Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain / Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1 / Proteasome beta subunit, C-terminal / Proteasome beta subunits C terminal / Proteasome subunit beta 4 / Proteasome subunit beta 2 / Proteasome beta 3 subunit / Proteasome subunit alpha6 / Proteasome subunit alpha5 / Proteasome beta-type subunits signature. / Peptidase T1A, proteasome beta-subunit / Proteasome beta-type subunit, conserved site / Proteasome subunit A N-terminal signature / Proteasome alpha-type subunits signature. / Proteasome alpha-subunit, N-terminal domain / Proteasome subunit A N-terminal signature Add an annotation / Proteasome alpha-type subunit / Proteasome alpha-type subunit profile. / Proteasome B-type subunit / Proteasome beta-type subunit profile. / Proteasome subunit / Proteasome, subunit alpha/beta / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / benzyl chlorocarbonate / Proteasome subunit alpha type-7 / Proteasome subunit beta type-1 / Proteasome subunit alpha type-1 / Proteasome subunit alpha type-2 / Proteasome subunit alpha type-3 / Proteasome subunit alpha type-4 / Proteasome subunit alpha type-5 / Proteasome subunit beta type-4 ...: / benzyl chlorocarbonate / Proteasome subunit alpha type-7 / Proteasome subunit beta type-1 / Proteasome subunit alpha type-1 / Proteasome subunit alpha type-2 / Proteasome subunit alpha type-3 / Proteasome subunit alpha type-4 / Proteasome subunit alpha type-5 / Proteasome subunit beta type-4 / Proteasome subunit beta type-6 / Proteasome subunit beta type-5 / Proteasome subunit beta type-3 / Proteasome subunit beta type-2 / Proteasome subunit alpha type-6 / Proteasome subunit beta type-7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.07 Å
データ登録者Schrader, J. / Henneberg, F. / Mata, R. / Tittmann, K. / Schneider, T.R. / Stark, H. / Bourenkov, G. / Chari, A.
資金援助 ドイツ, 3件
組織認可番号国
German Research FoundationCH1098/1-1 ドイツ
German Research FoundationSFB860-TP A5 ドイツ
Bundesministerium fuer Bildung und Forschung05K2013-624 ドイツ
引用ジャーナル: Science / 年: 2016
タイトル: The inhibition mechanism of human 20S proteasomes enables next-generation inhibitor design.
著者: Schrader, J. / Henneberg, F. / Mata, R.A. / Tittmann, K. / Schneider, T.R. / Stark, H. / Bourenkov, G. / Chari, A.
履歴
登録2016年6月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月6日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_audit_support
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 2.12024年1月10日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proteasome subunit alpha type-2
B: Proteasome subunit alpha type-4
C: Proteasome subunit alpha type-7
D: Proteasome subunit alpha type-5
E: Proteasome subunit alpha type-1
F: Proteasome subunit alpha type-3
G: Proteasome subunit alpha type-6
H: Proteasome subunit beta type-7
I: Proteasome subunit beta type-3
J: Proteasome subunit beta type-2
c: LLY-ketoaldehyde peptide
K: Proteasome subunit beta type-5
L: Proteasome subunit beta type-1
M: Proteasome subunit beta type-4
N: Proteasome subunit beta type-6
O: Proteasome subunit alpha type-2
P: Proteasome subunit alpha type-4
Q: Proteasome subunit alpha type-7
R: Proteasome subunit alpha type-5
S: Proteasome subunit alpha type-1
T: Proteasome subunit alpha type-3
U: Proteasome subunit alpha type-6
V: Proteasome subunit beta type-7
W: Proteasome subunit beta type-3
X: Proteasome subunit beta type-2
d: LLY-ketoaldehyde peptide
Y: Proteasome subunit beta type-5
Z: Proteasome subunit beta type-1
a: Proteasome subunit beta type-4
b: Proteasome subunit beta type-6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)724,741112
ポリマ－719,82830
非ポリマー4,91382
水63,0713501
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area128080 Å2
ΔGint-1109 kcal/mol
Surface area209550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.870, 203.480, 315.630
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21O
12B
22P
13C
23Q
14D
24R
15E
25S
16F
26T
17G
27U
18H
28V
19I
29W
110J
210X
111K
211Y
112L
212Z
113M
213a
114N
214b

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1010A3 - 232
2010O3 - 232
1020B2 - 249
2020P2 - 249
1030C2 - 237
2030Q2 - 237
1040D9 - 241
2040R9 - 241
1050E4 - 236
2050S4 - 236
1060F6 - 243
2060T6 - 243
1070G2 - 245
2070U2 - 245
1080H1 - 220
2080V1 - 220
1090I1 - 204
2090W1 - 204
10100J1 - 196
20100X1 - 196
10110K1 - 199
20110Y1 - 199
10120L1 - 213
20120Z1 - 213
10130M1 - 216
20130a1 - 216
10140N1 - 201
20140b1 - 201

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14

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要素

-
Proteasome subunit alpha type- ... , 7種, 14分子 AOBPCQDRESFTGU

#1: タンパク質 Proteasome subunit alpha type-2 / プロテアソーム / Macropain subunit C3 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit C3 / Proteasome component C3


分子量: 25927.535 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HELA / 参照: UniProt: P25787, proteasome endopeptidase complex
#2: タンパク質 Proteasome subunit alpha type-4 / プロテアソーム / Macropain subunit C9 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit C9 / Proteasome component C9 / ...Macropain subunit C9 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit C9 / Proteasome component C9 / Proteasome subunit L


分子量: 29525.842 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HELA / 参照: UniProt: P25789, proteasome endopeptidase complex
#3: タンパク質 Proteasome subunit alpha type-7 / プロテアソーム / Proteasome subunit RC6-1 / Proteasome subunit XAPC7


分子量: 27986.941 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HELA / 参照: UniProt: O14818, proteasome endopeptidase complex
#4: タンパク質 Proteasome subunit alpha type-5 / プロテアソーム / Macropain zeta chain / Multicatalytic endopeptidase complex zeta chain / Proteasome zeta chain


分子量: 26435.977 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HELA / 参照: UniProt: P28066, proteasome endopeptidase complex
#5: タンパク質 Proteasome subunit alpha type-1 / プロテアソーム / 30 kDa prosomal protein / PROS-30 / Macropain subunit C2 / Multicatalytic endopeptidase complex ...30 kDa prosomal protein / PROS-30 / Macropain subunit C2 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit C2 / Proteasome component C2 / Proteasome nu chain


分子量: 29720.752 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HELA / 参照: UniProt: P25786, proteasome endopeptidase complex
#6: タンパク質 Proteasome subunit alpha type-3 / プロテアソーム / Macropain subunit C8 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit C8 / Proteasome component C8


分子量: 28469.252 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HELA / 参照: UniProt: P25788, proteasome endopeptidase complex
#7: タンパク質 Proteasome subunit alpha type-6 / プロテアソーム / 27 kDa prosomal protein / p27K / Macropain iota chain / Multicatalytic endopeptidase complex iota ...27 kDa prosomal protein / p27K / Macropain iota chain / Multicatalytic endopeptidase complex iota chain / Proteasome iota chain


分子量: 27739.760 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HELA / 参照: UniProt: P60900, proteasome endopeptidase complex

-
Proteasome subunit beta type- ... , 7種, 14分子 HVIWJXKYLZMaNb

#8: タンパク質 Proteasome subunit beta type-7 / プロテアソーム / Macropain chain Z / Multicatalytic endopeptidase complex chain Z / Proteasome subunit Z


分子量: 25321.980 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HELA / 参照: UniProt: Q99436, proteasome endopeptidase complex
#9: タンパク質 Proteasome subunit beta type-3 / PSMB3 / Proteasome chain 13 / Proteasome component C10-II / Proteasome theta chain


分子量: 22972.896 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HELA / 参照: UniProt: P49720, proteasome endopeptidase complex
#10: タンパク質 Proteasome subunit beta type-2 / PSMB2 / Macropain subunit C7-I / Multicatalytic endopeptidase complex subunit C7-I / Proteasome component C7-I


分子量: 22989.402 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HELA / 参照: UniProt: P49721, proteasome endopeptidase complex
#12: タンパク質 Proteasome subunit beta type-5 / PSMB5 / Macropain epsilon chain / Multicatalytic endopeptidase complex epsilon chain / Proteasome chain 6 / ...Macropain epsilon chain / Multicatalytic endopeptidase complex epsilon chain / Proteasome chain 6 / Proteasome epsilon chain / Proteasome subunit MB1 / Proteasome subunit X


分子量: 22484.369 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HELA / 参照: UniProt: P28074, proteasome endopeptidase complex
#13: タンパク質 Proteasome subunit beta type-1 / PSMB1 / Macropain subunit C5 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit C5 / Proteasome component C5 / ...Macropain subunit C5 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit C5 / Proteasome component C5 / Proteasome gamma chain


分子量: 23578.986 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HELA / 参照: UniProt: P20618, proteasome endopeptidase complex
#14: タンパク質 Proteasome subunit beta type-4 / PSMB4 / 26 kDa prosomal protein / PROS-26 / Macropain beta chain / Multicatalytic endopeptidase complex ...26 kDa prosomal protein / PROS-26 / Macropain beta chain / Multicatalytic endopeptidase complex beta chain / Proteasome beta chain / Proteasome chain 3 / HsN3


分子量: 24414.740 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HELA / 参照: UniProt: P28070, proteasome endopeptidase complex
#15: タンパク質 Proteasome subunit beta type-6 / プロテアソーム / Macropain delta chain / Multicatalytic endopeptidase complex delta chain / Proteasome delta chain / ...Macropain delta chain / Multicatalytic endopeptidase complex delta chain / Proteasome delta chain / Proteasome subunit Y


分子量: 21921.836 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HELA / 参照: UniProt: P28072, proteasome endopeptidase complex

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 cd

#11: タンパク質・ペプチド LLY-ketoaldehyde peptide


分子量: 423.547 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 6種, 3583分子

#16: 化合物...
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#17: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#18: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg
#19: 化合物
ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 238.278 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#20: 化合物 ChemComp-PHQ / benzyl chlorocarbonate / クロロぎ酸ベンジル / クロロギ酸ベンジル


分子量: 170.593 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C8H7ClO2
#21: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3501 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.65 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M Bis-Tris, 0.2 M Magnesium Chloride, 10 % PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月20日 / 詳細: CRL Transfocator
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.07→171.02 Å / Num. obs: 403247 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 6.92 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 2.07→2.15 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / CC1/2: 0.22 / % possible all: 72.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 5LE5

5le5


解像度: 2.07→171.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 14.503 / SU ML: 0.178 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.205 / ESU R Free: 0.174 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22669 21152 5 %RANDOM
Rwork0.18639 ---
obs0.18839 403247 96.37 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 53.765 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.35 Å2-0 Å2-0 Å2
2--1.13 Å2-0 Å2
3---1.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.07→171.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数47957 0 215 3501 51673
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.01949344
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X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6642.88525033
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.6642.88525032
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.7554.31831274
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.7554.31831275
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2493.13724311
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.2493.13724311
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.4844.59735442
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.99424.41557201
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.99424.41657202
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A259420.07
12O259420.07
21B278280.08
22P278280.08
31C251300.1
32Q251300.1
41D263520.08
42R263520.08
51E273200.08
52S273200.08
61F280240.08
62T280240.08
71G264300.08
72U264300.08
81H247440.06
82V247440.06
91I256980.07
92W256980.07
101J245120.08
102X245120.08
111K232840.09
112Y232840.09
121L247540.07
122Z247540.07
131M249160.07
132a249160.07
141N229660.06
142b229660.06
LS精密化 シェル解像度: 2.074→2.128 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.416 893 -
Rwork0.402 16897 -
obs--55.11 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.55220.24110.17510.7489-0.01540.45150.01010.0310.002-0.1218-0.08-0.13160.18790.22370.070.45750.12460.06720.22260.06610.089676.906206.7491.124
20.39790.00970.06030.3775-0.29640.3907-0.03120.0454-0.0593-0.2233-0.036-0.03650.34030.06610.06720.77960.16210.06980.0505-0.01040.050464.861177.803-0.063
31.0043-0.2168-0.03150.19460.04710.25340.0172-0.0172-0.2427-0.08490.0514-0.00320.2301-0.0643-0.06860.9418-0.1026-0.10590.03840.00690.106834.156169.714-3.907
40.3954-0.067-0.21960.9688-0.24170.5370.01060.081-0.0044-0.26450.11770.12910.2981-0.312-0.12830.7092-0.2317-0.21170.2070.08440.070910.365188.598-7.844
50.4469-0.27880.04540.2980.1030.82030.0491-0.0063-0.1503-0.0349-0.01570.06870.1291-0.2754-0.03350.4614-0.0663-0.06390.20880.04630.11649.831219.904-9
60.6129-0.09810.07310.2728-0.05630.29570.0130.02770.0856-0.0353-0.02140.0310.0142-0.01480.00840.46190.0076-0.0280.11040.03920.13832.394240.101-7.584
70.30070.0235-0.05660.66060.18040.26910.05710.07260.0847-0.0915-0.0942-0.04040.01740.11750.03710.45570.01540.02360.17990.08490.127864.017233.587-3.672
80.00880.0162-0.00510.3745-0.26370.39240.0064-0.0065-0.0033-0.045-0.09360.01540.00280.26420.08720.4075-0.00360.03340.24840.06380.114571.352213.93239.439
90.26890.12610.0030.296-0.42760.961-0.0012-0.01630.0106-0.1114-0.09810.00420.20630.23910.09930.50460.10470.04840.17080.04990.089866.571186.51839.549
100.43070.0585-0.25590.1949-0.07131.2045-0.0440.0334-0.0366-0.13670.00360.06690.3738-0.01670.04040.6561-0.012-0.02260.01130.00650.101439.129170.26536.27
110.1724-0.019-0.19790.58590.09141.04060.03710.0306-0.0056-0.15030.10630.07540.3082-0.279-0.14340.5206-0.2185-0.12910.19190.12040.1288.034180.78332.228
120.16560.0635-0.17390.44750.09390.69850.0265-0.00410.0013-0.1160.15640.07820.0364-0.3027-0.18290.3602-0.0865-0.08580.36260.19380.1312-1.575210.26930.853
130.1244-0.0254-0.11290.2149-0.21190.8443-0.00410.02550.0130.0310.13810.0298-0.1575-0.1786-0.1340.43980.06490.01560.19450.07560.145716.302237.92133.116
140.3007-0.0135-0.05150.2961-0.2220.88740.03880.05570.00420.0436-0.03560.0096-0.17150.0645-0.00320.4949-0.0480.00570.09590.01950.120248.774241.43535.653
150.38270.17670.12021.17830.18940.43860.0325-0.07940.06110.12970.04090.296-0.2227-0.2936-0.07330.42140.2550.20820.36450.14250.1544-7.241225.984103.023
160.0886-0.02570.05140.74110.14720.4118-0.0076-0.0329-0.03040.12440.14430.2018-0.0106-0.3029-0.13670.3261-0.01310.12760.44710.23330.1867-8.101194.56104.928
171.4203-0.05140.19470.18720.110.53240.0978-0.0123-0.37150.11210.08320.0360.1404-0.1542-0.18110.4811-0.0717-0.00720.1730.09840.208515.779174.605109.611
180.4192-0.1667-0.07810.2747-0.21910.6483-0.064-0.0466-0.0621-0.01850.06990.03810.11570.0882-0.00580.46090.00820.04330.15990.04180.097245.947181.837112.775
190.3875-0.08560.08750.4307-0.29450.7279-0.0174-0.0692-0.04570.1017-0.0607-0.0093-0.18130.2860.07810.4782-0.08340.00420.25140.02630.052459.071210.3113.839
201.00920.0362-0.25140.3170.01920.56370.0997-0.17460.04590.077-0.03710.0284-0.46820.0627-0.06260.7893-0.09510.08140.0707-0.04050.031846.67237.872111.409
210.77340.1629-0.06110.3664-0.00440.09680.003-0.13910.14840.0950.01690.0334-0.2062-0.1006-0.01990.81410.23890.15350.1722-0.01640.093616.234244.623107.391
220.16950.24010.05740.55340.09120.39620.02120.01990.00760.07260.13580.0707-0.2079-0.3205-0.1570.42230.17350.11210.35490.16440.15361.183230.24364.989
230.086-0.11220.02840.49530.28871.33250.0271-0.03120.01230.04030.18030.04670.0247-0.4457-0.20740.2897-0.02740.03160.43030.22260.1696-6.21202.94565.087
240.2238-0.0264-0.15510.3951-0.03580.8638-0.0292-0.04410.0159-0.02880.09980.04190.2276-0.1623-0.07060.4371-0.1416-0.02490.17020.09890.152111.65176.66968.738
250.45050.1578-0.19720.4627-0.15310.98680.0198-0.08750.0327-0.046-0.03220.01160.2350.06680.01240.50610.01460.00330.0940.03340.144.164172.95772.716
260.1608-0.141-0.12610.4193-0.21450.62160.0353-0.03640.01060.0127-0.1060.0230.0340.22530.07080.41880.0060.00520.23510.05020.110865.429195.82673.767
270.2015-0.0439-0.09490.2138-0.24850.91040.0057-0.0263-0.00180.1084-0.0520.0299-0.22180.19520.04630.4818-0.0979-0.00870.16650.00930.09160.635228.53470.965
280.25090.01150.0020.2839-0.16011.05690.0021-0.0214-0.00990.1070.03890.037-0.3229-0.0803-0.0410.60330.0460.05530.0461-0.00680.089232.669245.35467.969
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 232
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 249
3X-RAY DIFFRACTION3C2 - 238
4X-RAY DIFFRACTION4D9 - 241
5X-RAY DIFFRACTION5E4 - 237
6X-RAY DIFFRACTION6F6 - 244
7X-RAY DIFFRACTION7G2 - 245
8X-RAY DIFFRACTION8H1 - 220
9X-RAY DIFFRACTION9I1 - 204
10X-RAY DIFFRACTION10J1 - 196
11X-RAY DIFFRACTION11K1 - 200
12X-RAY DIFFRACTION12L1 - 213
13X-RAY DIFFRACTION13M1 - 216
14X-RAY DIFFRACTION14N1 - 202
15X-RAY DIFFRACTION15O3 - 232
16X-RAY DIFFRACTION16P2 - 248
17X-RAY DIFFRACTION17Q2 - 240
18X-RAY DIFFRACTION18R9 - 241
19X-RAY DIFFRACTION19S4 - 239
20X-RAY DIFFRACTION20T5 - 244
21X-RAY DIFFRACTION21U2 - 245
22X-RAY DIFFRACTION22V1 - 220
23X-RAY DIFFRACTION23W1 - 204
24X-RAY DIFFRACTION24X1 - 196
25X-RAY DIFFRACTION25Y1 - 199
26X-RAY DIFFRACTION26Z1 - 213
27X-RAY DIFFRACTION27a1 - 216
28X-RAY DIFFRACTION28b1 - 203

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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