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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5lbn | ||||||
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タイトル | High-resolution crystal structure of the UBC core domain of UBE2E1/UbcH6 | ||||||
要素 | Ubiquitin-conjugating enzyme E2 E1 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / UBC core / Ubiquitination (ユビキチン) / E2 Ubiquitin-conjugating enzyme (ユビキチン結合酵素) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ISG15 transferase activity / ISG15-protein conjugation / Conversion from APC/C:Cdc20 to APC/C:Cdh1 in late anaphase / Inactivation of APC/C via direct inhibition of the APC/C complex / APC/C:Cdc20 mediated degradation of mitotic proteins / Aberrant regulation of mitotic exit in cancer due to RB1 defects / (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme / Phosphorylation of the APC/C / ユビキチン結合酵素 / ubiquitin conjugating enzyme activity ...ISG15 transferase activity / ISG15-protein conjugation / Conversion from APC/C:Cdc20 to APC/C:Cdh1 in late anaphase / Inactivation of APC/C via direct inhibition of the APC/C complex / APC/C:Cdc20 mediated degradation of mitotic proteins / Aberrant regulation of mitotic exit in cancer due to RB1 defects / (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme / Phosphorylation of the APC/C / ユビキチン結合酵素 / ubiquitin conjugating enzyme activity / Regulation of APC/C activators between G1/S and early anaphase / Transcriptional Regulation by VENTX / protein K48-linked ubiquitination / ubiquitin ligase complex / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / Assembly of the pre-replicative complex / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / ISG15 antiviral mechanism / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / Separation of Sister Chromatids / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / ubiquitin-dependent protein catabolic process / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / protein ubiquitination / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / 核質 / ATP binding / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.42 Å | ||||||
データ登録者 | Anandapadamanaban, M. / Moche, M. / Sunnerhagen, M. | ||||||
資金援助 | スウェーデン, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structure of a TRIM21 - UBE2E1 complex reveals the specificity of E2 and ubiquitin recognition by TRIM E3 RINGs 著者: Anandapadamanaban, M. / Moche, M. / Sunnerhagen, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5lbn.cif.gz | 78.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5lbn.ent.gz | 61.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5lbn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lb/5lbn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lb/5lbn | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17619.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBE2E1, UBCH6 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): Ros-2 参照: UniProt: P51965, ユビキチン結合酵素, (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme | ||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.8 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M Sodium citrate pH 6 and 8% (w/v) PEG 8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 1.282416 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年9月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.282416 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.42→37.06 Å / Num. obs: 26209 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 11.568 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 33.21 |
反射 シェル | 解像度: 1.42→1.51 Å / 冗長度: 9.66 % / Rmerge(I) obs: 0.113 / Mean I/σ(I) obs: 13.15 / % possible all: 79.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.42→37.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.064 / ESU R Free: 0.066 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 62.99 Å2 / Biso mean: 17.7812 Å2 / Biso min: 8.83 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.42→37.06 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.419→1.456 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 13.786 Å / Origin y: 4.237 Å / Origin z: 9.416 Å
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