PDB-5k2n: lysozyme with nano particles

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5k2n

タイトル

lysozyme with nano particles

要素

Lysozyme C

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) /

lysozyme (リゾチーム) /

nano particle (ナノ粒子)

機能・相同性

機能・相同性情報

抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation /

beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process /

リゾチーム /

lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Ko, S. / Choe, J.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Lysozyme
著者: Ko, S. / Choe, J.

履歴

登録	2016年5月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年5月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5k2n.cif.gz	65.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5k2n.ent.gz	51.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5k2n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k2/5k2n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k2/5k2n	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5k2k 5k2p 5k2q 5k2r 5k2s
類似構造データ	3zvq-d 2x0a-d 5uvj-d 193l-d 3a94-d 5la5-d 5l9j-d 1lzg-d 1f0w-d 1uig-d 1vdq-d 2f4a-d 4wld-d 6mqv-d 4j7v-d 5fel-d 7bvo-d 1qio-d 5k2k-d 2yvb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (2) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (3) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (2) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (2) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Lysozyme C

14.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.520, 77.520, 37.904
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d IV 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: LYZ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00698, リゾチーム
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.09 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1M Tris-HCl pH8.5, 1.4M Ammonium Tartrate Dibasic

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト: PAL/PLS

/ ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月2日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.4→20 Å / Num. obs: 23263 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.2 % / R_merge(I) obs: 0.065 / R_pim(I) all: 0.02 / R_rim(I) all: 0.068 / Χ²: 1.251 / Net I/av σ(I): 42.122 / Net I/σ(I): 9.6 / Num. measured all: 260426

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.4-1.42	11.1	0.468	1110	0.94	0.146	0.491	0.639	99.9
1.42-1.45	10.9	0.447	1154	0.935	0.141	0.469	0.661	100
1.45-1.48	10.8	0.364	1142	0.951	0.115	0.382	0.694	99.7
1.48-1.51	10.5	0.389	1140	0.969	0.123	0.408	0.824	100
1.51-1.54	10.4	0.305	1136	0.968	0.098	0.321	0.829	100
1.54-1.58	9.5	0.262	1153	0.965	0.089	0.277	0.854	100
1.58-1.62	10.3	0.223	1135	0.98	0.072	0.235	0.968	99.9
1.62-1.66	11.1	0.202	1151	0.982	0.063	0.212	0.973	100
1.66-1.71	11.2	0.178	1143	0.988	0.055	0.186	1.046	100
1.71-1.76	11.1	0.158	1149	0.988	0.049	0.165	1.058	100
1.76-1.83	11.3	0.142	1152	0.99	0.044	0.149	1.223	99.8
1.83-1.9	11.1	0.128	1171	0.994	0.04	0.135	1.38	100
1.9-1.99	10.4	0.122	1150	0.993	0.04	0.129	2.036	100
1.99-2.09	12	0.091	1160	0.996	0.027	0.095	1.545	100
2.09-2.22	12.7	0.079	1174	0.997	0.023	0.083	1.481	99.9
2.22-2.39	12.6	0.084	1160	0.997	0.024	0.087	2.596	100
2.39-2.63	12.2	0.055	1178	0.999	0.016	0.057	1.323	100
2.63-3.01	11.1	0.046	1193	0.999	0.014	0.048	1.334	100
3.01-3.79	12.4	0.038	1207	0.999	0.011	0.039	1.611	99.3
3.79-20	10.9	0.03	1305	1	0.009	0.031	1.415	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0123	精密化
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
HKL-2000		データ削減

精密化

解像度: 1.4→19.38 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.973 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / SU B: 1.914 / SU ML: 0.035 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.062 / ESU R Free: 0.058 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1787	1194	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1373	-	-	-
obs	0.1393	22002	99.72 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 84.68 Å² / B_iso mean: 17.761 Å² / B_iso min: 8.36 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.03 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.03 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.4→54.81 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1001	0	0	151	1152
B_iso mean	-	-	-	32.4	-
残基数	-	-	-	-	129

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.019	1025
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	940
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.684	1.903	1389
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.164	3	2140
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.007	5	128
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.573	23	50
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.973	15	166
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	24.262	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.129	0.2	144
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	1206
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	271
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.748	1.372	514
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.661	1.371	514
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.472	2.077	642
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.619	3	1963
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	29.61	5	44
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	10.436	5	2048

LS精密化シェル

解像度: 1.401→1.438 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.209	105	-
R_work	0.161	1561	-
all	-	1666	-
obs	-	-	99.28 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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