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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5jw9 | ||||||
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タイトル | The Crystal Structure of ELL2 Oclludin Domain and AFF4 peptide | ||||||
要素 |
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キーワード | PROTEIN BINDING (タンパク質) / Occludin domain (オクルディン) / HIV transcription / P-TEFb (P-TEFb) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 super elongation complex / snRNA transcription by RNA polymerase II / spermatid development / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / response to endoplasmic reticulum stress / transcription elongation factor complex ...super elongation complex / snRNA transcription by RNA polymerase II / spermatid development / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / response to endoplasmic reticulum stress / transcription elongation factor complex / transcription elongation by RNA polymerase II / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / ユークロマチン / 核小体 / 遺伝子発現の調節 / 核質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.003 Å | ||||||
データ登録者 | Qi, S. / Hurley, J.H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017 タイトル: Structural basis for ELL2 and AFF4 activation of HIV-1 proviral transcription. 著者: Qi, S. / Li, Z. / Schulze-Gahmen, U. / Stjepanovic, G. / Zhou, Q. / Hurley, J.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5jw9.cif.gz | 106.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5jw9.ent.gz | 88.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5jw9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jw/5jw9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jw/5jw9 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 6629.030 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AFF4, AF5Q31, MCEF, HSPC092 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UHB7 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 14923.333 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELL2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O00472 |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.81 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.2M NaCl, 10mM MgCl, 0.3M Na3 Citrate, 0.2M Na Thiocyanate, 0.1M Hepes 7.4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 0.97 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年1月14日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Double flat crystal, Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. obs: 13052 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14 % / Biso Wilson estimate: 31.72 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.142 / Net I/av σ(I): 19.5 / Net I/σ(I): 6.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: 多波長異常分散 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.003→41.92 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.08
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 122.6 Å2 / Biso mean: 45.1865 Å2 / Biso min: 16.24 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.003→41.92 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 4 / % reflection obs: 100 %
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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