PDB-5j1v: Crystal structure of human CLK1 in complex with pyrido[3,4-g]quin...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5j1v

タイトル

Crystal structure of human CLK1 in complex with pyrido[3,4-g]quinazoline derivative ZW29 (compound 13)

要素

Dual specificity protein kinase CLK1

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) /

SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE / TYROSINE-PROTEIN KINASE /

NUCLEUS (細胞核) /

inhibitor (酵素阻害剤) /

structural genomics consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

dual-specificity kinase /

regulation of RNA splicing / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity /

protein tyrosine kinase activity /

リン酸化 / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity /

ATP binding /

細胞核
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.52 Å

データ登録者

Chaikuad, A. / Esvan, Y.J. / Zeinyeh, W. / Boibessot, T. / Nauton, L. / Thery, V. / Loaec, N. / Meijer, L. / Giraud, F. / Moreau, P. ...

引用

ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: Discovery of pyrido[3,4-g]quinazoline derivatives as CMGC family protein kinase inhibitors: Design, synthesis, inhibitory potency and X-ray co-crystal structure.
著者: Esvan, Y.J. / Zeinyeh, W. / Boibessot, T. / Nauton, L. / Thery, V. / Knapp, S. / Chaikuad, A. / Loaec, N. / Meijer, L. / Anizon, F. / Giraud, F. / Moreau, P.

履歴

登録	2016年3月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年5月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年5月11日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5j1v.cif.gz	414.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5j1v.ent.gz	341.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5j1v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j1/5j1v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j1/5j1v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5j1wC 1z57S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ft8-d 6q8p-3 6q8p-1 7ak3-d 1z57-d 6q8p-2 6yti-d 2vag-d 6ft9-2 6fyo-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Dual specificity protein kinase CLK1

B: Dual specificity protein kinase CLK1

C: Dual specificity protein kinase CLK1

ヘテロ分子

120 kDa, 3 ポリマー
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1

A: Dual specificity protein kinase CLK1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
39.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Dual specificity protein kinase CLK1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
39.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Dual specificity protein kinase CLK1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
39.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.471, 116.021, 90.108
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.28, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	B
2	3	C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / Refine code: 0

Dom-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LYS	LYS	A	A	-1 - 481	1 - 336
2	1	LYS	LYS	B	B	-1 - 481	1 - 336
1	2	SER	SER	A	A	-1 - 483	1 - 338
2	2	SER	SER	C	C	-1 - 483	1 - 338
1	3	LYS	LYS	B	B	-1 - 482	1 - 337
2	3	LYS	LYS	C	C	-1 - 482	1 - 337

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	Dual specificity protein kinase CLK1 / CDC-like kinase 1 分子量: 39581.512 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 148-484 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CLK1, CLK / プラスミド: pLIC-SGC1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): R3-pRARE2 / 参照: UniProt: P49759, dual-specificity kinase
#2: 化合物	ChemComp-6FD / pyrido[3,4-g]quinazoline-2,10-diamine 分子量: 211.223 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₉N₅
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.86 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 30% 1,2-propanediol, 10% glycerol and 50 mM Na/K phosphate pH 7.2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.52→35.47 Å / Num. obs: 38700 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.8 % / B_iso Wilson estimate: 51.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.119 / Net I/σ(I): 7.6
反射シェル	解像度: 2.52→2.66 Å / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs: 0.829 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0073	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1Z57

1z57

解像度: 2.52→35.47 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.927 / SU B: 24.407 / SU ML: 0.254 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.691 / ESU R Free: 0.293 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24366	1897	4.9 %	RANDOM
R_work	0.1991	-	-	-
obs	0.20134	36746	99.73 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 71.461 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.59 Å²	-0 Å²	0.32 Å²
2-	-	3.76 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.52→35.47 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7927	0	60	95	8082

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	8192
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.02	7651
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.217	1.943	11099
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.848	3	17590
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6	5	984
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.843	23.646	384
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.879	15	1387
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.127	15	44
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	1220
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	9422
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	1950
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.638	3.949	3951
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.637	3.949	3952
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.109	5.918	4933
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.107	5.918	4931
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.186	4.251	4241
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.185	4.251	4241
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.992	6.256	6167
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.973	31.526	9227
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.974	31.53	9228
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	21113	0.05
1	2	B	21113	0.05
2	1	A	19026	0.06
2	2	C	19026	0.06
3	1	B	19025	0.06
3	2	C	19025	0.06

LS精密化シェル

解像度: 2.52→2.585 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.343	151	-
R_work	0.303	2705	-
obs	-	-	99.24 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.8993	-0.0948	-1.6672	1.0696	0.3025	2.3029	0.0187	-0.0803	-0.4516	-0.0546	-0.031	0.2302	0.2894	-0.2532	0.0123	0.0609	-0.0401	-0.0489	0.1934	0.0437	0.1117	-5.4238	25.4932	-9.2294
2	4.1365	0.3984	-0.2724	3.6681	-0.0762	4.9426	0.073	0.3536	-0.1371	-0.6075	-0.0428	0.0439	0.1352	0.1343	-0.0302	0.1097	0.0277	-0.019	0.0994	-0.0002	0.0819	12.1628	26.5795	-23.8865
3	5.0678	1.4579	-0.4626	1.543	-0.3827	2.5738	-0.0415	0.2775	0.5804	-0.1699	-0.0182	-0.1933	-0.1266	0.4579	0.0598	0.0691	0.0123	0.0149	0.3037	0.1223	0.3348	24.8636	-10.5737	-22.5455
4	3.767	0.1847	-1.0254	3.9006	-0.6839	3.6125	-0.0947	0.0939	0.0592	0.0694	0.0602	0.1306	0.5509	-0.0015	0.0345	0.0979	0.0222	0.0005	0.3108	0.077	0.0965	7.2777	-25.3842	-20.0487
5	7.2789	-1.4343	0.8434	3.0425	0.4872	1.8935	-0.0039	-0.2236	0.2725	0.0459	-0.0199	0.0665	-0.0184	-0.0499	0.0238	0.0182	-0.0229	0.0313	0.0884	-0.0179	0.0837	-0.9017	-3.764	-54.3475
6	5.0081	-0.7216	1.9025	4.9401	0.9995	7.7301	-0.206	-0.5544	1.1301	0.0732	0.0238	0.1062	-1.0591	-0.1112	0.1822	0.1679	0.0203	0.0428	0.3803	-0.179	0.4537	-19.4701	9.9371	-49.4685

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-1 - 297
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	298 - 483
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	-1 - 297
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	298 - 482
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	-1 - 338
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	339 - 483

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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