PDB-5il8: Tobacco 5-epi-aristolochene synthase with MOPSO buffer molecule a...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5il8

タイトル

Tobacco 5-epi-aristolochene synthase with MOPSO buffer molecule and Ca2+ ions

要素

5-epi-aristolochene synthase

5-epiaristolochene synthase

キーワード

LYASE (リアーゼ) /

terpene synthase /

TEAS / MOPSO

機能・相同性

機能・相同性情報

5-epiaristolochene synthase /

5-epi-aristolochene synthase activity / sesquiterpene biosynthetic process / diterpenoid biosynthetic process /

terpene synthase activity / magnesium ion binding /

細胞質
類似検索 - 分子機能

生物種

Nicotiana tabacum (タバコ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Koo, H.J. / Louie, G.V. / Xu, Y. / Bowman, M. / Noel, J.P.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Small-molecule buffer components can directly affect terpene-synthase activity by interacting with the substrate-binding site of the enzyme
著者: Koo, H.J. / Louie, G.V. / Xu, Y. / Bowman, M. / Noel, J.P.

履歴

登録	2016年3月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年3月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5il8.cif.gz	239.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5il8.ent.gz	193.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5il8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/il/5il8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/il/5il8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5il3C 5ildC 5ilhC 5iliC 5iljC 5ilkC 5ilyC 5ilzC 5im1SC 5ik0 5ik6 5ik9 5ika 5ikh C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3m01-d 1hxa-d 1hxg-d 5ilz-d 5eat-d 3m02-d 5il3-d 4di5-d 5dhi-d 5ili-d 5ik0-d 5ilk-d 5dhk-d 3m00-d 5ilj-d 5ik6-d 5ik9-d 5eau-d 1hx9-d 3lz9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (8) #96 - 2007年12月酸化スクアレン環化酵素 (Oxidosqualene Cyclase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 5-epi-aristolochene synthase

ヘテロ分子

63.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	126.940, 126.940, 123.820
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-907- HOH

#1: タンパク質	5-epi-aristolochene synthase / 5-epiaristolochene synthase / EAS 分子量: 63201.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nicotiana tabacum (タバコ) / 遺伝子: EAS3, EAS4 / プラスミド: pH9GW / 詳細 (発現宿主): pET28 derived Gateway vector / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q40577, 5-epiaristolochene synthase
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-6BX / (2S)-2-hydroxy-3-(morpholin-4-yl)propane-1-sulfonic acid 分子量: 225.263 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₅NO₅S
#4: 化合物	ChemComp-6BY / (2R)-2-hydroxy-3-(morpholin-4-yl)propane-1-sulfonic acid 分子量: 225.263 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₅NO₅S
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 211 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.9 %
結晶化	温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 100 mM MOPSO, pH 7, 100 mM Ca Acetate, 10% PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月17日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: double crystal si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→42.19 Å / Num. obs: 45472 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.8 % / R_merge(I) obs: 0.1024 / Net I/σ(I): 8.03
反射シェル	解像度: 2.3→2.382 Å / 冗長度: 8.3 % / R_merge(I) obs: 0.6316 / Mean I/σ(I) obs: 1.87 / Num. measured obs: 8429 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5IM1

5im1

解像度: 2.3→42.19 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.48

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.209	1520	3.38 %
R_work	0.187	-	-
obs	0.187	44993	98.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→42.19 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4349	0	30	211	4590

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	4494
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.968	6093
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.552	1684
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.036	685
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	769

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.3742	0.2568	130	0.2301	3835	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3742-2.4591	0.2731	143	0.2168	3919	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4591-2.5575	0.2489	130	0.2136	3915	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5575-2.6739	0.2811	130	0.2106	3926	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6739-2.8149	0.2297	142	0.2045	3962	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8149-2.9912	0.2422	134	0.2103	3917	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9912-3.222	0.2415	141	0.2078	3952	X-RAY DIFFRACTION	99
3.222-3.5461	0.229	140	0.2014	3914	X-RAY DIFFRACTION	98
3.5461-4.0589	0.2229	135	0.2305	3832	X-RAY DIFFRACTION	96
4.0589-5.1124	0.1792	141	0.1406	4052	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1124-42.201	0.1469	154	0.1421	4249	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0881	-0.4665	0.1061	3.6673	0.1789	1.2	-0.0247	-0.0651	-0.0505	0.1233	0.0077	1.1917	0.0736	-0.3634	0.0126	0.4816	-0.0977	0.0544	0.3913	0.012	0.8171	20.7696	56.8319	20.3406
2	2.4311	1.2299	0.2263	4.167	0.5102	1.8897	0.0807	-0.306	-0.2758	0.7964	0.0961	-0.4165	0.1875	0.2228	-0.1688	0.5298	0.0253	-0.1043	0.3089	-0.0361	0.4756	46.8217	55.043	27.6337
3	5.9707	-0.7571	-3.9103	4.0286	2.7244	3.9466	-0.0778	-0.3818	-0.0245	-0.063	0.3126	-0.6668	-0.0633	0.8712	-0.2652	0.3186	-0.0024	-0.0538	0.3776	-0.0964	0.5087	57.7354	64.0601	16.3468
4	1.8217	-2.3377	-0.9867	3.8324	3.2933	6.2452	0.0752	0.0792	0.1618	-0.1827	0.0449	-0.2259	-0.2835	0.1125	-0.0606	0.2229	-0.0407	0.0233	0.2822	-0.0411	0.354	48.8402	62.9646	7.0535
5	1.5023	0.4029	-0.15	3.0409	0.3034	0.8134	-0.0143	-0.0733	0.3197	0.1055	-0.0115	1.0789	-0.0974	-0.2581	0.0271	0.3395	0.0154	0.04	0.3374	-0.0741	0.755	20.7249	75.108	20.8356
6	2.0614	-0.1946	-0.1917	5.468	-1.663	3.9301	0.002	0.1364	0.3223	-0.405	-0.0129	0.329	-0.2055	-0.1214	-0.0338	0.3345	0.0097	-0.0269	0.2567	-0.0669	0.5004	35.3045	81.1105	16.6908
7	5.3576	2.2995	0.3506	2.0648	-0.2957	6.3673	-0.2921	0.5787	0.495	-0.7948	0.1881	0.7759	-0.4964	0.1071	0.0521	0.4931	-0.0421	-0.0907	0.4026	-0.0902	0.6575	24.6419	64.0568	8.3839

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 13 THROUGH 57 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 58 THROUGH 97 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 98 THROUGH 143 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'A' AND (RESID 144 THROUGH 195 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'A' AND (RESID 196 THROUGH 412 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'A' AND (RESID 413 THROUGH 519 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'A' AND (RESID 520 THROUGH 548 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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