[日本語] English
万見
- PDB-5hud: Non-covalent complex of and DAHP synthase and chorismate mutase f... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hud
タイトルNon-covalent complex of and DAHP synthase and chorismate mutase from Corynebacterium glutamicum with bound transition state analog
要素
  • 3-Deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate (DAHP) synthase
  • Chorismate mutase
キーワードTRANSFERASE/ISOMERASE / chorismate mutase / DAHP synthase / shikimate pathway (シキミ酸経路) / complex / Transferase-Isomerase complex
機能・相同性
機能・相同性情報


chorismate metabolic process / chorismate mutase activity / 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase / 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Chorismate mutase, high GC Gram-positive bacteria/archaeal / DAHP synthetase, class II / Class-II DAHP synthetase family / Chorismate mutase / Chorismate mutase domain superfamily / Chorismate Mutase Domain, subunit A / Chorismate mutase II, prokaryotic-type / Chorismate mutase type II / Chorismate mutase domain profile. / Chorismate mutase type II ...Chorismate mutase, high GC Gram-positive bacteria/archaeal / DAHP synthetase, class II / Class-II DAHP synthetase family / Chorismate mutase / Chorismate mutase domain superfamily / Chorismate Mutase Domain, subunit A / Chorismate mutase II, prokaryotic-type / Chorismate mutase type II / Chorismate mutase domain profile. / Chorismate mutase type II / Chorismate mutase type II superfamily / Aldolase-type TIM barrel / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / リン酸塩 / トリプトファン / Chem-TSA / Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase / Chorismate mutase
類似検索 - 構成要素
生物種Corynebacterium glutamicum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Burschowsky, D. / Heim, J.B. / Thorbjoernsrud, H.V. / Krengel, U.
資金援助 ノルウェー, 1件
組織認可番号国
The Research Council of Norway214037 ノルウェー
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2018
タイトル: Inter-Enzyme Allosteric Regulation of Chorismate Mutase in Corynebacterium glutamicum: Structural Basis of Feedback Activation by Trp.
著者: Burschowsky, D. / Thorbjornsrud, H.V. / Heim, J.B. / Fahrig-Kamarauskaite, J.R. / Wurth-Roderer, K. / Kast, P. / Krengel, U.
履歴
登録2016年1月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年7月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 3-Deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate (DAHP) synthase
B: 3-Deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate (DAHP) synthase
C: 3-Deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate (DAHP) synthase
D: 3-Deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate (DAHP) synthase
E: Chorismate mutase
F: Chorismate mutase
G: Chorismate mutase
H: Chorismate mutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)262,233127
ポリマ－248,8648
非ポリマー13,369119
水14,034779
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area50130 Å2
ΔGint-102 kcal/mol
Surface area79870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.622, 110.481, 134.652
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.41, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
3-Deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate (DAHP) synthase


分子量: 52150.395 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum (バクテリア)
遺伝子: Cgl2178 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): KA13 / 参照: UniProt: Q8NNL5
#2: タンパク質
Chorismate mutase /


分子量: 10065.521 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum (バクテリア)
遺伝子: Cgl0853 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): KA13 / 参照: UniProt: Q8NS29, chorismate mutase

-
非ポリマー , 9種, 898分子

#3: 化合物...
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物
ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 150.173 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#6: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#7: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#8: 化合物
ChemComp-TRP / TRYPTOPHAN / トリプトファン / トリプトファン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 204.225 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H12N2O2
#9: 化合物
ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 194.226 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#10: 化合物
ChemComp-TSA / 8-HYDROXY-2-OXA-BICYCLO[3.3.1]NON-6-ENE-3,5-DICARBOXYLIC ACID / (1R,5S)-2-オキサ-8β-ヒドロキシビシクロ[3.3.1]ノナ-6-エン-3α,5-ジカルボン酸


分子量: 228.199 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12O6
#11: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 779 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100 mM imidazole/MES buffer, pH 6.5 30 mM each of ethylene glycol mix (di-ethylene glycol, tri-ethylene glycol, tetra-ethylene glycol, penta-ethylene glycol) 15% glycerol 15% PEG 4000 micro- ...詳細: 100 mM imidazole/MES buffer, pH 6.5 30 mM each of ethylene glycol mix (di-ethylene glycol, tri-ethylene glycol, tetra-ethylene glycol, penta-ethylene glycol) 15% glycerol 15% PEG 4000 micro-seeded from badly diffracting crystals (approx. 8 AA resolution), in 100 mM Na-HEPES, pH 7.5, 200 mM LiSO4, 25% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97239 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97239 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→131.99 Å / Num. obs: 190339 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 2.95 % / Rmerge(I) obs: 0.199 / Net I/σ(I): 4.79
反射 シェル解像度: 2.1→2.23 Å / 冗長度: 2.24 % / Rmerge(I) obs: 1.763 / Mean I/σ(I) obs: 0.44 / % possible all: 85.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
PHASER位相決定
Aimlessデータスケーリング
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2W1A

2w1a


解像度: 2.15→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.913 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.867 / SU B: 10.127 / SU ML: 0.237 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.238 / ESU R Free: 0.215 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.298 8846 4.9 %RANDOM
Rwork0.24952 ---
obs0.25191 170847 97.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.789 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.57 Å20 Å20.09 Å2
2---1.03 Å20 Å2
3---0.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16558 0 871 779 18208
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.01917692
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0217019
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5311.99123699
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.986339134
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.09152138
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.92423.689835
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.337152915
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.18715169
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.22605
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02119615
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.023920
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9263.2118570
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9263.218569
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.1544.80210699
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.1544.80210700
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1653.6029122
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.1653.6029122
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.5525.24713000
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.825.46819759
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.825.4719760
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.407 588 -
Rwork0.401 11500 -
obs--89.53 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る