[日本語] English
万見
- PDB-5hpy: Crystal Structure of RhoA.GDP.MgF3-in complex with human Myosin 9... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hpy
タイトルCrystal Structure of RhoA.GDP.MgF3-in complex with human Myosin 9b RhoGAP domain
要素
  • Transforming protein RhoA
  • Unconventional myosin-IXb
キーワードGENE REGULATION/SIGNALING PROTEIN / Complex / Rho GTPases (RhoファミリーGタンパク質) / RhoGAP / GENE REGULATION-SIGNALING PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Roundabout binding / lamellipodium morphogenesis / actin filament-based movement / aortic valve formation / alpha-beta T cell lineage commitment / mitotic cleavage furrow formation / bone trabecula morphogenesis / positive regulation of lipase activity / endothelial tube lumen extension / skeletal muscle satellite cell migration ...Roundabout binding / lamellipodium morphogenesis / actin filament-based movement / aortic valve formation / alpha-beta T cell lineage commitment / mitotic cleavage furrow formation / bone trabecula morphogenesis / positive regulation of lipase activity / endothelial tube lumen extension / skeletal muscle satellite cell migration / positive regulation of vascular associated smooth muscle contraction / angiotensin-mediated vasoconstriction involved in regulation of systemic arterial blood pressure / SLIT2:ROBO1 increases RHOA activity / RHO GTPases Activate Rhotekin and Rhophilins / Roundabout signaling pathway / negative regulation of intracellular steroid hormone receptor signaling pathway / Axonal growth inhibition (RHOA activation) / Axonal growth stimulation / regulation of neural precursor cell proliferation / cleavage furrow formation / regulation of modification of postsynaptic actin cytoskeleton / regulation of osteoblast proliferation / forebrain radial glial cell differentiation / cell junction assembly / apical junction assembly / regulation of systemic arterial blood pressure by endothelin / regulation of Rho protein signal transduction / cellular response to chemokine / negative regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / beta selection / establishment of epithelial cell apical/basal polarity / regulation of modification of postsynaptic structure / negative regulation of cell size / RHO GTPases Activate ROCKs / RHOF GTPase cycle / negative regulation of oxidative phosphorylation / negative regulation of motor neuron apoptotic process / RHO GTPases activate CIT / PCP/CE pathway / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / RHO GTPases activate KTN1 / apolipoprotein A-I-mediated signaling pathway / positive regulation of podosome assembly / negative regulation of cell-substrate adhesion / Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / myosin complex / Sema4D mediated inhibition of cell attachment and migration / regulation of small GTPase mediated signal transduction / ossification involved in bone maturation / positive regulation of alpha-beta T cell differentiation / 歯の発生 / motor neuron apoptotic process / PI3K/AKT activation / wound healing, spreading of cells / positive regulation of leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / microfilament motor activity / apical junction complex / regulation of focal adhesion assembly / negative chemotaxis / RHOB GTPase cycle / myosin binding / EPHA-mediated growth cone collapse / stress fiber assembly / regulation of neuron projection development / RHOC GTPase cycle / androgen receptor signaling pathway / positive regulation of cytokinesis / cerebral cortex cell migration / ERBB2 Regulates Cell Motility / cellular response to cytokine stimulus / 分裂溝 / semaphorin-plexin signaling pathway / CDC42 GTPase cycle / Rho protein signal transduction / ficolin-1-rich granule membrane / mitotic spindle assembly / RHOA GTPase cycle / endothelial cell migration / positive regulation of T cell migration / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / regulation of microtubule cytoskeleton organization / cytoplasmic microtubule organization / skeletal muscle tissue development / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / RHO GTPases activate PKNs / regulation of cell migration / positive regulation of stress fiber assembly / GPVI-mediated activation cascade / ruffle / EPHB-mediated forward signaling / RAC1 GTPase cycle / substantia nigra development / positive regulation of neuron differentiation / GTPase activator activity / substrate adhesion-dependent cell spreading / cell-matrix adhesion / 低分子量GTPアーゼ / G protein activity / secretory granule membrane / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition)
類似検索 - 分子機能
Unconventional myosin-IXb / Class IX myosin, motor domain / : / : / Phosphatidylinositol 3-kinase; Chain A / Rho GTPase activation protein / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras-associating (RA) domain profile. / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras-associating (RA) domain ...Unconventional myosin-IXb / Class IX myosin, motor domain / : / : / Phosphatidylinositol 3-kinase; Chain A / Rho GTPase activation protein / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras-associating (RA) domain profile. / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras-associating (RA) domain / IQ calmodulin-binding motif / Rho GTPase-activating protein domain / RhoGAP domain / Rho GTPase-activating proteins domain profile. / GTPase-activator protein for Rho-like GTPases / Small GTPase Rho / small GTPase Rho family profile. / Rho GTPase activation protein / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. / Myosin. Large ATPases. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / IQ motif profile. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / IQ motif, EF-hand binding site / C1-like domain superfamily / Kinesin motor domain superfamily / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / 低分子量GTPアーゼ / 低分子量GTPアーゼ / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / Ubiquitin-like domain superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / TRIFLUOROMAGNESATE / Transforming protein RhoA / Unconventional myosin-IXb
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Yi, F.S. / Ren, J.Q. / Feng, W.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Major Basic Research Program of China2014CB910202 中国
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2016
タイトル: Noncanonical Myo9b-RhoGAP Accelerates RhoA GTP Hydrolysis by a Dual-Arginine-Finger Mechanism
著者: Yi, F. / Kong, R. / Ren, J. / Zhu, L. / Lou, J. / Wu, J.Y. / Feng, W.
履歴
登録2016年1月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月17日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Unconventional myosin-IXb
B: Transforming protein RhoA
D: Unconventional myosin-IXb
F: Transforming protein RhoA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,85611
ポリマ－93,7344
非ポリマー1,1227
水2,450136
1
A: Unconventional myosin-IXb
B: Transforming protein RhoA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4165
ポリマ－46,8672
非ポリマー5493
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3530 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area16720 Å2
手法PISA
2
D: Unconventional myosin-IXb
F: Transforming protein RhoA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4406
ポリマ－46,8672
非ポリマー5734
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3620 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area16330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.055, 90.762, 93.582
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-302-

HOH

21B-345-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ADBF

#1: タンパク質 Unconventional myosin-IXb / Unconventional myosin-9b


分子量: 26060.262 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MYO9B, MYR5 / プラスミド: pET32a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13459
#2: タンパク質 Transforming protein RhoA / / Rho cDNA clone 12 / h12


分子量: 20806.697 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 3-181 / Mutation: F25N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RHOA, ARH12, ARHA, RHO12 / プラスミド: pET32a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61586

-
非ポリマー , 4種, 143分子

#3: 化合物 ChemComp-MGF / TRIFLUOROMAGNESATE / トリフルオロマグネサ-ト


分子量: 81.300 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: F3Mg
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / グアノシン二リン酸


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.4 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 20% (w/v) PEG 3350, 0.2M sodium malonate pH 7.0.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年1月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 38652 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7 % / Net I/σ(I): 12.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1OW3

1ow3


解像度: 2.4→48.698 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.21
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2462 1868 4.84 %
Rwork0.2108 --
obs0.2126 38582 99.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 125.65 Å2 / Biso mean: 67.6835 Å2 / Biso min: 32.34 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→48.698 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5760 0 67 136 5963
Biso mean--50.34 57.05 -
残基数----738
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0095939
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2578061
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053929
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061029
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.9992235
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.46490.30781600.2862781X-RAY DIFFRACTION100
2.4649-2.53740.29641500.27162764X-RAY DIFFRACTION100
2.5374-2.61930.31361600.26832768X-RAY DIFFRACTION100
2.6193-2.71290.27361500.25132796X-RAY DIFFRACTION100
2.7129-2.82151192819X-RAY DIFFRACTION100
2.8215-2.94990.27561340.22972809X-RAY DIFFRACTION100
2.9499-3.10540.29141610.24242795X-RAY DIFFRACTION100
3.1054-3.30.29181000.23112847X-RAY DIFFRACTION100
3.3-3.55470.28271530.2242834X-RAY DIFFRACTION100
3.5547-3.91230.24091540.20622809X-RAY DIFFRACTION100
3.9123-4.4780.23771400.18112867X-RAY DIFFRACTION100
4.478-5.64050.20881590.18382859X-RAY DIFFRACTION100
5.6405-48.70780.19941280.18892966X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.24670.7036-1.90775.17060.31334.4820.0605-0.3633-1.04521.24020.1989-0.33451.3866-0.4444-0.27930.9238-0.0102-0.14690.59970.18120.66576.222411.852926.7539
21.2249-0.9539-0.15821.6914-0.7022.0539-0.3456-0.7830.12680.45480.3003-0.5872-0.14490.30670.09520.44870.0011-0.16620.62630.01320.437812.505427.308324.6232
33.40560.6213-0.10767.2945-1.83494.08260.1005-0.3414-2.02520.00010.0773-1.00781.9290.7313-0.19220.89210.1615-0.18270.58850.03771.036516.393411.021119.6708
43.1183-0.22930.37483.1894-0.36474.78870.067-0.5707-0.41220.28250.08150.45730.514-1.0679-0.1530.5631-0.1114-0.05310.710.1330.4473-5.429121.669824.4183
53.7636-1.1423-2.55785.1616-0.63332.5169-0.18070.3975-0.1796-0.6032-0.03040.74810.2303-0.22120.17840.492-0.0415-0.15320.50640.10660.4979-1.7327.103416.9625
61.65230.53-1.0841.8652-0.24531.8179-0.3169-0.5485-0.0520.21460.00920.1464-0.2613-0.24180.17240.50290.0950.00460.7730.15230.4748-6.582828.95931.9462
74.507-1.983-0.08453.0213-1.71155.79460.1161-0.0290.6331-0.0339-0.1077-0.4101-0.56980.1312-0.0480.4132-0.06480.00040.2924-0.0460.46577.837241.0517.4847
84.996-1.30750.84955.4-0.68974.51250.09280.00970.6678-0.1079-0.1105-1.1649-0.20290.86770.01840.3959-0.03790.07050.4073-0.03630.665420.615834.96067.4773
94.3189-0.3213-2.79612.4369-0.19423.2533-0.3743-0.7626-0.94980.30170.0096-0.2981.08960.53810.24370.76470.1518-0.10440.71340.12220.6519-45.670114.922426.9985
102.66590.3586-0.35772.41350.64083.34770.2036-0.1527-0.2722-0.2689-0.33790.47790.4357-0.75630.12010.6753-0.0887-0.13290.81080.04140.4695-65.952221.256324.8647
112.3534-1.0212-0.84372.728-0.83974.17560.0891-0.7243-0.23620.31440.02620.10150.5587-0.2705-0.10210.5604-0.0099-0.07890.66560.04340.3644-56.675224.05230.9182
121.20630.10380.13351.067-0.71022.8739-0.52522.2615-1.2536-0.77930.1779-0.2159-0.5790.06350.26461.1932-0.1382-0.38871.3747-0.27571.3801-66.313521.321612.57
131.31370.9101-1.55042.6632-0.44914.5931-0.3443-0.4312-0.03660.2222-0.16590.1933-0.6667-0.66010.49720.50990.1157-0.0170.86230.13470.4904-64.031228.491133.3941
143.41391.5375-1.29851.8580.10624.27080.24280.38450.4655-0.55170.57090.4802-0.71420.0068-0.78590.5563-0.00310.00840.29870.01150.4455-49.198542.56822.1015
153.6825-0.7185-0.26862.24982.11174.16780.3432-0.84731.3676-0.0704-0.0738-1.0054-0.57690.5025-0.38460.4176-0.11260.06010.5366-0.21070.6927-45.1540.938515.583
162.3051-0.4106-1.12774.0331-2.44255.15740.0725-0.45340.74610.46450.0058-0.6262-1.14730.3999-0.17650.5149-0.1013-0.03860.5077-0.17710.8305-49.758144.865615.0119
172.6222-0.33410.05770.95871.20991.8337-0.14530.45160.2253-0.96370.4476-0.9549-0.33080.1942-0.23070.5962-0.15950.25740.3778-0.07520.6439-48.46346.14183.2447
183.5113-1.57771.13915.0863-2.70472.22370.15080.2128-0.8775-0.26280.31690.32890.77880.1379-0.45260.3897-0.0034-0.09190.4164-0.08180.4961-54.237527.450211.7776
193.1392-1.1329-0.92074.5474-0.71282.29430.1653-0.29740.0891-0.34940.0264-0.54410.32570.5553-0.13660.39870.02350.02510.4093-0.09860.4037-42.73929.75137.8726
202.7181-0.675-1.6664.8785-1.09761.26510.1594-0.40710.6478-0.220.1168-0.9511-0.36391.2919-0.32920.3629-0.01840.14460.6805-0.21260.684-36.894636.616811.0242
213.1324-2.4081-0.04022.72591.84397.77110.3874-1.6366-0.02680.69831.1039-0.95040.50780.8457-1.44160.62890.2038-0.13441.8081-0.16570.8951-29.363129.978225.3573
220.59220.58261.58792.54120.55894.55430.4381-0.54620.9793-0.0828-0.1386-1.20570.05991.8342-0.41080.3431-0.17280.12131.0262-0.24480.9641-32.449736.57639.4006
232.778-2.63092.12033.8881-1.96717.24910.15190.13381.6244-0.2402-0.3425-0.5857-0.29181.99580.04530.576-0.2010.24920.6689-0.09541.057-39.46345.67892.6566
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 196 through 226 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 227 through 239 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 240 through 263 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 264 through 339 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 340 through 365 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 366 through 398 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 3 through 73 )B0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 74 through 180 )B0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 198 through 263 )D0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 264 through 315 )D0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 316 through 354 )D0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 355 through 362 )D0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 363 through 398 )D0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'F' and (resid 3 through 12 )F0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'F' and (resid 13 through 26 )F0
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'F' and (resid 27 through 48 )F0
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'F' and (resid 49 through 60 )F0
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'F' and (resid 61 through 73 )F0
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'F' and (resid 74 through 106 )F0
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'F' and (resid 107 through 124 )F0
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'F' and (resid 125 through 140 )F0
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'F' and (resid 141 through 166 )F0
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'F' and (resid 167 through 180 )F0

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る