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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5hno | ||||||
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タイトル | The structure of the kdo-capped saccharide binding subunit of the O-12 specific ABC transporter, Wzt | ||||||
要素 | ABC type transport system putative ATP binding protein | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / O antigen export / carbohydrate binding subunit (炭水化物) / ABC transporter | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Raoultella terrigena (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Mallette, E. / Mann, E. / Whitfield, C. / Kimber, M.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016 タイトル: The Klebsiella pneumoniae O12 ATP-binding Cassette (ABC) Transporter Recognizes the Terminal Residue of Its O-antigen Polysaccharide Substrate. 著者: Mann, E. / Mallette, E. / Clarke, B.R. / Kimber, M.S. / Whitfield, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5hno.cif.gz | 298.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5hno.ent.gz | 250.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5hno.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hn/5hno ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hn/5hno | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20855.514 Da / 分子数: 3 / 断片: unp reisdues 268-442 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Raoultella terrigena (バクテリア) 遺伝子: wzt / プラスミド: pWQ284 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(pEEM003) / 参照: UniProt: Q6U8B1 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.86 % 解説: Crystals grew as small plates up to 50 micrometers in width. |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M Na HEPESm 0.8 M Na phosphate, 0.8 M K Phosphate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 1.03322 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月7日 詳細: ultra-low expansion (ULE) titanium siliicate flat mirror |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.03322 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→40 Å / Num. obs: 58678 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 28 Å2 / CC1/2: 0.8 / Rsym value: 0.035 / Net I/σ(I): 19.93 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.74 Å / Rmerge(I) obs: 0.88 / Mean I/σ(I) obs: 1.87 / % possible all: 99.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.7→35.487 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.92 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→35.487 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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