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- PDB-5h47: Crystal structure of AOL complexed with 2-MeSe-Fuc -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5h47
タイトルCrystal structure of AOL complexed with 2-MeSe-Fuc
要素Uncharacterized protein
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / seleno-fucoses / phaing / lectin (レクチン) / aspergillus oryzae (ニホンコウジカビ)
機能・相同性
機能・相同性情報


fucose binding / intracellular organelle / エンドソーム
類似検索 - 分子機能
Fucose-specific lectin / Fucose-specific lectin / Fungal fucose-specific lectin / 6 Propeller / ノイラミニダーゼ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-FSW / Fucose-specific lectin
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus oryzae RIB40 (米麹菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Kato, R. / Nishikawa, Y. / Makyio, H.
引用ジャーナル: Bioorg. Med. Chem. / 年: 2017
タイトル: Synthesis of seleno-fucose compounds and their application to the X-ray structural determination of carbohydrate-lectin complexes using single/multi-wavelength anomalous dispersion phasing
著者: Shimabukuro, J. / Makyio, H. / Suzuki, T. / Nishikawa, Y. / Kawasaki, M. / Imamura, A. / Ishida, H. / Ando, H. / Kato, R. / Kiso, M.
履歴
登録2016年10月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年2月15日Group: Database references
改定 1.22017年8月30日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / diffrn_source
Item: _diffrn_detector.detector / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32020年7月29日Group: Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年3月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
B: Uncharacterized protein
C: Uncharacterized protein
D: Uncharacterized protein
E: Uncharacterized protein
F: Uncharacterized protein
G: Uncharacterized protein
H: Uncharacterized protein
I: Uncharacterized protein
J: Uncharacterized protein
K: Uncharacterized protein
L: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)433,28084
ポリマ－414,90812
非ポリマー18,37272
水29,5631641
1
A: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,1077
ポリマ－34,5761
非ポリマー1,5316
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,1077
ポリマ－34,5761
非ポリマー1,5316
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,1077
ポリマ－34,5761
非ポリマー1,5316
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,1077
ポリマ－34,5761
非ポリマー1,5316
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,1077
ポリマ－34,5761
非ポリマー1,5316
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,1077
ポリマ－34,5761
非ポリマー1,5316
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,1077
ポリマ－34,5761
非ポリマー1,5316
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,1077
ポリマ－34,5761
非ポリマー1,5316
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
9
I: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,1077
ポリマ－34,5761
非ポリマー1,5316
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
10
J: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,1077
ポリマ－34,5761
非ポリマー1,5316
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
11
K: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,1077
ポリマ－34,5761
非ポリマー1,5316
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
12
L: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,1077
ポリマ－34,5761
非ポリマー1,5316
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)105.972, 214.316, 126.531
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.24, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Uncharacterized protein / fucose-specific lectin


分子量: 34575.633 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus oryzae RIB40 (米麹菌) / 株: RIB 40 / 遺伝子: AO090001000189 / 発現宿主: Aspergillus oryzae (米麹菌) / 株 (発現宿主): O-1018 / 参照: UniProt: Q2UNX8
#2: 糖...
ChemComp-FSW / methyl 6-deoxy-2-Se-methyl-2-seleno-alpha-L-galactopyranoside / (2S,3S,4R,5S,6R)-6-methoxy-2-methyl-5-methylselanyl-oxane-3,4-diol / methyl 6-deoxy-2-Se-methyl-2-seleno-alpha-L-galactoside / methyl 6-deoxy-2-Se-methyl-2-seleno-L-galactoside / methyl 6-deoxy-2-Se-methyl-2-seleno-galactoside / 1-O-メチル-2-(メチルセレノ)-2,6-ジデオキシ-α-L-ガラクトピラノ-ス / メチル基


タイプ: L-saccharide / 分子量: 255.170 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H16O4Se
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1641 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: Tryptone, HEPES, PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→49.05 Å / Num. obs: 270453 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 28.3 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.213 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 1.837 / Mean I/σ(I) obs: 1 / CC1/2: 0.63 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→39.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 0.002 / SU ML: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.19 / ESU R Free: 0.227 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25838 11932 5 %RANDOM
Rwork0.21588 ---
obs0.21801 224805 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 43.674 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.05 Å20 Å2-0.01 Å2
2---0.03 Å20 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.3→39.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数29232 0 936 1641 31809
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.348 909 -
Rwork0.351 16505 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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