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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5gy0 | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of endoglucanase CelQ from Clostridium thermocellum complexed with cellotetraose | ||||||||||||
要素 | Glucanase | ||||||||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / CELLULASES (セルラーゼ) / GLYCOSYL HYDROLASE (グリコシダーゼ) / CELLULOSOME | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 / cellulose binding / polysaccharide catabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Clostridium thermocellum (バクテリア) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.74 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Jeng, W.Y. / Liu, C.I. / Wang, A.H.J. | ||||||||||||
資金援助 | 台湾, 3件
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引用 | ジャーナル: Chembiochem / 年: 2019 タイトル: Crystal Structures of the C-Terminally Truncated Endoglucanase Cel9Q from Clostridium thermocellum Complexed with Cellodextrins and Tris. 著者: Jeng, W.Y. / Liu, C.I. / Lu, T.J. / Lin, H.J. / Wang, N.C. / Wang, A.H. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5gy0.cif.gz | 538.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5gy0.ent.gz | 435.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5gy0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gy/5gy0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gy/5gy0 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 69154.562 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 28-629 / 変異: I251T, E435A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Clostridium thermocellum (バクテリア) 遺伝子: celQ / プラスミド: pET-21a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q9AJF8, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 #2: 多糖 | |
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-非ポリマー , 5種, 1419分子
#3: 化合物 | ChemComp-CA / #4: 化合物 | ChemComp-CL / #5: 化合物 | ChemComp-BR / | #6: 化合物 | ChemComp-PG4 / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.46 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 9-12%(w/v) PEG3350, 15-20%(v/v) PEG550MME, 30mM NaBr, 30mM NaF and 30mM NaI, 0.1M Tris |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL12B2 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月18日 詳細: Vertically Collimating Premirror, Toroidal Focusing Mirror |
放射 | モノクロメーター: Fixed-Exit Double Crystal Si(111) Monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.74→30 Å / Num. obs: 167086 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 28.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 30.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.74→1.8 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.559 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1GA2 解像度: 1.74→22.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 3.874 / SU ML: 0.056 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.087 / ESU R Free: 0.086 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.872 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.74→22.94 Å
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拘束条件 |
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