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- PDB-5gt2: Crystal Structure and Biochemical Features of dye-decolorizing pe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5gt2
タイトルCrystal Structure and Biochemical Features of dye-decolorizing peroxidase YfeX from Escherichia coli O157
要素Probable deferrochelatase/peroxidase YfeX
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / YfeX / dye-decolorizing peroxidase / heme (ヘム)
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / peroxidase activity / heme binding / metal ion binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Dyp-type peroxidase, N-terminal / DyP-type peroxidase family. / Dyp-type peroxidase / Dimeric alpha-beta barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Dye-decolorizing peroxidase YfeX
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.093 Å
データ登録者Ma, Y.L. / Yuan, Z.G. / Liu, S. / Wang, J.X. / Gu, L.C. / Liu, X.H.
引用ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2017
タイトル: Crystal structure and biochemical features of dye-decolorizing peroxidase YfeX from Escherichia coli O157 Asp(143) and Arg(232) play divergent roles toward different substrates
著者: Liu, X. / Yuan, Z. / Wang, J. / Cui, Y. / Liu, S. / Ma, Y. / Gu, L. / Xu, S.
履歴
登録2016年8月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年2月15日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable deferrochelatase/peroxidase YfeX
B: Probable deferrochelatase/peroxidase YfeX
C: Probable deferrochelatase/peroxidase YfeX
D: Probable deferrochelatase/peroxidase YfeX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,2608
ポリマ－136,7944
非ポリマー2,4664
水13,745763
1
A: Probable deferrochelatase/peroxidase YfeX
C: Probable deferrochelatase/peroxidase YfeX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,6304
ポリマ－68,3972
非ポリマー1,2332
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4610 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area23370 Å2
手法PISA
2
B: Probable deferrochelatase/peroxidase YfeX
D: Probable deferrochelatase/peroxidase YfeX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,6304
ポリマ－68,3972
非ポリマー1,2332
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4550 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area23570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.574, 101.597, 114.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.51, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-646-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Probable deferrochelatase/peroxidase YfeX


分子量: 34198.438 Da / 分子数: 4 / 変異: V195M / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: yfeX, b2431, JW2424 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P76536, 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ
#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME / Heme B


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 763 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M Ammonium sulfate, 20% PEG3350 and 0.1 M Bis-Tris pH 5.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.09→50 Å / Num. obs: 74489 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.6 % / Net I/σ(I): 16.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2411: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.093→36.693 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.49
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2483 1995 2.68 %
Rwork0.2204 --
obs0.2211 74380 97.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.093→36.693 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9221 0 172 763 10156
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0059613
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.78113034
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.6345605
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0471356
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041709
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0932-2.14550.32481270.2694603X-RAY DIFFRACTION87
2.1455-2.20350.24931360.25124944X-RAY DIFFRACTION93
2.2035-2.26830.29261400.24995057X-RAY DIFFRACTION97
2.2683-2.34150.2371440.24795202X-RAY DIFFRACTION98
2.3415-2.42520.3131440.2565199X-RAY DIFFRACTION99
2.4252-2.52230.31181440.24785238X-RAY DIFFRACTION99
2.5223-2.63710.30271450.25285254X-RAY DIFFRACTION99
2.6371-2.7760.25961440.2475223X-RAY DIFFRACTION99
2.776-2.94990.2761440.23685258X-RAY DIFFRACTION99
2.9499-3.17750.24911450.23845256X-RAY DIFFRACTION99
3.1775-3.49710.25561450.21745270X-RAY DIFFRACTION100
3.4971-4.00260.23171460.20285284X-RAY DIFFRACTION99
4.0026-5.04080.20681440.17895285X-RAY DIFFRACTION99
5.0408-36.69860.19521470.18955312X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 18.7057 Å / Origin y: -22.1558 Å / Origin z: 26.1164 Å
111213212223313233
T0.0258 Å2-0.0215 Å2-0.039 Å2-0.0224 Å20.0163 Å2--0.093 Å2
L0.5793 °2-0.5824 °2-0.782 °2-0.9794 °21.1499 °2--1.8611 °2
S0.0309 Å °0.1085 Å °-0.0345 Å °-0.0236 Å °-0.1311 Å °0.0238 Å °0.0106 Å °-0.1877 Å °-0.1703 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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