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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5gjs | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of H1 hemagglutinin from A/California/04/2009 in complex with a neutralizing antibody 3E1 | |||||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / epitope (エピトープ) / Fab / complementarity determining region (相補性決定領域) / paratope (パラトープ) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Wang, W. / Zhang, T. / Ding, J. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016 タイトル: Human antibody 3E1 targets the HA stem region of H1N1 and H5N6 influenza A viruses 著者: Wang, W. / Sun, X. / Li, Y. / Su, J. / Ling, Z. / Zhang, T. / Wang, F. / Zhang, H. / Chen, H. / Ding, J. / Sun, B. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5gjs.cif.gz | 353.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5gjs.ent.gz | 286.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5gjs.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gj/5gjs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gj/5gjs | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 36525.242 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 18-344 / 変異: G212C, R227C / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) 株: swl A/California/04/2009 H1N1 / 遺伝子: HA / プラスミド: pFast-HTB 発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (バキュロウイルス科) 株 (発現宿主): Sf9 / 参照: UniProt: C3W5S1 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 20842.113 Da / 分子数: 1 / 断片: neutralizing antibody 3E1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) 株: swl A/California/04/2009 H1N1 / 遺伝子: HA / プラスミド: pFast-HTB 発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (バキュロウイルス科) 株 (発現宿主): Sf9 / 参照: UniProt: C3W5S1 |
-抗体 , 2種, 2分子 LH
#3: 抗体 | 分子量: 23483.084 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: AbVec-hIgKappa2 / 発現宿主: Cloning vector AbVec-hIgKappa (その他) |
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#4: 抗体 | 分子量: 23663.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: AbVec-hIgG1 / 発現宿主: Cloning vector AbVec-hIgG1 (その他) |
-糖 , 2種, 2分子
#5: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
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#6: 糖 | ChemComp-NAG / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.89 % 解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS. |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1M MES and 16% PEG 550MME |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97914 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月19日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97914 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 25201 / % possible obs: 93.8 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 46.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 12.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3LZJ, 3NFS 解像度: 2.9→47.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.87 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.814 / SU B: 48.675 / SU ML: 0.411 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.502 / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED,
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 138.37 Å2 / Biso mean: 51.878 Å2 / Biso min: 20.67 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.9→47.98 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.901→2.977 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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