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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5g3q | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a hypothetical domain in WNK1 | ||||||
要素 | WNK1 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / DE NOVO PROTEIN (De novo) | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.613 Å | ||||||
データ登録者 | Pinkas, D.M. / Bufton, J.C. / Sanvitale, C.E. / Bartual, S.G. / Adamson, R.J. / Krojer, T. / Burgess-Brown, N.A. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. ...Pinkas, D.M. / Bufton, J.C. / Sanvitale, C.E. / Bartual, S.G. / Adamson, R.J. / Krojer, T. / Burgess-Brown, N.A. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Bullock, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal Structure of a Hypothetical Domain in Wnk1 著者: Pinkas, D.M. / Bufton, J.C. / Sanvitale, C.E. / Bartual, S.G. / Adamson, R.J. / Burgess-Brown, N.A. / Krojer, T. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Bullock, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5g3q.cif.gz | 75.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5g3q.ent.gz | 59.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5g3q.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g3/5g3q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g3/5g3q | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10281.576 Da / 分子数: 2 / 断片: HYPOTHETICAL DOMAIN, RESIDUES 1113-1201 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA2 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.43 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 詳細: 20% PEG3350 -- 10% ETHYLENE GLYCOL -- 0.1M BIS-TRIS-PROPANE PH 6.5 -- 0.2M SODIUM FORMATE |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92819 |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.92819 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.61→82.3 Å / Num. obs: 30010 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 31.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 27 |
反射 シェル | 解像度: 1.61→1.62 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.69 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 94.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: UNRELEASED SAD-DETERMINED SELENOMETHIOINE MODEL 解像度: 1.613→35.502 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.613→35.502 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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