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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5f7c | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Family 31 alpha-glucosidase (BT_0339) from Bacteroides thetaiotaomicron | ||||||
要素 | Alpha-glucosidase | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Family Glycoside Hydrolase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Chaudet, M.M. / Rose, D.R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochem. Cell Biol. / 年: 2016 タイトル: Suggested alternative starch utilization system from the human gut bacterium Bacteroides thetaiotaomicron. 著者: Chaudet, M.M. / Rose, D.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5f7c.cif.gz | 796.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5f7c.ent.gz | 665.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5f7c.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f7/5f7c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f7/5f7c | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 88470.320 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア) 株: ATCC 29148 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482 / 遺伝子: BT_0339 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q8AAX3, alpha-glucosidase #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.62 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.05 M Ammonium Sulfate, 0.05 M Bis-Tris:HCl pH 6.5, 30% (v/v) Pentaerythritol Ethoxylate (15/4 EO/OH), 0.1 M Sodium formate pH 7.0, 12% w/v Polyethylene glycol 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→48.81 Å / Num. obs: 87516 / % possible obs: 99.98 % / 冗長度: 7.6 % / Net I/σ(I): 6.67 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.693 Å / % possible all: 99.87 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.6→48.81 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 38.65 / 立体化学のターゲット値: MLHL
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 131.41 Å2 / Biso mean: 59.5763 Å2 / Biso min: 16.25 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.6→48.81 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %
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