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- PDB-5f4l: HIV-1 gp120 complex with JP-III-048 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5f4l
タイトルHIV-1 gp120 complex with JP-III-048
要素ENVELOPE GLYCOPROTEIN GP120 of HIV-1 clade C
キーワードVIRAL PROTEIN / Crystal structure of HIV-1 gp120 complex with JP-III-048
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / apoptotic process / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
HIV Envelope Protein Gp120; Chain G / Human immunodeficiency virus 1, Gp160, envelope glycoprotein / Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Beta Complex / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5VE / Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Liang, S. / Hendrickson, W.A.
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2016
タイトル: Small-Molecule CD4-Mimics: Structure-Based Optimization of HIV-1 Entry Inhibition.
著者: Melillo, B. / Liang, S. / Park, J. / Schon, A. / Courter, J.R. / LaLonde, J.M. / Wendler, D.J. / Princiotto, A.M. / Seaman, M.S. / Freire, E. / Sodroski, J. / Madani, N. / Hendrickson, W.A. / Smith, A.B.
履歴
登録2015年12月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Derived calculations / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / software
Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ENVELOPE GLYCOPROTEIN GP120 of HIV-1 clade C
B: ENVELOPE GLYCOPROTEIN GP120 of HIV-1 clade C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,4874
ポリマ－77,5932
非ポリマー8942
水1,13563
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area630 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area30490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.159, 127.806, 192.470
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-615-

HOH

21B-619-

HOH

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要素

#1: タンパク質 ENVELOPE GLYCOPROTEIN GP120 of HIV-1 clade C


分子量: 38796.527 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
細胞株 (発現宿主): HEK 293 GnTi- cells / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: C6G099*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-5VE / ~{N}'-[(1~{R},2~{R})-2-(carbamimidamidomethyl)-6-(methylaminomethyl)-2,3-dihydro-1~{H}-inden-1-yl]-~{N}-(4-chloranyl-3-fluoranyl-phenyl)ethanediamide


分子量: 446.906 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H24ClFN6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.15 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: PEG 1500, magnesium chloride, imidazole

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データ収集

回折平均測定温度: 170 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BSRF / ビームライン: 1W2B / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: APEX II CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→45.276 Å / Num. obs: 23229 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.88 % / Rmerge(I) obs: 0.119 / Net I/σ(I): 12.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
XDSデータスケーリング
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.7→38.439 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2881 1134 4.89 %
Rwork0.2484 --
obs0.2503 23180 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→38.439 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5262 0 62 63 5387
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0045461
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8117396
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4392018
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.032821
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004959
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7001-2.82290.3431100.32729X-RAY DIFFRACTION100
2.8229-2.97170.35751330.3032729X-RAY DIFFRACTION100
2.9717-3.15780.33841500.29722704X-RAY DIFFRACTION100
3.1578-3.40150.30551680.2712708X-RAY DIFFRACTION100
3.4015-3.74350.30081630.24332727X-RAY DIFFRACTION100
3.7435-4.28460.30311410.23562753X-RAY DIFFRACTION100
4.2846-5.39570.24571180.21292792X-RAY DIFFRACTION100
5.3957-38.44290.26091510.2482904X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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