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- PDB-5eo8: Crystal structure of AOL(868) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5eo8
タイトルCrystal structure of AOL(868)
要素Predicted proteinタンパク質構造予測
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / seleno-fucoses / phaing / lectin (レクチン) / Aspergillus oryzae (ニホンコウジカビ)
機能・相同性
機能・相同性情報


fucose binding / intracellular organelle / エンドソーム
類似検索 - 分子機能
Fucose-specific lectin / Fucose-specific lectin / Fungal fucose-specific lectin / 6 Propeller / ノイラミニダーゼ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
methyl 1-seleno-beta-L-fucopyranoside / Fucose-specific lectin
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus oryzae RIB40 (米麹菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Kato, R. / Kiso, M. / Ishida, H. / Ando, H. / Suzuki, T. / Shimabukuro, S. / Makyio, H.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2016
タイトル: Six independent fucose-binding sites in the crystal structure of Aspergillus oryzae lectin
著者: Makyio, H. / Shimabukuro, J. / Suzuki, T. / Imamura, A. / Ishida, H. / Kiso, M. / Ando, H. / Kato, R.
履歴
登録2015年11月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月3日Group: Database references
改定 1.22020年2月19日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Predicted protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0227
ポリマ－34,5761
非ポリマー1,4476
水6,287349
1
A: Predicted protein
ヘテロ分子

A: Predicted protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,04514
ポリマ－69,1512
非ポリマー2,89412
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_555x,x-y,-z+1/61
Buried area2410 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area23530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.595, 58.595, 397.601
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-748-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Predicted protein / タンパク質構造予測 / lectin


分子量: 34575.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus oryzae RIB40 (米麹菌) / 株: RIB 40 / 遺伝子: AO090001000189 / 発現宿主: Aspergillus oryzae (米麹菌) / 参照: UniProt: Q2UNX8
#2: 糖
ChemComp-TFU / methyl 1-seleno-beta-L-fucopyranoside / (2S,3S,4R,5S,6R)-2-methyl-6-methylselanyl-oxane-3,4,5-triol / methyl 6-deoxy-1-seleno-beta-L-galactopyranoside / methyl 1-seleno-beta-L-fucoside / methyl 1-seleno-L-fucoside / methyl 1-seleno-fucoside / 1-(メチルセレノ)-1,6-ジデオキシ-β-L-ガラクトピラノ-ス / メチル基


タイプ: L-saccharide / 分子量: 241.144 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C7H14O4Se
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 349 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.83 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 1.0 M mono-Ammonium dihydrogen Phosphate, 0.1 M tri-Sodium Citrate dihydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→47.39 Å / Num. obs: 55524 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 48.2 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.191 / Rpim(I) all: 0.028 / Net I/σ(I): 24.2 / Num. measured all: 2675664 / Scaling rejects: 1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
1.6-1.6348.53.9831.613172227170.9060.57299.9
8.76-47.3933.20.04380.11611348510.00799.4

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.2.13データスケーリング
SHELX位相決定
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.6→45.196 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 19.63 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1826 2565 5.1 %
Rwork0.1636 95508 -
obs0.1645 50320 99.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 102.9 Å2 / Biso mean: 28.1022 Å2 / Biso min: 13.4 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→45.196 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2444 0 156 349 2949
Biso mean--36.03 38.34 -
残基数----311
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042584
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0213525
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.036393
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004439
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.905924
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.6-1.61820.39671580.343732083366
1.6182-1.63720.33581800.31932033383
1.6372-1.65720.34151660.313231193285
1.6572-1.67820.38111870.288332063393
1.6782-1.70030.31161860.284931223308
1.7003-1.72350.3231630.262532873450
1.7235-1.74820.23811760.252630913267
1.7482-1.77430.24061980.233132133411
1.7743-1.8020.25351800.214931273307
1.802-1.83150.28981710.222232293400
1.8315-1.86310.21731680.205930963264
1.8631-1.8970.23841570.189532303387
1.897-1.93350.20291510.170131673318
1.9335-1.9730.18862080.167331553363
1.973-2.01590.19151510.15732683419
2.0159-2.06270.18251820.148831283310
2.0627-2.11430.18341750.153131893364
2.1143-2.17150.13371790.144932123391
2.1715-2.23540.16521580.142431523310
2.2354-2.30750.14821420.143232213363
2.3075-2.390.15351840.140431453329
2.39-2.48570.16681600.144532203380
2.4857-2.59880.15421680.140531823350
2.5988-2.73580.19091550.139731953350
2.7358-2.90720.15741450.1532393384
2.9072-3.13160.15071750.15331653340
3.1316-3.44670.15071960.136832103406
3.4467-3.94510.16191970.143931393336
3.9451-4.96950.15621660.13431833349
4.9695-45.21390.17791490.172532073356
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 33.5635 Å / Origin y: 16.7181 Å / Origin z: 14.8868 Å
111213212223313233
T0.1521 Å2-0.0063 Å2-0.0016 Å2-0.1679 Å2-0.002 Å2--0.1558 Å2
L0.6471 °2-0.084 °20.2329 °2-0.6389 °2-0.1703 °2--1.064 °2
S0.0247 Å °0.0956 Å °-0.0367 Å °-0.0827 Å °0.0023 Å °-0.0062 Å °0.1381 Å °-0.0399 Å °0.0004 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 311
2X-RAY DIFFRACTION1allB6 - 5
3X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 349

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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