PDB-5dhp: Crystal structure of NAD kinase 1 from Listeria monocytogenes in ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5dhp

タイトル

Crystal structure of NAD kinase 1 from Listeria monocytogenes in complex with a novel inhibitor

要素

NAD kinase 1

NAD+キナーゼ

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) / tetrameric NAD kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

NAD+キナーゼ / NADP biosynthetic process /

NAD+ kinase activity / NAD metabolic process / NAD binding /

リン酸化 /

ATP binding /

metal ion binding /

細胞質
類似検索 - 分子機能

生物種

Listeria monocytogenes serovar 1/2a (リステリア・モノサイトゲネス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.27 Å

データ登録者

Gelin, M. / Paoletti, J. / Assairi, L. / Huteau, V. / Pochet, S. / Labesse, G.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: 8-Thioalkyl-adenosine derivatives inhibit Listeria monocytogenes NAD kinase through a novel binding mode.
著者: Paoletti, J. / Assairi, L. / Gelin, M. / Huteau, V. / Nahori, M.A. / Dussurget, O. / Labesse, G. / Pochet, S.

履歴

登録	2015年8月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年9月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年11月9日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月6日	Group: Author supporting evidence / Data collection カテゴリ: diffrn_radiation_wavelength / pdbx_audit_support Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5dhp.cif.gz	432.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5dhp.ent.gz	358 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5dhp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dh/5dhp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dh/5dhp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5dhqC 5dhrC 5dhsC 5dhtC 5dhuC 2i1wS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5dhu-d 5dht-d 6rc6-1 6rgb-1 6rc1-1 6rg9-1 5dhs-d 6rr2-1 6rbz-1 2i2a-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: NAD kinase 1

B: NAD kinase 1

C: NAD kinase 1

D: NAD kinase 1

ヘテロ分子

127 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.930, 119.530, 67.310
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.28, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	NAD kinase 1 / NAD+キナーゼ / ATP-dependent NAD kinase 分子量: 31045.279 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Listeria monocytogenes serovar 1/2a (strain ATCC BAA-679 / EGD-e) (リステリア・モノサイトゲネス) 遺伝子: nadK1, lmo0968 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8Y8D7, NAD+キナーゼ
#2: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸 / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-5AQ / 8-({2-oxo-2-[(2-phenylethyl)amino]ethyl}sulfanyl)adenosine 分子量: 460.507 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₄N₆O₅S
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 285 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.34 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 30 mM sodium bromide, 220 mM potassium citrate, pH 4.8-5.1, glycerol 6%, 15-16% w/v polyethylene glycol 400

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.9334 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月16日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9334 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.27→66.229 Å / Num. all: 46354 / Num. obs: 46354 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 2.6 % / B_iso Wilson estimate: 38.67 Å² / R_pim(I) all: 0.027 / R_rim(I) all: 0.044 / R_sym value: 0.031 / Net I/av σ(I): 19.446 / Net I/σ(I): 15.7 / Num. measured all: 121261

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_pim(I) all	R_sym value	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.27-2.39	2.6	0.338	2.2	18132	7029	0.309	0.338	2.1	99.9
2.39-2.54	2.6	0.235	3.2	17345	6604	0.203	0.235	3	100
2.54-2.71	2.6	0.15	5	14441	5496	0.131	0.15	4.6	88.6
2.71-2.93	2.6	0.099	7.6	15347	5809	0.084	0.099	6.9	100
2.93-3.21	2.6	0.054	14	13886	5361	0.046	0.054	12	100
3.21-3.59	2.6	0.026	28.6	11458	4436	0.023	0.026	21.5	91.9
3.59-4.15	2.6	0.016	40.7	9361	3631	0.014	0.016	32.3	85.3
4.15-5.08	2.7	0.011	55.4	9744	3619	0.009	0.011	43.7	100
5.08-7.18	2.6	0.013	45.9	7359	2808	0.011	0.013	40.3	99.9
7.18-44.257	2.7	0.012	28.9	4188	1561	0.01	0.012	51.3	99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
SCALA	3.3.21	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
MOSFLM		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2i1w

2i1w

解像度: 2.27→44.257 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.33 / 位相誤差: 31.65 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2585	2777	3.05 %
R_work	0.2174	-	-
obs	0.2187	46196	96.09 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.27→44.257 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8145	0	173	285	8603

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	8546
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.632	11574
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.537	3074
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.026	1255
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1477

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2704-2.3095	0.4565	144	0.3916	4511	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3095-2.3515	0.4164	117	0.3769	4558	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3515-2.3967	0.3631	152	0.3555	4617	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3967-2.4456	0.3545	167	0.3462	4493	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4456-2.4988	0.3578	145	0.3217	4624	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4988-2.5569	0.3084	131	0.3129	4511	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5569-2.6209	0.3476	126	0.2961	4656	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6209-2.6917	0.3528	83	0.2893	3334	X-RAY DIFFRACTION	71
2.6917-2.7709	0.3738	123	0.2826	4586	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7709-2.8603	0.2891	143	0.2685	4575	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8603-2.9626	0.3436	141	0.2671	4579	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9626-3.0811	0.2927	152	0.2522	4602	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0811-3.2213	0.2988	154	0.2255	4612	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2213-3.3911	0.2469	172	0.2008	4547	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3911-3.6035	0.243	131	0.1811	3823	X-RAY DIFFRACTION	84
3.6035-3.8816	0.2112	123	0.1825	3906	X-RAY DIFFRACTION	85
3.8816-4.2719	0.2138	135	0.1503	4065	X-RAY DIFFRACTION	88
4.2719-4.8894	0.1676	162	0.1369	4563	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8894-6.1575	0.1994	143	0.1723	4609	X-RAY DIFFRACTION	100
6.1575-44.2656	0.2434	133	0.2027	4567	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.5294	2.5846	-1.3359	6.203	-2.4597	2.9372	0.1999	-0.2308	-0.3678	0.6435	-0.0979	0.1039	0.1478	-0.1125	-0.1279	0.638	-0.1021	0.0733	0.286	0.0281	0.4123	5.2931	-31.8446	-26.2983
2	2.0911	1.489	-0.3408	3.4277	-0.6446	2.4572	0.1183	0.0064	-0.0225	0.3362	-0.0761	0.1773	0.0934	-0.2897	-0.0673	0.264	-0.0023	0.0594	0.1976	-0.0092	0.2609	10.0597	-7.6326	-38.4453
3	4.1712	2.7233	0.9101	6.6336	1.6898	2.4425	0.2932	-0.427	0.5349	0.5878	-0.1747	-0.0988	-0.0728	0.0611	-0.098	0.7074	-0.1782	-0.1526	0.3932	0.0014	0.5642	35.7392	16.5691	-23.582
4	1.1632	0.9874	-0.1224	1.8178	0.2858	1.8225	0.1205	-0.075	-0.311	0.5367	-0.1405	-0.7264	0.1021	0.3753	0.0425	0.4054	-0.0128	-0.188	0.2939	0.0624	0.6181	34.8941	-8.1805	-33.7074
5	1.307	0.1255	0.5768	1.8852	-1.3529	2.4836	0.1822	0.7255	1.2304	-0.6611	-0.2528	0.3381	-0.3483	-0.3883	0.0174	0.8517	0.2952	-0.0747	0.8153	0.3715	0.8408	6.2461	7.9883	-77.2445
6	3.6642	0.1695	0.1685	3.3419	0.2897	1.8682	0.2074	0.5262	-0.2221	-0.2758	-0.1424	0.1565	0.0933	-0.1322	-0.0658	0.2943	0.0888	-0.0253	0.3346	-0.0397	0.2081	15.8307	-13.8883	-64.6056
7	4.2963	-1.6063	-2.2686	3.8114	2.217	2.6964	0.1097	0.8775	-1.1442	0.3495	-0.1109	-0.2557	0.7868	0.5481	0.0159	0.7819	0.436	0.011	0.9543	-0.1635	0.9472	51.1872	-25.2275	-69.5895
8	3.222	-0.8355	0.0274	1.9483	-0.3526	2.5591	0.2609	0.4993	0.3332	-0.1836	-0.1468	-0.7897	-0.0537	0.5163	-0.1185	0.2859	0.0593	0.1407	0.4353	0.1032	0.4899	38.5214	-4.4791	-60.8623

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1:100)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 101:264)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain B and resid 1:100)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resid 101:264)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain C and resid 1:100)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain C and resid 101:263)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain D and resid 2:100)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain D and resid 101:263)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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