+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5cuz | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of SeMet-substituted N-terminal truncated human B12-chaperone CblD (108-296) | ||||||
要素 | Methylmalonic aciduria and homocystinuria type D protein, mitochondrial | ||||||
キーワード | CHAPERONE (シャペロン) / Vitamin B12 (コバラミン) / Nitro-FMN-reductase | ||||||
機能・相同性 | Methylmalonic aciduria and homocystinuria type D protein / Methylmalonic aciduria and homocystinuria type D protein / Defective MMADHC causes MMAHCD / cobalamin metabolic process / Cobalamin (Cbl) metabolism / ミトコンドリア / 細胞質基質 / 細胞質 / Cobalamin trafficking protein CblD 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.31 Å | ||||||
データ登録者 | Yamada, K. / Gherasim, C. / Banerjee, R. / Koutmos, M. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015 タイトル: Structure of Human B12 Trafficking Protein CblD Reveals Molecular Mimicry and Identifies a New Subfamily of Nitro-FMN Reductases. 著者: Yamada, K. / Gherasim, C. / Banerjee, R. / Koutmos, M. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5cuz.cif.gz | 66.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb5cuz.ent.gz | 54.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5cuz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cu/5cuz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cu/5cuz | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22074.982 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 108-296 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MMADHC, C2orf25, CL25022, HSPC161, My011 / プラスミド: pET28b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 / 参照: UniProt: Q9H3L0 |
---|---|
#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.2 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20 % PEG3350, 0.1M Tris-HCl, pH 7.5, 0.185 M MgCl2, 0.12 M NaF |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.979475 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月23日 詳細: K-B pair of biomorph mirrors for vertical and horizontal focusing |
放射 | モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979475 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.31→50 Å / Num. obs: 6667 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 14.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.31→2.39 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.359 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 70.4 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.31→48.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU B: 8.472 / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.521 / ESU R Free: 0.284 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 45.151 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.31→48.71 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|