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- PDB-5cnk: mglur3 with glutamate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cnk
タイトルmglur3 with glutamate
要素Metabotropic glutamate receptor 3
キーワードSIGNALING PROTEIN / glutamate receptor (グルタミン酸受容体)
機能・相同性
機能・相同性情報


group II metabotropic glutamate receptor activity / G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / astrocyte projection / negative regulation of adenylate cyclase activity / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / glutamate receptor activity / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / calcium channel regulator activity / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / G protein-coupled receptor activity ...group II metabotropic glutamate receptor activity / G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / astrocyte projection / negative regulation of adenylate cyclase activity / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / glutamate receptor activity / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / calcium channel regulator activity / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / G protein-coupled receptor activity / presynaptic membrane / 遺伝子発現 / G alpha (i) signalling events / chemical synaptic transmission / scaffold protein binding / postsynaptic membrane / 樹状突起スパイン / postsynaptic density / 神経繊維 / glutamatergic synapse / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor 3 / GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor / G-protein coupled receptors family 3 signature 1. / G-protein coupled receptors family 3 signature 2. / GPCR, family 3, nine cysteines domain / GPCR, family 3, nine cysteines domain superfamily / Nine Cysteines Domain of family 3 GPCR / GPCR, family 3, conserved site / G-protein coupled receptors family 3 signature 3. / GPCR, family 3 ...GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor 3 / GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor / G-protein coupled receptors family 3 signature 1. / G-protein coupled receptors family 3 signature 2. / GPCR, family 3, nine cysteines domain / GPCR, family 3, nine cysteines domain superfamily / Nine Cysteines Domain of family 3 GPCR / GPCR, family 3, conserved site / G-protein coupled receptors family 3 signature 3. / GPCR, family 3 / GPCR family 3, C-terminal / 7 transmembrane sweet-taste receptor of 3 GCPR / G-protein coupled receptors family 3 profile. / Response regulator / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
グルタミン酸 / IODIDE ION / Metabotropic glutamate receptor 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Monn, J.A. / Clawson, D.K.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2015
タイトル: Synthesis and Pharmacological Characterization of C4-(Thiotriazolyl)-substituted-2-aminobicyclo[3.1.0]hexane-2,6-dicarboxylates. Identification of (1R,2S,4R,5R,6R)-2-Amino-4-(1H-1,2,4- ...タイトル: Synthesis and Pharmacological Characterization of C4-(Thiotriazolyl)-substituted-2-aminobicyclo[3.1.0]hexane-2,6-dicarboxylates. Identification of (1R,2S,4R,5R,6R)-2-Amino-4-(1H-1,2,4-triazol-3-ylsulfanyl)bicyclo[3.1.0]hexane-2,6-dicarboxylic Acid (LY2812223), a Highly Potent, Functionally Selective mGlu2 Receptor Agonist.
著者: Monn, J.A. / Prieto, L. / Taboada, L. / Hao, J. / Reinhard, M.R. / Henry, S.S. / Beadle, C.D. / Walton, L. / Man, T. / Rudyk, H. / Clark, B. / Tupper, D. / Baker, S.R. / Lamas, C. / Montero, ...著者: Monn, J.A. / Prieto, L. / Taboada, L. / Hao, J. / Reinhard, M.R. / Henry, S.S. / Beadle, C.D. / Walton, L. / Man, T. / Rudyk, H. / Clark, B. / Tupper, D. / Baker, S.R. / Lamas, C. / Montero, C. / Marcos, A. / Blanco, J. / Bures, M. / Clawson, D.K. / Atwell, S. / Lu, F. / Wang, J. / Russell, M. / Heinz, B.A. / Wang, X. / Carter, J.H. / Getman, B.G. / Catlow, J.T. / Swanson, S. / Johnson, B.G. / Shaw, D.B. / McKinzie, D.L.
履歴
登録2015年7月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月7日Group: Database references
改定 2.02023年2月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / citation / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_oper_list / struct_site
Item: _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id ..._atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Metabotropic glutamate receptor 3
B: Metabotropic glutamate receptor 3
C: Metabotropic glutamate receptor 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)177,74614
ポリマ－176,3303
非ポリマー1,41611
水39622
1
A: Metabotropic glutamate receptor 3
ヘテロ分子

A: Metabotropic glutamate receptor 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,86312
ポリマ－117,5532
非ポリマー1,30910
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
2
B: Metabotropic glutamate receptor 3
ヘテロ分子

C: Metabotropic glutamate receptor 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,3158
ポリマ－117,5532
非ポリマー7616
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_445x-1/2,y-1/2,z1
3
C: Metabotropic glutamate receptor 3
ヘテロ分子

B: Metabotropic glutamate receptor 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,3158
ポリマ－117,5532
非ポリマー7616
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555x+1/2,y+1/2,z1
4
A: Metabotropic glutamate receptor 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,4316
ポリマ－58,7771
非ポリマー6555
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
B: Metabotropic glutamate receptor 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,1574
ポリマ－58,7771
非ポリマー3813
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
C: Metabotropic glutamate receptor 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,1574
ポリマ－58,7771
非ポリマー3813
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)138.344, 80.004, 206.861
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 130.73, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Metabotropic glutamate receptor 3 / / mGluR3


分子量: 58776.562 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 2-507 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GRM3, GPRC1C, MGLUR3
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q14832
#2: 化合物 ChemComp-GLU / GLUTAMIC ACID / グルタミン酸 / グルタミン酸


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO4
#3: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド / ヨウ化物


分子量: 126.904 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 16% PEG 3350 + 200mM Ammonium Iodide, 50mM Tris pH 8.0 / 150mM NaCl
PH範囲: pH 8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97929 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97929 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.15→78.38 Å / Num. obs: 29288 / % possible obs: 97.85 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 75.83 Å2 / Net I/σ(I): 3.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.5精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化解像度: 3.15→78.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.826 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.7801 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.472
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.258 873 2.98 %RANDOM
Rwork0.2211 ---
obs0.2222 29288 97.85 %-
原子変位パラメータBiso mean: 55.39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.8094 Å20 Å20.5178 Å2
2---4.4597 Å20 Å2
3---3.6504 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.55 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.15→78.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10521 0 20 22 10563
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0110757HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.214551HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3723SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes273HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1569HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it10757HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.95
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.77
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1391SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact11991SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.15→3.26 Å / Total num. of bins used: 15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2767 92 3.22 %
Rwork0.2302 2765 -
all0.2317 2857 -
obs--97.85 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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