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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ccy | ||||||||||||
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タイトル | 2009 H1N1 PA endonuclease in complex with dTMP | ||||||||||||
要素 | Polymerase acidic protein | ||||||||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / influenza (インフルエンザ) / resistance / endonuclease (エンドヌクレアーゼ) / inhibitor (酵素阻害剤) | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / キャップスナッチング / endonuclease activity / host cell cytoplasm / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / viral RNA genome replication / DNA-templated transcription / host cell nucleus / RNA binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Kumar, G. / White, S.W. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016 タイトル: Identification and characterization of influenza variants resistant to a viral endonuclease inhibitor. 著者: Song, M.S. / Kumar, G. / Shadrick, W.R. / Zhou, W. / Jeevan, T. / Li, Z. / Slavish, P.J. / Fabrizio, T.P. / Yoon, S.W. / Webb, T.R. / Webby, R.J. / White, S.W. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5ccy.cif.gz | 92.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5ccy.ent.gz | 68.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5ccy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cc/5ccy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cc/5ccy | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 5cgvC 5cl0C 5cznC 5d2oC 5d42C 5d4gC 5d8uC 5d9jC 5dbsC 5debC 5desC 4e5eS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21970.160 Da / 分子数: 1 / 断片: endonuclease domain (UNP residues 1-50, 73-196) / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) 株: swl A/California/04/2009 H1N1 / 遺伝子: PA / プラスミド: pET52b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: C3W5S0, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-TMP / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.68 % / 解説: Hexagonal plates |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2 M magnesium chloride, 5 mM manganese chloride, 0.1 M Tris, pH 8.5, 30% w/v PEG4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月16日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: double crystal Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.1→64.006 Å / Num. obs: 12747 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 28.4 % / Rmerge(I) obs: 0.119 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.121 / Χ2: 0.868 / Net I/av σ(I): 33.308 / Net I/σ(I): 6 / Num. measured all: 361856 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 4E5E 解像度: 2.1→50.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 8.978 / SU ML: 0.122 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.19 / ESU R Free: 0.188 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 91.51 Å2 / Biso mean: 37.181 Å2 / Biso min: 18.42 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.1→50.01 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -14.2484 Å / Origin y: 75.4169 Å / Origin z: 14.1762 Å
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精密化 TLSグループ |
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