+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5b1f | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of hen egg-white lysozyme | ||||||
要素 | Lysozyme C | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / serial femtosecond crystallography | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium ...抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / 小胞体 / extracellular space / identical protein binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Gallus gallus (ニワトリ) | ||||||
手法 | X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Sugahara, M. / Suzuki, M. / Nango, E. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of hen egg-white lysozyme 著者: Sugahara, M. / Suzuki, M. / Nango, E. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5b1f.cif.gz | 39.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb5b1f.ent.gz | 25.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5b1f.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b1/5b1f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b1/5b1f | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 3wunC 4ym8C 5b1gC 3wulS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ | |
実験データセット #1 | データ参照: 10.11577/1249397 / データの種類: diffraction image data |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, リゾチーム |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-NA / |
#3: 化合物 | ChemComp-CL / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.69 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: batch mode / 詳細: NaCl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 300 K |
---|---|
放射光源 | 由来: 自由電子レーザー / サイト: SACLA / ビームライン: BL3 / 波長: 1.77 Å |
検出器 | タイプ: MPCCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.77 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→30 Å / Num. obs: 5727 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 453 % / Net I/σ(I): 11.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.34 Å / Mean I/σ(I) obs: 10.4 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3WUL 解像度: 2.3→25.014 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 21.29 / 立体化学のターゲット値: ML
| ||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→25.014 Å
| ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|