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- PDB-4zmf: Phosphorylated Aspartate in the Crystal Structure of the Alpha-ki... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zmf
タイトルPhosphorylated Aspartate in the Crystal Structure of the Alpha-kinase domain of Myosin-II Heavy Chain Kinase A
要素Myosin heavy chain kinase A
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / Aspartyl phosphate intermediate
機能・相同性
機能・相同性情報


myosin-heavy-chain kinase / myosin heavy chain kinase activity / myosin II filament disassembly / ADP phosphatase activity / actomyosin contractile ring / actin crosslink formation / myosin II binding / AMP binding / actin filament bundle assembly / mitotic cytokinesis ...myosin-heavy-chain kinase / myosin heavy chain kinase activity / myosin II filament disassembly / ADP phosphatase activity / actomyosin contractile ring / actin crosslink formation / myosin II binding / AMP binding / actin filament bundle assembly / mitotic cytokinesis / cAMP binding / ADP binding / 走化性 / actin filament binding / 細胞皮質 / protein autophosphorylation / protein kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / identical protein binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Protein kinase-like fold / MHCK/EF2 kinase / MHCK/EF2 kinase / Alpha-kinase family / Alpha-type protein kinase domain profile. / Alpha-kinase family / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat ...Protein kinase-like fold / MHCK/EF2 kinase / MHCK/EF2 kinase / Alpha-kinase family / Alpha-type protein kinase domain profile. / Alpha-kinase family / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / WD40リピート / WD40リピート / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40-repeat-containing domain superfamily / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Alpha-Beta Barrel / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
アデニル酸 / リン酸塩 / Myosin heavy chain kinase A
類似検索 - 構成要素
生物種Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.39 Å
データ登録者Ye, Q. / Jia, Z.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Characterization of the Catalytic and Nucleotide Binding Properties of the alpha-Kinase Domain of Dictyostelium Myosin-II Heavy Chain Kinase A.
著者: Yang, Y. / Ye, Q. / Jia, Z. / Cote, G.P.
履歴
登録2015年5月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月2日Group: Database references
改定 1.22015年10月7日Group: Data collection / Database references
改定 1.32020年1月8日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Myosin heavy chain kinase A
B: Myosin heavy chain kinase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,2288
ポリマ－69,2132
非ポリマー1,0156
水3,459192
1
A: Myosin heavy chain kinase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,1144
ポリマ－34,6071
非ポリマー5083
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Myosin heavy chain kinase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,1144
ポリマ－34,6071
非ポリマー5083
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)83.098, 109.960, 79.485
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ILE / Beg label comp-ID: ILE / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: 0 / Auth seq-ID: 552 - 808 / Label seq-ID: 18 - 274

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 Myosin heavy chain kinase A / MHCK-A


分子量: 34606.559 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 552-841 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
遺伝子: mhkA, mhckA, DDB_G0291231 / プラスミド: pET28A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P42527, myosin-heavy-chain kinase
#2: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP / アデニル酸


分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 192 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.11 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: PEG 8000, sodium phosphate, Tris chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.9179 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月23日 / 詳細: White beam collimating mirror
放射モノクロメーター: Horizontally focusing monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9179 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.39→79.06 Å / Num. all: 277807 / Num. obs: 29130 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 9.5 % / Biso Wilson estimate: 38.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 27.04
反射 シェル解像度: 2.39→2.49 Å / 冗長度: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 4.66 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3LKM

3lkm


解像度: 2.39→79.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 6.461 / SU ML: 0.148 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.3 / ESU R Free: 0.208 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2174 1475 5.1 %RANDOM
Rwork0.1939 ---
obs0.1951 27601 99.04 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 127.5 Å2 / Biso mean: 42.152 Å2 / Biso min: 17.06 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.42 Å20 Å2-0 Å2
2--1.57 Å2-0 Å2
3---0.85 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.39→79.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3997 0 58 192 4247
Biso mean--53.5 39.61 -
残基数----503
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0194139
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.023993
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5031.9915593
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.94739245
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.545497
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.38725.233172
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.23115758
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.2891514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2615
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0214523
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02889
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.8193.9692006
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.8153.9672005
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.6075.9262497
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 15100 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.09 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.395→2.457 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.305 114 -
Rwork0.247 1841 -
all-1955 -
obs--91.31 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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