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- PDB-4y4m: Thiazole synthase Thi4 from Methanocaldococcus jannaschii -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4y4m
タイトルThiazole synthase Thi4 from Methanocaldococcus jannaschii
要素Putative ribose 1,5-bisphosphate isomerase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN (生合成) / Thiazole synthase / ISOMERASE (異性化酵素)
機能・相同性
機能・相同性情報


sulfide-dependent adenosine diphosphate thiazole synthase / thiazole biosynthetic process / pentosyltransferase activity / thiamine diphosphate biosynthetic process / thiamine biosynthetic process / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
Thiazole biosynthetic enzyme, prokaryotic / Thi4 family / Thiazole biosynthetic enzyme Thi4 family / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-48F / Thiamine thiazole synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.71 Å
データ登録者Zhang, X. / Ealick, S.E.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: Structural Basis for Iron-Mediated Sulfur Transfer in Archael and Yeast Thiazole Synthases.
著者: Zhang, X. / Eser, B.E. / Chanani, P.K. / Begley, T.P. / Ealick, S.E.
履歴
登録2015年2月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月4日Group: Database references
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative ribose 1,5-bisphosphate isomerase
B: Putative ribose 1,5-bisphosphate isomerase
C: Putative ribose 1,5-bisphosphate isomerase
D: Putative ribose 1,5-bisphosphate isomerase
E: Putative ribose 1,5-bisphosphate isomerase
F: Putative ribose 1,5-bisphosphate isomerase
G: Putative ribose 1,5-bisphosphate isomerase
H: Putative ribose 1,5-bisphosphate isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)256,48121
ポリマ－250,9708
非ポリマー5,51113
水37821
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)180.760, 180.760, 73.328
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F
71G
81H

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1111A3 - 300
2111B3 - 300
3111C3 - 300
4111D3 - 300
5111E3 - 300
6111F3 - 300
7111G3 - 300
8111H3 - 300

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.453442, -0.839324, 0.299876), (-0.838538, -0.515764, -0.17562), (0.302067, -0.171824, -0.937674)10.01166, 2.73902, -40.718
3given(0.834989, 0.494301, 0.241784), (0.493803, -0.86698, 0.06712), (0.2428, 0.063349, -0.968006)21.73484, -64.55105, -33.15097
4given(0.011075, 0.970249, -0.241856), (-0.997698, -0.005461, -0.067594), (-0.066903, 0.242048, 0.967955)65.6912, 23.73042, 8.29738
5given(-0.953241, -0.025878, -0.3011), (-0.028675, -0.984087, 0.17536), (-0.300846, 0.175794, 0.93733)87.74722, -41.97642, 17.66459
6given(-0.8805, -0.47058, 0.057222), (-0.469581, 0.849297, -0.241223), (0.064916, -0.239267, -0.968781)78.18453, 16.24388, -31.66574
7given(0.03276, -0.99781, -0.057456), (0.970227, 0.017947, 0.241531), (-0.239972, -0.063658, 0.968691)21.80578, -64.80766, 9.51802
8given(-0.499293, 0.866433, 7.1E-5), (0.866433, 0.499292, 0.000958), (0.000795, 0.00054, -1)90.33633, -52.17899, -23.58238

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要素

#1: タンパク質
Putative ribose 1,5-bisphosphate isomerase / Ribulose 1 / 5-bisphosphate synthase / RuBP synthase


分子量: 31371.217 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
株: ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440
遺伝子: MJ0601 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) / 参照: UniProt: Q58018, ribose-1,5-bisphosphate isomerase
#2: 化合物
ChemComp-48F / [[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2R,3R)-2,3,5-tris(oxidanyl)-4-oxidanylidene-pentyl] hydrogen phosphate


分子量: 559.316 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H23N5O14P2
#3: 化合物
ChemComp-NHE / 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID / N-CYCLOHEXYLTAURINE / CHES / 2-(シクロヘキシルアミノ)エタンスルホン酸 / CHES (buffer)


分子量: 207.290 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H17NO3S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.7 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 9.5
詳細: 1.05 M Potassium/sodium tartrate, 0.1 M CHES/ Sodium hydroxide pH 9.5, 0.2 M Lithium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→40 Å / Num. obs: 72800 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rsym value: 0.072 / Net I/av σ(I): 2.3 / Net I/σ(I): 13.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1RP0

1rp0


解像度: 2.71→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.787 / ESU R Free: 0.268 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20311 3646 5 %RANDOM
Rwork0.17708 ---
obs0.17841 68627 99.01 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 54.853 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.81 Å20.4 Å20 Å2
2--0.81 Å20 Å2
3----2.62 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.71→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15270 0 353 21 15644
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.01915879
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.0215492
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3611.99921553
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.659335590
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.05452057
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.60824.497567
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.322152606
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.2021572
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.22536
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0217662
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.023250
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.9635.2678252
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.9625.2678251
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.5257.89510301
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.5257.89510302
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.1435.8367627
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.1435.8367628
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.6138.56811252
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.97143.30517265
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.97143.30417264
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 3747 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: tight thermal / Weight position: 0.5

Auth asym-IDRms dev position (Å)
A5.59
B5.93
C7.08
D7.14
E5.88
F4.35
G4.29
H5.85
LS精密化 シェル解像度: 2.71→2.777 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.336 257 -
Rwork0.274 4862 -
obs--95.84 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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