PDB-4xtk: Structure of TM1797, a CAS1 protein from Thermotoga maritima

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4xtk

タイトル

Structure of TM1797, a CAS1 protein from Thermotoga maritima

要素

CRISPR-associated endonuclease Cas1

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) /

CAS1 /

DNASE (デオキシリボヌクレアーゼ) / PROKARYOTIC IMMUNE SYSTEM /

STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / PSI-2 /

PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / MIDWEST CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

maintenance of CRISPR repeat elements / DNA endonuclease activity / defense response to virus /

加水分解酵素; エステル加水分解酵素 /

DNA binding /

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Petit, P. / Beloglazova, N. / Skarina, T. / Chang, C. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Savchenko, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure and nuclease activity of tm1797, a cas1 protein from thermotoga maritima
著者: Beloglazova, N. / Skarina, T. / Petit, P. / Flick, R. / Brown, G. / Savchenko, A. / Yakunin, A.F.

履歴

登録	2015年1月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2015年2月11日	ID: 3LFX
改定 1.0	2015年2月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4xtk.cif.gz	1004.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4xtk.ent.gz	840.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4xtk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xt/4xtk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xt/4xtk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2yzsS 3god S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3x16-d 3wxo-d 6mvr-d 4yzs-d 4bhm-d 1fgm-d 3d7t-d 5k4t-1 5k9i-d 4mi4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-APC4937

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#181 - 2015年1月カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR) 類似性 (5)

登録構造単位

A: CRISPR-associated endonuclease Cas1

B: CRISPR-associated endonuclease Cas1

C: CRISPR-associated endonuclease Cas1

D: CRISPR-associated endonuclease Cas1

E: CRISPR-associated endonuclease Cas1

F: CRISPR-associated endonuclease Cas1

G: CRISPR-associated endonuclease Cas1

H: CRISPR-associated endonuclease Cas1

309 kDa, 8 ポリマー
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1

A: CRISPR-associated endonuclease Cas1

E: CRISPR-associated endonuclease Cas1

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77.3 kDa, 2 ポリマー
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2

B: CRISPR-associated endonuclease Cas1

G: CRISPR-associated endonuclease Cas1

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3

C: CRISPR-associated endonuclease Cas1

F: CRISPR-associated endonuclease Cas1

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4

D: CRISPR-associated endonuclease Cas1

H: CRISPR-associated endonuclease Cas1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
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単位格子

Length a, b, c (Å)	92.277, 94.555, 106.390
Angle α, β, γ (deg.)	93.03, 115.06, 102.97
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	CRISPR-associated endonuclease Cas1 分子量: 38659.414 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima (strain ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099) (テルモトガ・マリティマ) 株: ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / 遺伝子: cas1, TM_1797, ThemaDRAFT_1327 / プラスミド: P15-TVL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) 参照: UniProt: Q9X2B7, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

CRISPR-associated endonuclease Cas1

分子量: 38659.414 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Thermotoga maritima (strain ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099) (テルモトガ・マリティマ)
株: ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / 遺伝子: cas1, TM_1797, ThemaDRAFT_1327 / プラスミド: P15-TVL / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)
参照: UniProt: Q9X2B7,

加水分解酵素; エステル加水分解酵素

#2: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 54 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 20% W/V PEG3350, 0.2M MG NITRATE, 0.3M NACL AND 10MM NH4ACETATE PH 4.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月5日
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→19.9 Å / Num. obs: 83703 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.08 / R_sym value: 0.07 / Net I/σ(I): 11.7
反射シェル	解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 97.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: dev_1702)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2YZS

2yzs

解像度: 2.7→19.852 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 24.2 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2302	4200	5.02 %
R_work	0.1835	-	-
obs	0.1859	83692	97.6 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→19.852 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19860	0	0	133	19993

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	20287
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.103	27342
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.397	7514
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	3053
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	3504

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7-2.7306	0.2761	138	0.2308	2641	X-RAY DIFFRACTION	97
2.7306-2.7626	0.2789	132	0.2402	2670	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7626-2.7962	0.2898	145	0.2289	2661	X-RAY DIFFRACTION	97
2.7962-2.8315	0.2885	161	0.223	2588	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8315-2.8687	0.2276	127	0.2164	2691	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8687-2.9079	0.3069	132	0.2261	2611	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9079-2.9493	0.2687	131	0.215	2692	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9493-2.9932	0.3093	135	0.2256	2659	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9932-3.0398	0.2644	135	0.2143	2664	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0398-3.0894	0.2865	146	0.2037	2605	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0894-3.1425	0.2405	136	0.2193	2691	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1425-3.1994	0.284	119	0.2167	2648	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1994-3.2607	0.2907	152	0.2137	2685	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2607-3.3269	0.2447	142	0.2095	2662	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3269-3.3989	0.2603	148	0.2064	2640	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3989-3.4776	0.2385	165	0.1993	2629	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4776-3.5641	0.2675	139	0.1898	2675	X-RAY DIFFRACTION	98
3.5641-3.6599	0.2266	160	0.1828	2634	X-RAY DIFFRACTION	98
3.6599-3.7668	0.2307	149	0.1805	2640	X-RAY DIFFRACTION	98
3.7668-3.8876	0.2235	136	0.1727	2622	X-RAY DIFFRACTION	98
3.8876-4.0254	0.2137	156	0.1699	2660	X-RAY DIFFRACTION	98
4.0254-4.1851	0.2163	149	0.1696	2647	X-RAY DIFFRACTION	98
4.1851-4.3737	0.2028	129	0.1528	2633	X-RAY DIFFRACTION	98
4.3737-4.6015	0.1762	143	0.1523	2680	X-RAY DIFFRACTION	98
4.6015-4.8858	0.1903	152	0.1593	2635	X-RAY DIFFRACTION	98
4.8858-5.2566	0.2298	125	0.1769	2657	X-RAY DIFFRACTION	98
5.2566-5.7737	0.2296	134	0.1835	2647	X-RAY DIFFRACTION	97
5.7737-6.5824	0.2618	127	0.2235	2660	X-RAY DIFFRACTION	97
6.5824-8.1949	0.2293	141	0.1805	2630	X-RAY DIFFRACTION	97
8.1949-19.8526	0.1697	116	0.1404	2635	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.7206	0.8408	-0.2022	5.7264	1.577	5.0235	0.0514	-0.6902	1.047	0.4476	0.0474	0.3345	-1.6362	-0.3813	-0.0683	0.9651	0.0636	0.1122	0.3905	-0.0839	0.6176	-16.1306	1.859	6.4986
2	4.2893	1.5737	0.6844	4.0482	1.8576	4.7397	0.2394	-0.6846	0.5677	0.6331	-0.1236	-0.6585	-0.6416	0.8227	-0.027	0.6071	-0.1707	-0.0958	0.5303	-0.0277	0.635	7.2884	-0.5424	0.2026
3	7.0106	-0.6001	1.749	5.5801	-1.1452	1.4786	-0.1191	-0.1705	-1.0015	-0.2129	-0.0525	-0.9988	1.3131	0.8032	0.1825	0.8708	0.3936	0.0576	0.9055	-0.0027	0.6863	51.0311	-63.0331	25.0243
4	2.5903	-0.1901	0.3884	2.8985	-2.2388	5.4989	-0.0109	-0.6644	-0.3926	0.1657	0.0092	-0.2075	1.0916	0.5797	-0.0802	0.6254	0.1796	-0.008	0.5963	-0.0103	0.4278	31.9956	-57.9343	39.3695
5	3.4091	1.7387	-1.1254	5.9096	1.9923	3.3715	0.3046	0.5315	-1.7537	-0.1787	-0.0579	0.4458	0.9175	-0.2854	-0.1871	0.6712	0.0614	-0.3313	0.4821	-0.1419	1.162	-3.9864	-66.4829	0.3882
6	3.8281	-0.3625	-0.5763	3.2781	1.7243	6.1747	0.3469	1.2645	-0.5795	-0.9916	-0.2599	-0.1097	0.2445	0.2395	-0.1642	0.6363	0.2047	-0.0879	0.7253	-0.1581	0.4786	14.5096	-54.7098	-11.3503
7	3.0535	-1.1548	-0.6181	5.7865	-3.1986	4.7418	-0.1879	0.5388	1.6023	-0.1924	0.0817	-0.3506	-1.35	0.2611	0.0675	0.9766	-0.1803	0.0025	0.5355	0.128	0.8898	-0.5636	14.4829	-50.5852
8	5.0732	-0.3124	1.8176	3.0069	-1.061	4.1795	-0.4598	0.4585	0.841	-0.4419	0.1582	0.2976	-0.5691	-0.5498	0.2891	0.5353	-0.0179	-0.061	0.463	0.0525	0.49	-20.6903	0.3962	-46.5617
9	4.4454	0.9551	-0.7117	8.0116	1.1785	7.3968	-0.0037	-0.9275	-0.3987	1.0325	0.0008	0.1166	0.0228	-0.3859	-0.017	0.4732	0.0447	0.0214	0.4389	0.0569	0.3589	-17.7202	-15.8822	10.264
10	5.4233	0.7399	2.0115	1.836	0.3519	3.3918	-0.033	0.127	-0.4536	0.0032	0.1391	-0.0046	0.3263	-0.4412	-0.0993	0.3639	-0.0357	0.0783	0.3839	0.0464	0.2904	-24.2281	-25.5709	-20.2363
11	7.9308	0.3975	-1.5093	4.3942	0.5273	7.4307	0.3366	0.5027	-0.7908	-0.3217	-0.1468	1.054	0.0823	-1.2039	-0.2032	0.4222	0.07	-0.1842	0.479	0.0005	0.7551	-13.806	-51.4345	2.4859
12	2.5322	-0.2193	0.0694	2.0047	0.0519	6.598	0.1119	-0.8332	0.215	0.2603	0.1216	0.2981	-0.1572	-0.6173	-0.2253	0.2617	0.0068	0.0323	0.5794	-0.0018	0.4485	1.1824	-39.414	28.0712
13	8.9108	1.3011	-1.3006	4.7887	-2.4584	4.6455	0.2858	-0.3247	0.178	0.0591	-0.5237	-0.7985	-0.1847	1.9081	0.32	0.4615	0.1282	0.0359	1.2339	-0.0443	0.7038	57.9513	-46.4619	26.3313
14	1.6957	0.4216	-1.6476	1.5167	-0.8115	6.7221	0.0599	0.1776	0.3056	-0.2114	0.1859	-0.1816	-0.29	0.4462	-0.2525	0.3235	-0.0718	0.1066	0.5442	-0.0522	0.5334	40.2075	-33.3665	2.5587
15	7.148	0.3318	-0.7829	3.9891	-2.0783	5.323	-0.3939	1.5454	0.1029	-1.0445	0.2273	-0.8086	-0.1466	0.7301	0.2423	0.8698	-0.2589	0.2856	0.7468	0.0243	0.7666	8.1939	1.1892	-58.697
16	6.7045	-0.344	2.942	1.3926	-0.4708	3.5503	0.0117	0.1289	-0.0767	0.0235	-0.0334	-0.364	0.071	0.5988	0.0285	0.3837	-0.0059	0.1515	0.5078	-0.0042	0.5531	19.5121	-13.3381	-32.439

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resseq 2:77)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resseq 78:315)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain B and resseq 1:77)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resseq 78:315)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain C and resseq 2:77)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain C and resseq 78:318)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain D and resseq 2:77)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain D and resseq 78:319)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain E and resseq 1:77)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain E and resseq 78:315)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain F and resseq 1:77)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain F and resseq 78:315)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain G and resseq 3:77)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain G and resseq 78:315)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain H and resseq 3:77)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain H and resseq 78:315)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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