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- PDB-4wry: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis uracil-DNA glycos... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wry
タイトルCrystal structure of Mycobacterium tuberculosis uracil-DNA glycosylase in complex with 5-fluorouracil(B), Form I
要素Uracil-DNA glycosylase
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / DNA-repair / Excision repair (DNA修復) / Conformational selection / Ligand binding (リガンド)
機能・相同性
機能・相同性情報


base-excision repair, AP site formation via deaminated base removal / uracil-DNA glycosylase / uracil DNA N-glycosylase activity / 塩基除去修復 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Uracil-DNA glycosylase family 1 / UreE urease accessory protein, C-terminal domain / Uracil DNA glycosylase superfamily / Uracil-DNA glycosylase, active site / Uracil-DNA glycosylase signature. / Uracil-DNA Glycosylase, subunit E / Uracil-DNA glycosylase-like domain / Uracil-DNA glycosylase-like / Uracil DNA glycosylase superfamily / Uracil-DNA glycosylase-like domain superfamily ...Uracil-DNA glycosylase family 1 / UreE urease accessory protein, C-terminal domain / Uracil DNA glycosylase superfamily / Uracil-DNA glycosylase, active site / Uracil-DNA glycosylase signature. / Uracil-DNA Glycosylase, subunit E / Uracil-DNA glycosylase-like domain / Uracil-DNA glycosylase-like / Uracil DNA glycosylase superfamily / Uracil-DNA glycosylase-like domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
クエン酸 / フルオロウラシル / Uracil-DNA glycosylase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.43 Å
データ登録者Arif, S.M. / Geethanandan, K. / Mishra, P. / Surolia, A. / Varshney, U. / Vijayan, M.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: Structural plasticity in Mycobacterium tuberculosis uracil-DNA glycosylase (MtUng) and its functional implications.
著者: Arif, S.M. / Geethanandan, K. / Mishra, P. / Surolia, A. / Varshney, U. / Vijayan, M.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2010
タイトル: Structure of uracil-DNA glycosylase from Mycobacterium tuberculosis: insights into interactions with ligands.
著者: Kaushal, P.S. / Talawar, R.K. / Varshney, U. / Vijayan, M.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2008
タイトル: Unique features of the structure and interactions of mycobacterial uracil-DNA glycosylase: structure of a complex of the Mycobacterium tuberculosis enzyme in comparison with those from other sources.
著者: Kaushal, P.S. / Talawar, R.K. / Krishna, P.D. / Varshney, U. / Vijayan, M.
#3: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2002
タイトル: Domain closure and action of uracil DNA glycosylase (UDG): structures of new crystal forms containing the Escherichia coli enzyme and a comparative study of the known structures involving UDG.
著者: Saikrishnan, K. / Bidya Sagar, M. / Ravishankar, R. / Roy, S. / Purnapatre, K. / Handa, P. / Varshney, U. / Vijayan, M.
#4: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 1998
タイトル: X-ray analysis of a complex of Escherichia coli uracil DNA glycosylase (EcUDG) with a proteinaceous inhibitor. The structure elucidation of a prokaryotic UDG.
著者: Ravishankar, R. / Bidya Sagar, M. / Roy, S. / Purnapatre, K. / Handa, P. / Varshney, U. / Vijayan, M.
履歴
登録2014年10月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月22日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Derived calculations / Other ...Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_status ...entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / software / struct_keywords
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uracil-DNA glycosylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1714
ポリマ－25,8141
非ポリマー3583
水4,053225
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.990, 63.390, 45.230
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.06, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Uracil-DNA glycosylase / / UDG


分子量: 25813.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: ung, Rv2976c, MTCY349.11 / プラスミド: pRSETB MTUUDG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P9WFQ9, uracil-DNA glycosylase
#2: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸 / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#3: 化合物 ChemComp-URF / 5-FLUOROURACIL / 5-FU / フルオロウラシル


分子量: 130.077 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H3FN2O2 / コメント: 薬剤, 化学療法薬*YM
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 225 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.15 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6.5 / 詳細: Sodium citrate tribasic dihydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.43→41.3 Å / Num. obs: 35414 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル解像度: 1.43→1.51 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.294 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 87.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
REFMAC5.8.0049精密化
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3A7N

3a7n


解像度: 1.43→41.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.984 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.973 / SU B: 2.2 / SU ML: 0.038 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.058 / ESU R Free: 0.057 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.15779 1762 5 %RANDOM
Rwork0.10843 ---
obs0.11088 33631 97.68 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.986 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.69 Å2-0 Å20.86 Å2
2---0.82 Å2-0 Å2
3---0.53 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.43→41.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1711 0 23 225 1959
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0191874
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021758
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9741.9812579
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.03334032
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1945243
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.5521.92378
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.51615262
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.4181520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1320.2276
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0212199
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02441
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.6991.775954
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.6961.774953
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.0782.6811203
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.0772.6821204
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.6912.121920
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.6932.121919
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.1113.0471377
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.24116.3842318
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.82115.5752203
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr5.27633632
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free38.288566
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded11.5153737
LS精密化 シェル解像度: 1.43→1.467 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.219 115 -
Rwork0.2 2058 -
obs--80.93 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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