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万見
- PDB-4wit: TMEM16 lipid scramblase in crystal form 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wit
タイトルTMEM16 lipid scramblase in crystal form 2
要素Predicted proteinタンパク質構造予測
キーワードLIPID TRANSPORT / membrane protein (膜タンパク質) / calcium activation / transport protein (運搬体タンパク質)
機能・相同性: / Alpha-beta plait domain in TMEM16 lipid scramblase / Anoctamin / : / Calcium-activated chloride channel / 生体膜 / identical protein binding / metal ion binding / Plasma membrane channel protein
機能・相同性情報
生物種Nectria haematococca (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Dutzler, R. / Brunner, J.D. / Lim, N.K. / Schenck, S.
資金援助 スイス, 2件
組織認可番号国
European Research Council339116-AnoBest スイス
SNSFNCCR TransCure スイス
引用ジャーナル: Nature / 年: 2014
タイトル: X-ray structure of a calcium-activated TMEM16 lipid scramblase.
著者: Brunner, J.D. / Lim, N.K. / Schenck, S. / Duerst, A. / Dutzler, R.
履歴
登録2014年9月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年11月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年11月19日Group: Database references
改定 1.22014年12月17日Group: Database references
改定 1.32024年5月8日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_audit_support / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Predicted protein
B: Predicted protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)166,5606
ポリマ－166,4002
非ポリマー1604
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9760 Å2
ΔGint-101 kcal/mol
Surface area63570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.940, 127.240, 180.110
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Predicted protein / タンパク質構造予測


分子量: 83200.008 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nectria haematococca (菌類) / 株: 77-13-4 / ATCC MYA-4622 / FGSC 9596 / MPVI / 遺伝子: NECHADRAFT_66456 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: C7Z7K1
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.19 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 21-23% PEG400, 50 mM HEPES pH 7.4, 100 mM Ammonium sulfate
PH範囲: 7.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→50 Å / Num. obs: 36952 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 20
反射 シェル解像度: 3.4→3.5 Å / 冗長度: 8.6 % / Rmerge(I) obs: 1.47 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 87.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: dev_1760)精密化
XDSデータ削減
SHELX位相決定
SHARP位相決定
直接法位相決定
Oモデル構築
Cootモデル構築
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.4→14.997 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 35.16 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2917 1596 4.38 %
Rwork0.2477 --
obs0.2498 36451 98.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→14.997 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10570 0 4 0 10574
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00210846
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.69914716
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.163892
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0261618
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031864
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.4001-3.50850.3292610.32672880X-RAY DIFFRACTION89
3.5085-3.63220.3529940.30923216X-RAY DIFFRACTION100
3.6322-3.77540.38011320.30443164X-RAY DIFFRACTION100
3.7754-3.94430.37911570.29013141X-RAY DIFFRACTION100
3.9443-4.1480.35711520.27563166X-RAY DIFFRACTION100
4.148-4.40170.31011450.25383180X-RAY DIFFRACTION100
4.4017-4.73170.28321600.22583181X-RAY DIFFRACTION100
4.7317-5.18980.27341810.22113167X-RAY DIFFRACTION100
5.1898-5.90040.30331660.24813201X-RAY DIFFRACTION100
5.9004-7.2890.33621620.2763247X-RAY DIFFRACTION100
7.289-14.9970.23991860.21563312X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.68611.8099-0.65156.35860.16075.0438-1.07950.37410.0693-1.27280.60840.28390.389-0.41920.31531.5885-0.23890.07551.5505-0.15141.12118.792714.634-27.0853
24.83110.19861.29272.8014-0.09415.7452-0.68191.4958-0.9678-0.7560.7135-0.79070.05851.0802-0.10390.8977-0.04920.32180.8639-0.05921.22132.622611.2085-11.1362
34.05080.71840.51633.0034-0.28063.1326-0.03810.0607-0.4822-0.26980.063-0.24950.4154-0.41040.01260.59020.0020.02640.57930.02050.748118.83238.71847.8253
42.15570.6853-0.61413.6767-1.46884.9097-0.1556-0.009-0.7726-0.4227-0.0225-0.84811.5848-0.12560.06151.02720.05520.10910.6522-0.05881.271227.2992-4.80866.1159
51.19790.9359-0.12543.796-0.02811.033-0.1012-0.0750.2885-0.17690.1183-0.1375-0.3975-0.1662-0.06150.85960.1077-0.0690.98170.07251.234.195546.9879.3132
62.33221.4509-0.09924.4093-1.87382.0283-0.20030.09891.18690.27960.31410.6551-0.6744-0.3904-0.39560.82550.1573-0.06180.7631-0.00651.283524.674258.464613.2193
72.0915-0.0237-0.59433.02490.10693.11030.1901-0.49090.27470.6499-0.2214-0.0918-0.5925-0.0539-0.2220.798-0.0432-0.03440.8455-0.04610.867629.537746.837934.1136
80.27850.08780.30222.28241.52983.8036-0.12680.1589-0.0603-0.6839-0.1001-0.06440.5235-0.40360.1891.094-0.18440.08551.23670.13181.133719.005522.5713-6.0224
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 19 through 103 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 104 through 211 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 212 through 391 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 392 through 558 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 559 through 719 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 19 through 245 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 246 through 558 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 559 through 719 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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