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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4v8b | |||||||||
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タイトル | Crystal structure analysis of ribosomal decoding (near-cognate tRNA-leu complex). | |||||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME (リボソーム) / RNA (リボ核酸) / tRNA (転移RNA) / translation (翻訳 (生物学)) / mRNA (伝令RNA) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 large ribosomal subunit / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / transferase activity / tRNA binding / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / ribonucleoprotein complex ...large ribosomal subunit / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / transferase activity / tRNA binding / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å | |||||||||
データ登録者 | Jenner, L. / Demeshkina, N. / Yusupov, M. / Yusupova, G. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2012 タイトル: A new understanding of the decoding principle on the ribosome. 著者: Demeshkina, N. / Jenner, L. / Westhof, E. / Yusupov, M. / Yusupova, G. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4v8b.cif.gz | 7.5 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4v8b.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 4v8b.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v8/4v8b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v8/4v8b | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-RNA鎖 , 6種, 14分子 AACAABCBACADCCCDA1C1BADABBDB
#1: RNA鎖 | 分子量: 489002.531 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: GenBank: AP008226.1 #22: RNA鎖 | 分子量: 28094.645 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: GenBank: AP012306.1 #23: RNA鎖 | 分子量: 24801.801 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: GenBank: AP012306.1 #24: RNA鎖 | 分子量: 3078.780 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic construct / 参照: GenBank: AP012306.1 #25: RNA鎖 | 分子量: 947013.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: GenBank: AP008226.1 #26: RNA鎖 | 分子量: 39540.617 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: GenBank: AP008226.1 |
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-30S RIBOSOMAL PROTEIN ... , 20種, 40分子 AECEAFCFAGCGAHCHAICIAJCJAKCKALCLAMCMANCNAOCOAPCPAQCQARCRASCS...
#2: タンパク質 | 分子量: 29317.703 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: P80371 #3: タンパク質 | 分子量: 26751.076 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: P80372 #4: タンパク質 | 分子量: 24242.254 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: P80373 #5: タンパク質 | 分子量: 17583.416 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHQ5 #6: タンパク質 | 分子量: 11988.753 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SLP8 #7: タンパク質 | 分子量: 18050.973 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: P17291 #8: タンパク質 | 分子量: 15868.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHQ2, UniProt: A0A0M9AFS9*PLUS #9: タンパク質 | 分子量: 14410.614 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: P80374 #10: タンパク質 | 分子量: 11954.968 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHN7 #11: タンパク質 | 分子量: 13737.868 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: P80376 #12: タンパク質 | 分子量: 14637.384 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHN3 #13: タンパク質 | 分子量: 14338.861 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: P80377 #14: タンパク質 | 分子量: 7158.725 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHQ1, UniProt: A0A0N0BLP2*PLUS #15: タンパク質 | 分子量: 10578.407 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SJ76 #16: タンパク質 | 分子量: 10409.983 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SJH3 #17: タンパク質 | 分子量: 12325.655 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHP7, UniProt: A0A0N0BLS5*PLUS #18: タンパク質 | 分子量: 10258.299 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SLQ0 #19: タンパク質 | 分子量: 10605.464 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHP2 #20: タンパク質 | 分子量: 11736.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: P80380 #21: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3350.030 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SIH3 |
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+50S ribosomal protein ... , 28種, 56分子 BDDDBEDEBFDFBGDGBHDHBKDKBMDMBNDNBODOBPDPB0D0BQDQBRDRB1D1B2D2...
-非ポリマー , 2種, 1700分子
#55: 化合物 | ChemComp-MG / #56: 化合物 | ChemComp-ZN / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 4% PEG20K, 4% PEGMME 550, 100mM Tris/HAc, 200mM KSCN, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年5月11日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3→300 Å / Num. all: 1160833 / Num. obs: 1160178 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 85.077 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.246 / Net I/σ(I): 15.08 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→153.53 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8018 / SU ML: 0.73 / σ(F): 0 / 位相誤差: 27.12 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 33.279 Å2 / ksol: 0.241 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 243.96 Å2 / Biso mean: 111.0387 Å2 / Biso min: 25.92 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→153.53 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13
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