PDB-4tv8: Tubulin-Maytansine complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4tv8

タイトル

Tubulin-Maytansine complex

要素

Stathmin-4スタスミン
Tubulin alpha-1B chain
Tubulin beta-2B chain
Tubulin-Tyrosine LigaseTubulin—tyrosine ligase

キーワード

CELL CYCLE (細胞周期) /

CYTOSKELETON (細胞骨格) / TUBULIN FOLD /

MICROTUBULE (微小管)

機能・相同性

機能・相同性情報

tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / cytoplasmic microtubule / microtubule-based process / cellular response to interleukin-4 /

tubulin binding / spindle microtubule /

加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

Gallus gallus (ニワトリ)

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.103 Å

データ登録者

Prota, A.E. / Bargsten, K. / Diaz, J.F. / Marsh, M. / Cuevas, C. / Liniger, M. / Neuhaus, C. / Andreu, J.M. / Altmann, K.H. / Steinmetz, M.O.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: A new tubulin-binding site and pharmacophore for microtubule-destabilizing anticancer drugs.
著者: Prota, A.E. / Bargsten, K. / Diaz, J.F. / Marsh, M. / Cuevas, C. / Liniger, M. / Neuhaus, C. / Andreu, J.M. / Altmann, K.H. / Steinmetz, M.O.

履歴

登録	2014年6月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年8月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年10月1日	Group: Database references
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4tv8.cif.gz	912.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4tv8.ent.gz	752.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4tv8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/4tv8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/4tv8	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4tuyC 4tv9C 4i4tS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5osk-d 5yls-d 6agk-d 5xkg-d 5yz3-d 5lyj-d 4i4t-d 6k9v-d 5xi5-d 5xi7-d 5ezy-d 6lsm-d 5xp3-d 6br1-d 6o5n-d 5m8d-d 6pc4-d 6fkl-d 5ylj-d 4yj2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (28) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (19) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (19) #118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#175 - 2014年7月
微小管 (Microtubules)
類似性 (28)
#176 - 2014年8月
ダイニン (Dynein)
類似性 (19)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (19)
#118 - 2009年10月
ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Tubulin alpha-1B chain

B: Tubulin beta-2B chain

C: Tubulin alpha-1B chain

D: Tubulin beta-2B chain

E: Stathmin-4

F: Tubulin-Tyrosine Ligase

ヘテロ分子

265 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.860, 155.570, 180.620
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

#1: タンパク質	Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain / tubulin alpha chain 分子量: 50204.445 Da / 分子数: 2 / 断片: STATHMIN-LIKE DOMAIN / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P81947
#2: タンパク質	Tubulin beta-2B chain / Tubulin beta chain 分子量: 49999.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q6B856
#3: タンパク質	Stathmin-4 / スタスミン / Stathmin-like protein B3 / RB3 分子量: 16844.162 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Residues 49-189 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stmn4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63043
#4: タンパク質	Tubulin-Tyrosine Ligase / Tubulin—tyrosine ligase 分子量: 44378.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1BQ43

-
非ポリマー , 9種, 688分子

#5: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / グアノシン三リン酸分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#9: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / グアノシン二リン酸タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#10: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸 / MES (緩衝剤) 分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#11: 化合物	ChemComp-3GT / (3beta,4beta,5beta,10beta,11E,13E)-maytansine / Maitansine 分子量: 692.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₃₄H₄₆ClN₃O₁₀
#12: 化合物	ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP 分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₈N₅O₁₂P₃ コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#13: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 671 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.89 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.7 詳細: 6% PEG, 16% glycerol, 30 mM magnesium chloride, 30 mM calcium chloride, 0.1M MES/0.1M imidazole

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月5日
放射	モノクロメーター: LN2 cooled fixed-exit Si(III) Monochromator, sagittally-horizontally focussed プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→62.5 Å / Num. all: 169576 / Num. obs: 169427 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 13.4 % / R_merge(I) obs: 0.139 / Net I/σ(I): 14.2
反射シェル	解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 12.1 % / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / % possible all: 94.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4i4t

4i4t

解像度: 2.103→62.423 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.8 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2185	8415	4.97 %
R_work	0.1894	-	-
obs	0.1909	169427	99.78 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.103→62.423 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17257	0	231	671	18159

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	18049
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.664	24516
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.827	6733
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.027	2684
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	3178

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.103-2.1269	0.4228	269	0.4364	5030	X-RAY DIFFRACTION	94
2.1269-2.1519	0.4006	257	0.3718	5306	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1519-2.1782	0.3539	280	0.3609	5303	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1782-2.2057	0.3554	276	0.3417	5335	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2057-2.2348	0.3465	257	0.3311	5358	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2348-2.2654	0.3518	273	0.3222	5307	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2654-2.2978	0.3439	266	0.3056	5352	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2978-2.3321	0.2865	270	0.2873	5325	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3321-2.3685	0.3029	304	0.2831	5367	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3685-2.4073	0.3411	268	0.2758	5330	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4073-2.4488	0.3247	278	0.2621	5316	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4488-2.4934	0.2918	297	0.2576	5319	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4934-2.5413	0.3086	282	0.2492	5361	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5413-2.5932	0.2557	271	0.2268	5379	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5932-2.6496	0.2827	291	0.2252	5307	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6496-2.7112	0.2431	271	0.2198	5375	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7112-2.779	0.2417	288	0.2126	5336	X-RAY DIFFRACTION	100
2.779-2.8542	0.2565	288	0.2062	5352	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8542-2.9381	0.2594	286	0.1987	5352	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9381-3.033	0.2373	270	0.1948	5370	X-RAY DIFFRACTION	100
3.033-3.1414	0.2312	290	0.1864	5361	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1414-3.2672	0.199	286	0.1801	5376	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2672-3.4158	0.2142	281	0.1748	5411	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4158-3.5959	0.2125	283	0.1708	5409	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5959-3.8212	0.1753	279	0.1616	5407	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8212-4.1162	0.185	290	0.1532	5424	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1162-4.5303	0.1756	286	0.1466	5427	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5303-5.1855	0.1739	289	0.143	5491	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1855-6.5321	0.1978	288	0.1775	5505	X-RAY DIFFRACTION	100
6.5321-62.4502	0.1825	301	0.1684	5721	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4829	-0.1327	-0.3415	3.5195	1.3923	2.5409	0.0043	0.1128	0.2238	-0.5361	0.2878	-0.3	-0.7732	0.3912	-0.2571	0.6504	-0.1426	0.1128	0.5469	-0.1405	0.4721	31.5994	87.2085	52.0158
2	1.2776	-0.2978	-0.6501	2.838	0.7807	2.7081	0.0638	-0.0185	0.0592	0.3295	0.0185	0.1373	-0.1519	0.0922	-0.0641	0.4556	0.0076	0.0429	0.4248	-0.1013	0.4308	20.0163	80.6663	66.0051
3	0.6745	-0.386	0.2806	4.4437	2.0598	3.0389	-0.0473	-0.1056	0.1284	0.5752	0.024	0.157	-0.1152	0.0303	0.0153	0.5311	-0.0271	0.1234	0.4435	-0.0859	0.4646	18.9324	81.8558	73.533
4	1.4275	-0.0048	0.8136	2.4461	1.7955	3.8551	-0.0499	0.0516	-0.1931	0.4952	0.4291	-0.3717	0.5823	0.7333	-0.3493	0.5	0.1353	-0.0683	0.5406	-0.1541	0.5582	32.9425	60.7104	60.5178
5	1.9285	0.989	1.4277	2.8402	2.9438	3.1828	0.0827	-0.916	-0.2338	0.7175	-0.1314	0.2129	-0.3171	-0.0373	0.032	1.5763	-0.0088	0.1647	1.1039	-0.1378	1.3599	24.6329	63.3236	85.5997
6	3.3892	-1.7638	-0.7821	5.2804	0.6952	3.419	0.1452	0.1512	0.6108	-0.4228	-0.1575	0.1685	-0.8167	-0.2003	0.0547	0.5866	0.0635	-0.0113	0.5063	-0.0202	0.5847	16.2127	69.3303	19.4682
7	1.461	0.0372	-0.8966	3.9689	0.8615	2.1026	-0.0053	0.2657	-0.0317	-0.5574	0.1547	-0.2106	-0.4121	0.2606	-0.1514	0.4189	-0.0592	0.0113	0.5605	-0.0804	0.3814	29.0714	55.6647	14.4991
8	2.1824	0.715	-0.0025	3.4949	1.346	2.8166	-0.0036	-0.1159	-0.0554	-0.0464	0.0456	-0.1697	-0.1283	0.1614	-0.0106	0.2572	0.0157	0.0169	0.4002	-0.1081	0.3757	24.4179	52.3979	25.967
9	5.5459	-1.2872	0.3353	2.1174	-0.7803	2.7493	-0.1986	-0.5265	0.1302	-0.0586	-0.2102	0.7181	0.3166	-1.0419	0.3579	0.4077	-0.0829	0.0605	0.7127	-0.2609	0.579	5.3992	50.0669	28.1471
10	0.7645	-0.8993	-0.9839	1.9574	1.4663	2.9101	0.0073	-0.0311	0.0566	-0.1533	-0.0675	0.1412	-0.4184	-0.5012	0.1053	0.3954	0.0388	0.0165	0.4676	-0.1225	0.468	9.5964	61.0339	35.2121
11	2.3042	-0.7865	0.588	2.4594	0.2228	3.3963	-0.1851	-0.1982	0.0656	0.3147	-0.0426	0.3509	-0.1443	-0.957	0.2105	0.4834	0.0608	0.0618	0.654	-0.1586	0.5324	6.493	59.8769	44.7263
12	0.5377	-0.8284	-0.3178	2.2974	2.3054	2.9326	-0.016	-0.0633	-0.1527	0.3876	-0.2056	0.635	0.3374	-0.2542	0.2841	0.4161	-0.027	0.0606	0.4055	-0.084	0.4753	15.4116	41.3535	33.9923
13	0.7303	0.3428	-0.6532	2.7226	2.377	6.746	0.0224	-0.16	-0.1966	0.5616	0.085	-0.1315	0.7227	0.6141	-0.1529	0.4332	0.0337	-0.055	0.4358	-0.0349	0.4619	25.6578	37.3019	30.9128
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21	0.4375	-0.3371	-0.5569	1.5789	1.751	2.3761	-0.0559	-0.0779	0.0129	0.3003	0.3911	-0.4013	0.4505	0.5801	-0.4572	0.487	0.0825	0.0382	0.7206	-0.193	0.7025	42.8692	28.1093	5.0358
22	3.1268	1.1521	-2.162	3.8323	-0.111	3.3612	-0.5494	0.502	-0.6095	-0.2362	0.164	0.0398	1.2084	-0.5825	0.3097	1.0308	-0.1403	0.1621	0.5919	-0.1468	0.6285	6.2095	53.3956	69.7203
23	1.8187	-0.3816	-0.3805	2.4692	-0.5868	3.3204	-0.2427	-0.9341	-0.7301	0.4979	-0.28	-0.8523	0.5341	1.6672	0.3956	0.9344	0.2036	-0.0435	1.3429	0.3187	0.947	15.7753	56.1312	105.3874
24	2.7387	0.5963	-1.7434	1.2536	-0.0793	2.2765	-0.5416	-0.0662	-0.7192	0.1096	0.2519	-0.04	0.9675	-0.2069	-0.0319	0.9688	0.0271	0.1926	0.4519	0.0802	0.6728	-1.8281	52.68	93.0601

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 1:180)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 181:311)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 312:401)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 402:436)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 437:439)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resseq 1:88)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resseq 89:127)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resseq 128:197)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resseq 198:223)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resseq 224:295)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resseq 296:373)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resseq 374:401)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resseq 402:438)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resseq 1:197)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resseq 198:440)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resseq 1:88)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resseq 89:295)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resseq 296:401)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resseq 402:441)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'E' and (resseq 6:46)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'E' and (resseq 47:141)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'F' and (resseq 1:66)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'F' and (resseq 67:198)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'F' and (resseq 199:380)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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