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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4rq1 | ||||||
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タイトル | Human DNA Polymerase Beta With Gapped DNA Containing an 8-oxo-7,8-dihydro-Guanine(8-oxoG) and dCTP soaked with MgCl2 for 1hr | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE/DNA / X-family / pol beta / TRANSFERASE-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Resolution of AP sites via the single-nucleotide replacement pathway / immunoglobulin heavy chain V-D-J recombination / Resolution of AP sites via the multiple-nucleotide patch replacement pathway / Abasic sugar-phosphate removal via the single-nucleotide replacement pathway / APEX1-Independent Resolution of AP Sites via the Single Nucleotide Replacement Pathway / 付加脱離酵素(リアーゼ); 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ / homeostasis of number of cells / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / PCNA-Dependent Long Patch Base Excision Repair / POLB-Dependent Long Patch Base Excision Repair ...Resolution of AP sites via the single-nucleotide replacement pathway / immunoglobulin heavy chain V-D-J recombination / Resolution of AP sites via the multiple-nucleotide patch replacement pathway / Abasic sugar-phosphate removal via the single-nucleotide replacement pathway / APEX1-Independent Resolution of AP Sites via the Single Nucleotide Replacement Pathway / 付加脱離酵素(リアーゼ); 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ / homeostasis of number of cells / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / PCNA-Dependent Long Patch Base Excision Repair / POLB-Dependent Long Patch Base Excision Repair / pyrimidine dimer repair / response to hyperoxia / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / lymph node development / salivary gland morphogenesis / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / base-excision repair, gap-filling / spleen development / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / spindle microtubule / response to gamma radiation / 塩基除去修復 / DNA-templated DNA replication / double-strand break repair via nonhomologous end joining / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / microtubule binding / neuron apoptotic process / response to ethanol / in utero embryonic development / 微小管 / damaged DNA binding / DNAポリメラーゼ / DNA-directed DNA polymerase activity / lyase activity / Ub-specific processing proteases / 炎症 / DNA修復 / DNA damage response / enzyme binding / protein-containing complex / 核質 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Vyas, R. / Suo, Z. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2015 タイトル: Viewing Human DNA Polymerase beta Faithfully and Unfaithfully Bypass an Oxidative Lesion by Time-Dependent Crystallography. 著者: Vyas, R. / Reed, A.J. / Tokarsky, E.J. / Suo, Z. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4rq1.cif.gz | 101.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4rq1.ent.gz | 73.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4rq1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rq/4rq1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rq/4rq1 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4rpxC 4rpyC 4rpzC 4rq0C 4rq2C 4rq3C 4rq4C 4rq5C 4rq6C 4rq7C 4rq8C 3rjeS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 39258.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POL B, POLB / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P06746, DNAポリメラーゼ, 付加脱離酵素(リアーゼ); 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ |
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-DNA鎖 , 3種, 3分子 DPT
#2: DNA鎖 | 分子量: 1536.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#3: DNA鎖 | 分子量: 3350.185 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
#4: DNA鎖 | 分子量: 4885.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-非ポリマー , 3種, 13分子
#5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-ACT / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.22 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 50 MM IMIDAZOLE, 350 MM SODIUM Acetate, 17% PEG3350, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 193 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97931 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97931 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→52.34 Å / Num. obs: 11818 / % possible obs: 92.9 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 8.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.83 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.426 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 4686 / % possible all: 92.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 3RJE 解像度: 2.7→45.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.87 / SU B: 18.81 / SU ML: 0.374 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.43 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 60.551 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→45.63 Å
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拘束条件 |
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