PDB-4rbn: The crystal structure of Nitrosomonas europaea sucrose synthase: ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4rbn

タイトル

The crystal structure of Nitrosomonas europaea sucrose synthase: Insights into the evolutionary origin of sucrose metabolism in prokaryotes

要素

Sucrose synthase:Glycosyl transferases group 1

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) /

Sucrose Synthase (スクロースシンターゼ) /

Rossmann Fold (ロスマンフォールド) /

glucosyltransferase / NDP-glucose / D-fructose / NDP /

Sucrose (スクロース) /

cytosol (細胞質基質)

機能・相同性

機能・相同性情報

スクロースシンターゼ /

sucrose synthase activity / sucrose metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Nitrosomonas europaea (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.05 Å

データ登録者

Wu, R. / Asencion Diez, M.D. / Figueroa, C.M. / Machtey, M. / Iglesias, A.A. / Ballicora, M.A. / Liu, D.

引用

ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2015
タイトル: The Crystal Structure of Nitrosomonas europaea Sucrose Synthase Reveals Critical Conformational Changes and Insights into Sucrose Metabolism in Prokaryotes.
著者: Wu, R. / Asencion Diez, M.D. / Figueroa, C.M. / Machtey, M. / Iglesias, A.A. / Ballicora, M.A. / Liu, D.

履歴

登録	2014年9月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年7月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年8月26日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4rbn.cif.gz	1.2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4rbn.ent.gz	1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4rbn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rb/4rbn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rb/4rbn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3s28-1 3s27-1 3s27-2 3s28-2 5ysr-1 2xky-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Sucrose synthase:Glycosyl transferases group 1

C: Sucrose synthase:Glycosyl transferases group 1

B: Sucrose synthase:Glycosyl transferases group 1

D: Sucrose synthase:Glycosyl transferases group 1

364 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	236.899, 236.899, 213.442
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

#1: タンパク質	Sucrose synthase:Glycosyl transferases group 1 分子量: 90968.320 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Nitrosomonas europaea (バクテリア) 遺伝子: ss2, NE1214 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q820M5, スクロースシンターゼ
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 205 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 74.11 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.6 詳細: 5% Tacsimate pH 5.0, 5% (w/v) PEG 3350, and 0.1 M sodium citrate pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.008 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.008 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.05→72.883 Å / Num. obs: 126170 / % possible obs: 97.9 %
反射シェル	最高解像度: 3.05 Å / % possible all: 97.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.05→68.387 Å / SU ML: 0.4 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.6 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2282	6336	5.02 %
R_work	0.176	-	-
obs	0.1786	126123	97.77 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.05→68.387 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	25390	0	0	205	25595

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	25989
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.537	35229
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.437	9645
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.11	3825
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	4616

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.05-3.0847	0.3661	219	0.2933	4015	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0847-3.121	0.336	211	0.2711	4033	X-RAY DIFFRACTION	99
3.121-3.1591	0.3259	204	0.2609	4027	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1591-3.199	0.324	189	0.2553	4037	X-RAY DIFFRACTION	99
3.199-3.2411	0.3246	212	0.2532	3990	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2411-3.2855	0.2999	217	0.2501	4044	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2855-3.3325	0.339	192	0.2437	4022	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3325-3.3822	0.2618	198	0.2293	4028	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3822-3.4351	0.2738	228	0.2161	4010	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4351-3.4914	0.2585	238	0.205	3958	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4914-3.5516	0.2966	196	0.2077	4000	X-RAY DIFFRACTION	98
3.5516-3.6162	0.2773	253	0.2011	3986	X-RAY DIFFRACTION	98
3.6162-3.6857	0.2428	207	0.185	3989	X-RAY DIFFRACTION	98
3.6857-3.7609	0.2164	223	0.1732	4026	X-RAY DIFFRACTION	98
3.7609-3.8427	0.2373	217	0.169	3965	X-RAY DIFFRACTION	98
3.8427-3.9321	0.2487	230	0.1752	3985	X-RAY DIFFRACTION	98
3.9321-4.0304	0.2202	197	0.16	4017	X-RAY DIFFRACTION	98
4.0304-4.1394	0.1986	205	0.1535	4004	X-RAY DIFFRACTION	98
4.1394-4.2611	0.2026	227	0.1488	3946	X-RAY DIFFRACTION	98
4.2611-4.3987	0.2106	213	0.149	4003	X-RAY DIFFRACTION	98
4.3987-4.5558	0.1937	196	0.148	4040	X-RAY DIFFRACTION	98
4.5558-4.7382	0.2152	201	0.1446	3974	X-RAY DIFFRACTION	98
4.7382-4.9538	0.1844	209	0.141	3937	X-RAY DIFFRACTION	97
4.9538-5.2149	0.1859	215	0.1415	3972	X-RAY DIFFRACTION	97
5.2149-5.5415	0.2177	175	0.1485	3981	X-RAY DIFFRACTION	97
5.5415-5.9691	0.2015	198	0.1635	3950	X-RAY DIFFRACTION	96
5.9691-6.5694	0.2413	212	0.1762	3964	X-RAY DIFFRACTION	97
6.5694-7.5189	0.2072	210	0.1627	3957	X-RAY DIFFRACTION	97
7.5189-9.4691	0.1627	219	0.1406	3976	X-RAY DIFFRACTION	97
9.4691-68.404	0.1937	225	0.1731	3951	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1309	-0.0355	0.0069	0.0992	0.0016	0.1506	0.0577	-0.0489	0.1067	-0.0151	0.0151	0.0565	0.0995	-0.1835	0.2276	-0.2299	-0.0958	-0.1138	0.1371	-0.0974	0.0936	-35.5993	95.7354	-25.9995
2	0.0617	-0.0029	-0.0092	0.1077	0.0169	0.0059	-0.0472	0.0292	-0.0201	0.2783	-0.1345	0.2382	0.157	-0.1144	-0.1796	0.1324	-0.292	0.1969	0.2677	-0.118	0.1665	-49.4538	87.7537	-9.1623
3	0.1121	-0.0395	-0.0236	0.0454	0.0063	0.0632	0.0679	-0.174	0.0299	0.0801	0.0734	-0.0351	0.0301	0.1268	0.2331	-0.0736	-0.0027	-0.2876	0.1509	-0.0618	0.0765	9.4412	99.1363	-2.685
4	0.0334	-0.0221	0.0385	0.0676	-0.0318	0.0476	-0.0666	-0.0409	0.0883	0.2127	0.0511	0.0057	-0.0662	0.0406	0.0049	0.1481	0.0854	-0.1994	0.2911	-0.2356	-0.0036	5.0716	107.6014	18.6032
5	0.1251	-0.0261	0.0173	0.1507	-0.0172	0.1377	0.0699	-0.0057	0.0919	0.0149	0.0183	-0.1417	0.0845	0.2022	0.2187	-0.1446	0.0205	-0.0219	0.1893	0.1307	0.1685	27.8555	97.5485	-39.8488
6	0.0526	-0.0022	0.0154	0.0503	-0.0111	0.0157	-0.0255	-0.0267	0.0016	-0.1759	-0.1106	-0.1755	0.1081	0.0701	-0.1575	0.1066	0.1804	0.1219	0.2838	0.1732	0.2083	42.8147	89.7254	-56.1806
7	0.1245	0.06	0.0191	0.0272	-0.0086	0.068	-0.0133	0.2568	0.0542	-0.0909	0.0764	-0.0156	0.0294	-0.1061	0.0821	0.0007	-0.0524	-0.1587	0.2378	0.0894	0.1103	-17.1689	97.1264	-63.3761
8	0.0324	0.0235	0.0314	-0.0092	0.0097	0.0386	-0.0526	0.0066	0.054	-0.088	-0.003	-0.0242	-0.0296	0.0156	-0.0639	0.147	-0.1738	-0.1844	0.3665	0.1796	0.0092	-13.695	105.0982	-86.9987

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 4 through 483 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 484 through 792 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'C' and (resid 4 through 483 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'C' and (resid 484 through 792 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 4 through 483 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 484 through 792 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'D' and (resid 4 through 522 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'D' and (resid 523 through 792 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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