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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4os0 | ||||||
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タイトル | Three-dimensional structure of the C65A-W54F double mutant of Human lipocalin-type Prostaglandin D Synthase apo-form | ||||||
要素 | Prostaglandin-H2 D-isomerase | ||||||
キーワード | ISOMERASE (異性化酵素) / LIPOCALIN-TYPE PROSTAGLANDIN-D SYNTHASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 プロスタグランジン-Dシンターゼ / Transcriptional regulation of testis differentiation / prostaglandin-D synthase activity / negative regulation of male germ cell proliferation / regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / cyclooxygenase pathway / retinoid binding / prostaglandin biosynthetic process / mast cell degranulation ...プロスタグランジン-Dシンターゼ / Transcriptional regulation of testis differentiation / prostaglandin-D synthase activity / negative regulation of male germ cell proliferation / regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / cyclooxygenase pathway / retinoid binding / prostaglandin biosynthetic process / mast cell degranulation / 小胞体 / response to glucocorticoid / fatty acid binding / 遺伝子発現 / 核膜 / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / ゴルジ体 / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.75 Å | ||||||
データ登録者 | Perduca, M. / Bovi, M. / Bertinelli, M. / Bertini, E. / Destefanis, L. / Carrizo, M.E. / Capaldi, S. / Monaco, H.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014 タイトル: High-resolution structures of mutants of residues that affect access to the ligand-binding cavity of human lipocalin-type prostaglandin D synthase. 著者: Perduca, M. / Bovi, M. / Bertinelli, M. / Bertini, E. / Destefanis, L. / Carrizo, M.E. / Capaldi, S. / Monaco, H.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4os0.cif.gz | 137.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4os0.ent.gz | 113.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4os0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/os/4os0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/os/4os0 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20978.680 Da / 分子数: 2 / 変異: C65A, W54F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTGDS, PDS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P41222, プロスタグランジン-Dシンターゼ #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.84 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 02.M Na/K Tartrate, 0.1M Na acetate, 2.0M Ammonium sulphate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.98 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年1月30日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→45.04 Å / Num. all: 30525 / Num. obs: 29286 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 10 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.85 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.352 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 95 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.75→45.036 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 26.48 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→45.036 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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