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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4o0t | ||||||
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タイトル | Back pocket flexibility provides group-II PAK selectivity for type 1 kinase inhibitors | ||||||
要素 | Serine/threonine-protein kinase PAK 1 | ||||||
キーワード | transferase/transferase inhibitor / PAK1 (PAK1) / transferase-transferase inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of cell proliferation involved in contact inhibition / protein localization to cytoplasmic stress granule / positive regulation of microtubule nucleation / hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / RHO GTPases Activate ROCKs / gamma-tubulin binding / Activation of RAC1 / CD28 dependent Vav1 pathway / Ephrin signaling / positive regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway ...negative regulation of cell proliferation involved in contact inhibition / protein localization to cytoplasmic stress granule / positive regulation of microtubule nucleation / hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / RHO GTPases Activate ROCKs / gamma-tubulin binding / Activation of RAC1 / CD28 dependent Vav1 pathway / Ephrin signaling / positive regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / RHOV GTPase cycle / DSCAM interactions / regulation of axonogenesis / branching morphogenesis of an epithelial tube / Fc-gamma receptor signaling pathway involved in phagocytosis / RHOJ GTPase cycle / エキソサイトーシス / RHOQ GTPase cycle / RHO GTPases activate PAKs / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / regulation of MAPK cascade / RHOH GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / RHOU GTPase cycle / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / Generation of second messenger molecules / 介在板 / Smooth Muscle Contraction / ephrin receptor signaling pathway / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / localization / RHO GTPases activate PKNs / positive regulation of JUN kinase activity / positive regulation of microtubule polymerization / positive regulation of stress fiber assembly / ruffle / EPHB-mediated forward signaling / RAC1 GTPase cycle / collagen binding / CD209 (DC-SIGN) signaling / neuron projection morphogenesis / VEGFR2 mediated vascular permeability / Signal transduction by L1 / マイクロフィラメント / regulation of actin cytoskeleton organization / FCERI mediated MAPK activation / MAPK6/MAPK4 signaling / wound healing / G beta:gamma signalling through CDC42 / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / ruffle membrane / Z disc / 遊走 / cell-cell junction / lamellipodium / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / 染色体 / actin cytoskeleton organization / 核膜 / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / intracellular signal transduction / positive regulation of cell migration / クロマチンリモデリング / positive regulation of protein phosphorylation / 神経繊維 / リン酸化 / protein phosphorylation / focal adhesion / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / 中心体 / 樹状突起 / apoptotic process / DNA damage response / positive regulation of cell population proliferation / protein-containing complex / 核質 / ATP binding / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Oh, A. / Tam, C. / Wang, W. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2014 タイトル: Back Pocket Flexibility Provides Group II p21-Activated Kinase (PAK) Selectivity for Type I 1/2 Kinase Inhibitors. 著者: Staben, S.T. / Feng, J.A. / Lyle, K. / Belvin, M. / Boggs, J. / Burch, J.D. / Chua, C.C. / Cui, H. / Dipasquale, A.G. / Friedman, L.S. / Heise, C. / Koeppen, H. / Kotey, A. / Mintzer, R. / ...著者: Staben, S.T. / Feng, J.A. / Lyle, K. / Belvin, M. / Boggs, J. / Burch, J.D. / Chua, C.C. / Cui, H. / Dipasquale, A.G. / Friedman, L.S. / Heise, C. / Koeppen, H. / Kotey, A. / Mintzer, R. / Oh, A. / Roberts, D.A. / Rouge, L. / Rudolph, J. / Tam, C. / Wang, W. / Xiao, Y. / Young, A. / Zhang, Y. / Hoeflich, K.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4o0t.cif.gz | 235.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4o0t.ent.gz | 191.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4o0t.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o0/4o0t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o0/4o0t | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33544.504 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 249-545 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PAK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q13153, non-specific serine/threonine protein kinase #2: 化合物 | ChemComp-2OL / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.39 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: crystals were grown at 19 C from 1.0 uL + 1.0 uL vapor diffusion drops containing 10 mg/mL protein, 1 mM ligand, 0.15 M DL-Malic Acid pH 7.0, 20% - 30% PEG 3350, 4% 1,3-Propanediol and 0.1 M ...詳細: crystals were grown at 19 C from 1.0 uL + 1.0 uL vapor diffusion drops containing 10 mg/mL protein, 1 mM ligand, 0.15 M DL-Malic Acid pH 7.0, 20% - 30% PEG 3350, 4% 1,3-Propanediol and 0.1 M Sodium Malonate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.00001 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月25日 |
放射 | モノクロメーター: Liquid Nitrogen cooled Dual Crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.00001 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 19942 / Num. obs: 19822 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.69 Å / % possible all: 99 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→49.513 Å / SU ML: 0.36 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.84 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→49.513 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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