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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4knc
タイトルStructural and functional characterization of Pseudomonas aeruginosa AlgX
要素Alginate biosynthesis protein AlgX
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / alginate acetylation / SGNH hydrolase / carbohydrate-binding domain
機能・相同性
機能・相同性情報


alginic acid biosynthetic process / single-species biofilm formation / acyltransferase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / ペリプラズム
類似検索 - 分子機能
C-terminal carbohydrate-binding module / Alginate biosynthesis protein AlgX, C-terminal carbohydrate-binding module / Alginate biosynthesis protein AlgX, N-terminal / AlgX, C-terminal domain superfamily / C-terminal carbohydrate-binding module / AlgX/AlgJ, SGNH hydrolase-like domain / SGNH hydrolase-like domain, acetyltransferase AlgX / Jelly Rolls / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Alginate biosynthesis protein AlgX
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.141 Å
データ登録者Riley, L.M. / Weadge, J.T. / Baker, P. / Robinson, H. / Codee, J.D.C. / Tipton, P.A. / Ohman, D.E. / Howell, P.L.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Structural and Functional Characterization of Pseudomonas aeruginosa AlgX: ROLE OF AlgX IN ALGINATE ACETYLATION.
著者: Riley, L.M. / Weadge, J.T. / Baker, P. / Robinson, H. / Codee, J.D. / Tipton, P.A. / Ohman, D.E. / Howell, P.L.
履歴
登録2013年5月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月3日Group: Database references
改定 1.22013年8月21日Group: Database references
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Alginate biosynthesis protein AlgX
A: Alginate biosynthesis protein AlgX


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,0242
ポリマ－102,0242
非ポリマー00
水6,702372
1
B: Alginate biosynthesis protein AlgX


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,0121
ポリマ－51,0121
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
A: Alginate biosynthesis protein AlgX


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,0121
ポリマ－51,0121
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)123.697, 82.435, 92.678
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Alginate biosynthesis protein AlgX


分子量: 51011.910 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 27-474 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: codon-optimized synthetic algX gene prepared by GenScript Corporation, for expression in E. coli. Based on wild-type algX from P. aeruginosa PAO1
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: algX, PA3546 / プラスミド: pET-24b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RP / 参照: UniProt: Q51372
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 372 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.88 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.9
詳細: 25% PEG3000, 100 mM sodium citrate, pH 4.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月1日
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double crystal sagittal focusing
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.141→50 Å / Num. obs: 52346 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.7 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Χ2: 1.802 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.141-2.239.80.6451641.0091100
2.23-2.329.70.52851571.2751100
2.32-2.429.80.36851921.0971100
2.42-2.559.90.27151671.1471100
2.55-2.719.80.20152091.3231100
2.71-2.929.80.13552051.5681100
2.92-3.219.80.09852181.8731100
3.21-3.689.60.07552572.5591100
3.68-4.639.30.06353133.246199.8
4.63-509.30.05554642.991198.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.5.3位相決定
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.141→43.643 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7982 / SU ML: 0.24 / σ(F): 0 / 位相誤差: 26.42 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2312 1906 3.84 %RANDOM
Rwork0.176 ---
all0.1781 ---
obs0.1781 49660 93.81 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 126.09 Å2 / Biso mean: 50.108 Å2 / Biso min: 23.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.141→43.643 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6504 0 0 372 6876
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076767
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0389143
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07955
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051200
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2392482
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.141-2.19420.30551100.22012689279975
2.1942-2.25350.31281210.23073058317985
2.2535-2.31980.33011210.2353063318486
2.3198-2.39470.31121370.20143328346593
2.3947-2.48030.24981330.19553346347993
2.4803-2.57960.28811360.19773423355995
2.5796-2.69690.27561380.19713441357996
2.6969-2.83910.28891360.19453490362697
2.8391-3.01690.28261420.20333571371398
3.0169-3.24980.22661430.18463563370699
3.2498-3.57670.21791460.17133640378699
3.5767-4.09390.20161440.15553632377699
4.0939-5.15660.19481480.138737153863100
5.1566-43.65250.20691510.1813795394698
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 143.8896 Å / Origin y: 15.1334 Å / Origin z: 38.1586 Å
111213212223313233
T0.2275 Å2-0.0244 Å20.0219 Å2-0.2777 Å20.0081 Å2--0.3312 Å2
L0.1246 °20.0378 °2-0.445 °2-0.3522 °20.0033 °2--1.8024 °2
S0.0026 Å °0.0417 Å °0.1124 Å °-0.0072 Å °0.0221 Å °0.0764 Å °0.019 Å °-0.1319 Å °-0.0233 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allB42 - 686
2X-RAY DIFFRACTION1allA41 - 688

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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