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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ilx | ||||||
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タイトル | Structure of human carbonic anhydrase II in complex with an adamantyl sulfonamide inhibitor | ||||||
要素 | Carbonic anhydrase 2炭酸脱水酵素 | ||||||
キーワード | LYASE/LYASE INHIBITOR / LYASE (リアーゼ) / reversible hydration of carbon dioxide / cytosolic (細胞質基質) / LYASE-LYASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / 分泌 / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway ...positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / 分泌 / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / morphogenesis of an epithelium / regulation of intracellular pH / 炭酸脱水酵素 / carbonate dehydratase activity / carbon dioxide transport / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / neuron cellular homeostasis / one-carbon metabolic process / apical part of cell / 髄鞘 / extracellular exosome / zinc ion binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Biswas, S. / McKenna, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2013 タイトル: Structural effect of phenyl ring compared to thiadiazole based adamantyl-sulfonamides on carbonic anhydrase inhibition. 著者: Biswas, S. / Carta, F. / Scozzafava, A. / McKenna, R. / Supuran, C.T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4ilx.cif.gz | 74.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4ilx.ent.gz | 54.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4ilx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/il/4ilx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/il/4ilx | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 28932.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00918, 炭酸脱水酵素 |
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-非ポリマー , 5種, 262分子
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / | ||||||
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#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-1EZ / | #5: 化合物 | ChemComp-DMS / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.92 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 1.6M sodium citrate tris buffer pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年2月9日 |
放射 | モノクロメーター: varimax optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→50 Å / % possible obs: 91.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.66 Å / % possible all: 87.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→26.699 Å / SU ML: 0.13 / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 17.4 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→26.699 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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