PDB-4il2: Crystal structure of D-mannonate dehydratase (rspA) from E. coli ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4il2

タイトル

Crystal structure of D-mannonate dehydratase (rspA) from E. coli CFT073 (EFI TARGET EFI-501585)

要素

Starvation sensing protein rspA

キーワード

LYASE (リアーゼ) /

TIM-barrel (TIMバレル) /

Structural Genomics (構造ゲノミクス)

機能・相同性

機能・相同性情報

mannonate dehydratase /

mannonate dehydratase activity /

付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; デヒドラターゼ類 / amino acid catabolic process / carbohydrate catabolic process / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Lukk, T. / Wichelecki, D. / Imker, H.J. / Gerlt, J.A. / Nair, S.K.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Mannonate degradation pathway in E. coli CFT073
著者: Wichelecki, S. / Lukk, T. / Imker, H.J. / Nair, S.K. / Gerlt, J.A.

履歴

登録	2012年12月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年2月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4il2.cif.gz	612.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4il2.ent.gz	505.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4il2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/il/4il2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/il/4il2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4kt2-d 4kpl-d 3vcn-2 4ihc-d 2qjj-3 4f4r-1 3rgt-3 4gme-1 3ow1-d 3v3w-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: EFI-501585

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Starvation sensing protein rspA

B: Starvation sensing protein rspA

C: Starvation sensing protein rspA

D: Starvation sensing protein rspA

ヘテロ分子

196 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Starvation sensing protein rspA

B: Starvation sensing protein rspA

ヘテロ分子

A: Starvation sensing protein rspA

B: Starvation sensing protein rspA

ヘテロ分子

A: Starvation sensing protein rspA

B: Starvation sensing protein rspA

ヘテロ分子

A: Starvation sensing protein rspA

B: Starvation sensing protein rspA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
392 kDa, 8 ポリマー
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2

C: Starvation sensing protein rspA

D: Starvation sensing protein rspA

ヘテロ分子

C: Starvation sensing protein rspA

D: Starvation sensing protein rspA

ヘテロ分子

C: Starvation sensing protein rspA

D: Starvation sensing protein rspA

ヘテロ分子

C: Starvation sensing protein rspA

D: Starvation sensing protein rspA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
392 kDa, 8 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	123.780, 123.780, 112.210
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	75
Space group name H-M	P4

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-631- HOH
2	1	B-725- HOH

#1: タンパク質	Starvation sensing protein rspA 分子量: 48921.570 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: CFT073 / 遺伝子: c1971, rspA / プラスミド: pUC18 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8FHC7
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 472 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44 %
結晶化	温度: 282 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Protein solution was at 10 mg/mL containing 20 mM Tris (pH 7.5), 100 mM NaCl and 50 mM imidazole. Mother liqueur contained 25% PEG 1,500 and 20% v/v glycerol, vapor diffusion, sitting drop, temperature 282K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月23日

放射

モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

Reflection

数: 627522 / R_merge(I) obs: 0.116 / D res high: 1.95 Å / Num. obs: 122958 / % possible obs: 99.9

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	Num. obs	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs
8.72	30	1401	97	1	0.031
6.17	8.72	2563	100	1	0.038
5.03	6.17	3298	100	1	0.045
4.36	5.03	3908	100	1	0.042
3.9	4.36	4380	100	1	0.045
3.56	3.9	4849	100	1	0.051
3.3	3.56	5277	100	1	0.061
3.08	3.3	5657	100	1	0.076
2.91	3.08	6053	100	1	0.095
2.76	2.91	6312	100	1	0.118
2.63	2.76	6690	99.9	1	0.148
2.52	2.63	6976	100	1	0.168
2.42	2.52	7247	100	1	0.199
2.33	2.42	7586	100	1	0.227
2.25	2.33	7833	99.9	1	0.254
2.18	2.25	8083	99.9	1	0.303
2.12	2.18	8323	99.9	1	0.352
2.06	2.12	8603	99.9	1	0.441
2	2.06	8850	100	1	0.537

反射

解像度: 1.95→30 Å / Num. all: 123046 / Num. obs: 122978 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / R_sym value: 0.116 / Net I/σ(I): 12.82

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.95-2	0.663	2.56	1	100
2-2.06	0.537	3.16	1	100
2.06-2.12	0.441	3.85	1	99.9
2.12-2.18	0.352	4.84	1	99.9
2.18-2.25	0.303	5.62	1	99.9
2.25-2.33	0.254	6.72	1	99.9
2.33-2.42	0.227	7.44	1	100
2.42-2.52	0.199	8.48	1	100
2.52-2.63	0.168	9.93	1	100
2.63-2.76	0.148	11.18	1	99.9
2.76-2.91	0.118	13.66	1	100
2.91-3.08	0.095	16.61	1	100
3.08-3.3	0.076	20.09	1	100
3.3-3.56	0.061	24.6	1	100
3.56-3.9	0.051	28.96	1	100
3.9-4.36	0.045	32.05	1	100
4.36-5.03	0.042	34.07	1	100
5.03-6.17	0.045	31.43	1	100
6.17-8.72	0.038	34.26	1	100
8.72-30	0.031	39.74	1	97

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.7.3_928	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
HKL-3000		データ収集
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.95→29.831 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.21 / σ(F): 0 / 位相誤差: 19.46 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2093	6075	4.94 %
R_work	0.1778	-	-
obs	0.1794	122978	99.99 %
all	-	122977	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 29.985 Å² / k_sol: 0.4 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.0674 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.0674 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.1349 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→29.831 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12364	0	4	472	12840

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	12720
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.475	17266
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.966	4593
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.093	1807
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	2237

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.95-1.9722	0.264	225	0.1972	3867	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9722-1.9954	0.2276	209	0.1752	3850	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9954-2.0197	0.2306	198	0.1689	3914	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0197-2.0453	0.2111	209	0.1585	3870	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0453-2.0722	0.2199	234	0.1658	3840	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0722-2.1006	0.1853	188	0.1531	3904	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1006-2.1306	0.1835	202	0.1543	3884	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1306-2.1624	0.2261	196	0.165	3883	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1624-2.1961	0.21	188	0.1586	3877	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1961-2.2321	0.1886	198	0.1637	3913	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2321-2.2706	0.2076	206	0.167	3874	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2706-2.3119	0.2289	202	0.1698	3903	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3119-2.3563	0.2137	202	0.1783	3867	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3563-2.4044	0.2231	198	0.1777	3863	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4044-2.4567	0.2142	200	0.176	3923	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4567-2.5138	0.2217	194	0.1839	3888	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5138-2.5766	0.2277	220	0.1886	3891	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5766-2.6463	0.2217	201	0.1897	3885	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6463-2.7241	0.2207	206	0.1919	3854	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7241-2.8119	0.2087	208	0.1854	3932	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8119-2.9123	0.2085	183	0.1809	3897	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9123-3.0288	0.2185	197	0.1835	3913	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0288-3.1666	0.2276	185	0.1897	3901	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1666-3.3333	0.2493	205	0.2009	3910	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3333-3.5418	0.1984	221	0.186	3900	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5418-3.8148	0.2003	202	0.1726	3885	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8148-4.1977	0.1894	219	0.1646	3922	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1977-4.803	0.1712	189	0.1581	3926	X-RAY DIFFRACTION	100
4.803-6.043	0.2034	199	0.1946	3949	X-RAY DIFFRACTION	100
6.043-29.8349	0.1923	191	0.1888	4018	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3383	0.1364	0.1221	0.4883	-0.1498	0.3739	0.013	-0.1276	-0.0202	0.098	-0.0098	-0.1333	-0.0162	0.067	0.0127	0.1115	0.0157	-0.0343	0.1468	0.0296	0.137	-25.9591	45.2978	-24.5235
2	0.0763	0.0765	0.1395	-0.0087	0.0269	-0.0173	-0.0001	-0.0702	-0.1314	0.304	0.0046	-0.1896	0.1863	0.1494	0.018	0.3131	-0.0052	-0.0115	0.257	0.0307	0.1678	-41.4482	41.5663	-2.9622
3	0.1411	-0.1622	-0.0227	0.0943	-0.0044	0.1321	0.0851	-0.0788	0.1614	0.1272	-0.1318	0.0537	0.0075	0.0277	-0.0219	0.2355	0.0301	0.0181	0.2677	0.034	0.1126	-49.369	47.8266	2.8804
4	0.1927	-0.0374	-0.1271	0.1661	-0.1928	0.4491	-0.0031	-0.0871	0.0023	0.1503	0.102	-0.0896	0.0221	0.1764	-0.0239	0.2276	0.0216	-0.0027	0.2397	0.0036	0.135	-48.4174	51.6439	-4.4327
5	0.4854	-0.2405	-0.3129	0.9966	-0.1166	0.3069	-0.0407	-0.1614	-0.0042	0.1155	0.0277	-0.1348	0.0095	0.0907	0.0145	0.1235	0.0007	-0.0263	0.1303	0.0176	0.0963	-36.36	52.5177	-17.099
6	0.2558	-0.2739	0.1181	0.446	0.0934	0.2585	-0.0155	-0.1134	-0.18	0.0843	-0.0246	-0.1407	0.0631	0.1174	0.0146	0.1935	0.033	-0.0453	0.1965	0.0371	0.152	-30.0653	36.1817	-15.7474
7	0.5896	0.074	0.1501	0.3338	0.0971	0.4153	-0.0186	-0.1435	-0.152	0.1502	-0.0171	-0.0161	0.106	0.0008	0.0216	0.1209	0.0207	-0.0007	0.099	0.0337	0.1145	-43.8823	23.7808	-29.3501
8	0.2909	-0.0739	-0.2192	0.0696	0.0403	0.0436	-0.0465	0.0264	-0.1514	-0.0917	0.0083	-0.0374	0.2889	-0.1901	0.0158	0.0971	-0.0125	0.0125	0.082	0.0096	0.1305	-62.8016	21.6728	-41.7497
9	0.1963	-0.1175	-0.0769	0.6995	-0.1195	0.4975	0.0399	0.1422	-0.1518	-0.0752	-0.0282	-0.1381	0.1288	0.148	0.016	0.0838	0.0128	0.0061	0.0889	0.007	0.0936	-44.9714	42.115	-59.3621
10	0.9774	-0.3124	0.076	0.8574	-0.7519	0.2816	0.0461	0.0105	-0.1065	-0.0116	-0.0279	-0.0266	0.1107	0.0302	0.0092	0.0528	-0.0041	0.007	0.0576	-0.0033	0.0515	-53.6523	35.8915	-43.7774
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20	0.0921	-0.0626	0.0725	-0.0189	-0.0745	0.139	0.0053	0.1482	0.0122	-0.3416	-0.0205	-0.2211	0.0781	0.1187	0.0192	0.2816	0.0142	-0.0368	0.3651	0.0132	0.1484	-18.5585	-2.7074	-118.4444
21	0.7379	-0.189	-0.0194	0.4838	0.3685	0.1785	0.0301	0.1819	-0.0133	-0.1263	-0.0075	0.0358	0.004	-0.0275	-0.0122	0.1713	0.0014	-0.0286	0.1544	0.019	0.0899	-20.5995	5.7289	-99.6581
22	0.0627	-0.0418	-0.0481	0.0926	0.0267	0.1216	-0.034	0.2636	0.1384	-0.2327	-0.0044	0.1273	-0.1551	-0.1814	0.0007	0.2366	0.0326	-0.0626	0.2725	0.0224	0.2147	-37.1434	15.5727	-104.8931
23	0.7083	0.0376	0.3004	0.6928	-0.2109	0.5385	0.0157	0.0248	-0.0079	-0.1438	-0.0267	0.2054	-0.0751	-0.1382	0.0284	0.1246	-0.0097	-0.0385	0.1872	0.0052	0.0989	-40.8417	0.8011	-99.7005

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 13:151)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 152:195)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 196:213)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 214:243)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 244:376)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 377:415)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resseq 12:111)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resseq 112:130)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resseq 131:243)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resseq 244:376)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resseq 377:415)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resseq 12:195)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resseq 196:214)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resseq 215:318)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resseq 319:376)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resseq 377:415)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resseq 13:111)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resseq 112:151)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resseq 152:195)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resseq 196:213)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resseq 214:344)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resseq 345:376)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resseq 377:415)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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