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- PDB-4i3t: Structure of phosphonoacetaldehyde dehydrogenase in the apo state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4i3t
タイトルStructure of phosphonoacetaldehyde dehydrogenase in the apo state
要素Aldehyde dehydrogenase (NAD+)アルデヒドデヒドロゲナーゼ (NAD+)
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / aldehyde dehydrogenase (アルデヒドデヒドロゲナーゼ) / phosphonate catabolism
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; アルデヒドまたはケトンに対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / oxidoreductase activity, acting on the aldehyde or oxo group of donors, NAD or NADP as acceptor / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Putative phosphonoacetaldehyde dehydrogenase / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal ...Putative phosphonoacetaldehyde dehydrogenase / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
リン酸塩 / Phosphonoacetaldehyde dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Sinorhizobium meliloti (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Nair, S.K. / Agarwal, V.
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2014
タイトル: Structure and function of phosphonoacetaldehyde dehydrogenase: the missing link in phosphonoacetate formation.
著者: Agarwal, V. / Peck, S.C. / Chen, J.H. / Borisova, S.A. / Chekan, J.R. / van der Donk, W.A. / Nair, S.K.
履歴
登録2012年11月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月5日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aldehyde dehydrogenase (NAD+)
B: Aldehyde dehydrogenase (NAD+)
C: Aldehyde dehydrogenase (NAD+)
D: Aldehyde dehydrogenase (NAD+)
E: Aldehyde dehydrogenase (NAD+)
F: Aldehyde dehydrogenase (NAD+)
G: Aldehyde dehydrogenase (NAD+)
H: Aldehyde dehydrogenase (NAD+)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)426,80716
ポリマ－426,0478
非ポリマー7608
水41,9572329
1
A: Aldehyde dehydrogenase (NAD+)
F: Aldehyde dehydrogenase (NAD+)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,7024
ポリマ－106,5122
非ポリマー1902
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5450 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area32500 Å2
手法PISA
2
B: Aldehyde dehydrogenase (NAD+)
ヘテロ分子

H: Aldehyde dehydrogenase (NAD+)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,7024
ポリマ－106,5122
非ポリマー1902
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y+1/2,-z1
Buried area5380 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area32470 Å2
手法PISA
3
C: Aldehyde dehydrogenase (NAD+)
E: Aldehyde dehydrogenase (NAD+)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,7024
ポリマ－106,5122
非ポリマー1902
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5470 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area32440 Å2
手法PISA
4
D: Aldehyde dehydrogenase (NAD+)
ヘテロ分子

G: Aldehyde dehydrogenase (NAD+)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,7024
ポリマ－106,5122
非ポリマー1902
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_756-x+2,y+1/2,-z+11
Buried area5430 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area32380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.720, 172.790, 142.580
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.570, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11CHAIN A AND (RESSEQ 11:484 )
21CHAIN B AND (RESSEQ 11:484 )
31CHAIN C AND (RESSEQ 11:484 )
41CHAIN D AND (RESSEQ 11:484 )
51CHAIN E AND (RESSEQ 11:484 )
61CHAIN F AND (RESSEQ 11:484 )
71CHAIN G AND (RESSEQ 11:484 )
81CHAIN H AND (RESSEQ 11:484 )

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG / End auth comp-ID: TRP / End label comp-ID: TRP / Auth seq-ID: 11 - 484 / Label seq-ID: 14 - 487

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1CHAIN A AND (RESSEQ 11:484 )AA
2CHAIN B AND (RESSEQ 11:484 )BB
3CHAIN C AND (RESSEQ 11:484 )CC
4CHAIN D AND (RESSEQ 11:484 )DD
5CHAIN E AND (RESSEQ 11:484 )EE
6CHAIN F AND (RESSEQ 11:484 )FF
7CHAIN G AND (RESSEQ 11:484 )GG
8CHAIN H AND (RESSEQ 11:484 )HH

-
要素

#1: タンパク質
Aldehyde dehydrogenase (NAD+) / アルデヒドデヒドロゲナーゼ (NAD+)


分子量: 53255.922 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sinorhizobium meliloti (根粒菌) / 株: 1021 / 遺伝子: phnY, RB0979, SM_b21539 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3)
参照: UniProt: Q92UV7, アルデヒドデヒドロゲナーゼ (NAD+)
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2329 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.38 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG3350, pH 6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 290K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→24.871 Å / Num. obs: 246726 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 37.638 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.121 / Net I/σ(I): 7.47
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
2.1-2.20.551.66915029312187.9
2.2-2.30.4882.8311151926864196.6
2.3-2.40.3763.629474122596196.8
2.4-2.50.3164.238113719184196.9
2.5-2.80.2145.9918171842546197.2
2.8-30.1528.28464919715197.5
3-3.50.11310.7213746231841197.8
3.5-4.30.08813.8610785625089197.9
4.3-5.30.08215.285900213739198.2
5.3-70.08414.8383398959198.3
7-500.08115.93285436881197.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.7.1_743精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→24.871 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.39 / FOM work R set: 0.8306 / SU ML: 0.64 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 24.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2372 12329 5 %
Rwork0.1976 --
obs0.1996 246582 96.17 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 45.106 Å2 / ksol: 0.362 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 112.6 Å2 / Biso mean: 33.1813 Å2 / Biso min: 8.11 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1448 Å2-0 Å2-0.0528 Å2
2---0.2875 Å20 Å2
3---0.4323 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→24.871 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数29096 0 40 2329 31465
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00929758
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.14740478
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0774694
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0055276
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4611074
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A3621X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.074
12B3621X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.074
13C3629X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.053
14D3629X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.066
15E3629X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.066
16F3637X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.066
17G3629X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.055
18H3637X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.063
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1-2.12390.34963100.32295890620072
2.1239-2.14880.33033820.2987259764190
2.1488-2.1750.33044050.28697689809495
2.175-2.20260.34060.27397704811096
2.2026-2.23150.32164110.26417810822197
2.2315-2.26210.31554130.26097846825997
2.2621-2.29440.33014100.24967803821397
2.2944-2.32860.30414150.25437888830397
2.3286-2.36490.29654130.23767838825197
2.3649-2.40370.28414120.2317831824397
2.4037-2.44510.2784110.22837815822697
2.4451-2.48950.28234140.22857850826497
2.4895-2.53740.26914140.22387868828297
2.5374-2.58910.28484160.22437904832097
2.5891-2.64530.26114140.21887876829097
2.6453-2.70680.27864160.21967894831097
2.7068-2.77440.26474160.21147902831897
2.7744-2.84930.26724150.21597897831297
2.8493-2.9330.25724150.20817889830498
2.933-3.02750.25954180.21277945836397
3.0275-3.13560.28044180.21357930834898
3.1356-3.26080.23354160.19897912832898
3.2608-3.40890.22824210.19517997841898
3.4089-3.58810.2074180.18127934835298
3.5881-3.81220.21944200.18277984840498
3.8122-4.10530.19764190.16037962838198
4.1053-4.51620.1894210.14858007842898
4.5162-5.16460.17064210.14517981840298
5.1646-6.48770.21574240.17748072849698
6.4877-24.87270.16284250.15668076850198

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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